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万見
- PDB-2of5: Oligomeric Death Domain complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2of5
タイトルOligomeric Death Domain complex
要素
  • Death domain-containing protein CRADD
  • Leucine-rich repeat and death domain-containing protein
キーワードAPOPTOSIS / Death domain complex
機能・相同性
機能・相同性情報


death domain binding / endopeptidase complex / death receptor binding / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / protein autoprocessing / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / positive regulation of apoptotic signaling pathway ...death domain binding / endopeptidase complex / death receptor binding / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / protein autoprocessing / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / positive regulation of apoptotic signaling pathway / apoptotic signaling pathway / cellular response to mechanical stimulus / protease binding / protein-macromolecule adaptor activity / endopeptidase activity / intracellular signal transduction / positive regulation of apoptotic process / apoptotic process / DNA damage response / negative regulation of apoptotic process / nucleolus / Golgi apparatus / signal transduction / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peptidase S68, pidd / Peptidase S68 / CRADD, Death domain / Death domain-containing protein CRADD / RAIDD, CARD domain / ZU5 domain / ZU5 domain / ZU5 domain profile. / Caspase recruitment domain / Death Domain, Fas ...Peptidase S68, pidd / Peptidase S68 / CRADD, Death domain / Death domain-containing protein CRADD / RAIDD, CARD domain / ZU5 domain / ZU5 domain / ZU5 domain profile. / Caspase recruitment domain / Death Domain, Fas / Death Domain, Fas / : / Death domain profile. / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / Leucine-rich repeats, bacterial type / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Death-like domain superfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Death domain-containing protein CRADD / p53-induced death domain-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Park, H.H. / Logette, E. / Raunser, S. / Cuenin, S. / Walz, T. / Tschopp, J. / Wu, H.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2007
タイトル: Death domain assembly mechanism revealed by crystal structure of the oligomeric PIDDosome core complex.
著者: Park, H.H. / Logette, E. / Raunser, S. / Cuenin, S. / Walz, T. / Tschopp, J. / Wu, H.
履歴
登録2007年1月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32013年9月18日Group: Derived calculations
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Death domain-containing protein CRADD
B: Death domain-containing protein CRADD
C: Death domain-containing protein CRADD
D: Death domain-containing protein CRADD
E: Death domain-containing protein CRADD
F: Death domain-containing protein CRADD
G: Death domain-containing protein CRADD
H: Leucine-rich repeat and death domain-containing protein
I: Leucine-rich repeat and death domain-containing protein
J: Leucine-rich repeat and death domain-containing protein
K: Leucine-rich repeat and death domain-containing protein
L: Leucine-rich repeat and death domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,67512
ポリマ－158,67512
非ポリマー00
水37821
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)138.4, 138.4, 207.5
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number170
Space group name H-MP65
詳細Complex are formed by 5 PIDD death domain and 7 RAIDD death domain without apparent symmetry

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要素

#1: タンパク質
Death domain-containing protein CRADD / Caspase and RIP adapter with death domain / RIP-associated protein with a death domain


分子量: 13095.815 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRADD, RAIDD / プラスミド: pET26b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P78560
#2: タンパク質
Leucine-rich repeat and death domain-containing protein / p53-induced protein with a death domain


分子量: 13400.929 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LRDD, PIDD / プラスミド: pET26b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q9HB75
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.97 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 5.5% PEG 3350, 200mM NaCl and 100mM Na/K phosphate buffer, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11101
21101
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 24-ID-C11.008
シンクロトロンNSLS X4A21.0079
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 41CCD2006年8月1日mirrors
ADSC QUANTUM 42CCD2006年3月1日mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.0081
21.00791
反射解像度: 3.2→30 Å / Num. all: 36257 / Num. obs: 28927 / % possible obs: 75 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 10.3 % / Biso Wilson estimate: 12 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 3.2→30 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.36 / % possible all: 95

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.2→30 Å / σ(F): 2 / σ(I): 2
Rfactor反射数
Rfree0.275 -
Rwork0.236 -
all-34580
obs-28345
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9096 0 0 21 9117
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.3 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 /
Rfactor%反射
Rfree0.275 -
Rwork0.236 -
obs-88 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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