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- PDB-2ody: Thrombin-bound boophilin displays a functional and accessible rea... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ody
タイトルThrombin-bound boophilin displays a functional and accessible reactive-site loop
要素
  • (Prothrombin (EC 3.4.21. ...) x 2
  • Boophilin
キーワードBLOOD CLOTTING/BLOOD CLOTTING INHIBITOR / kunitz-type thrombin inhibitor / BLOOD CLOTTING-BLOOD CLOTTING INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


envenomation resulting in negative regulation of voltage-gated potassium channel activity in another organism / fibrinogen binding / thrombin / protein polymerization / positive regulation of blood coagulation / acute-phase response / serine-type endopeptidase inhibitor activity / platelet activation / toxin activity / collagen-containing extracellular matrix ...envenomation resulting in negative regulation of voltage-gated potassium channel activity in another organism / fibrinogen binding / thrombin / protein polymerization / positive regulation of blood coagulation / acute-phase response / serine-type endopeptidase inhibitor activity / platelet activation / toxin activity / collagen-containing extracellular matrix / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / proteolysis / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Epsilon-Thrombin; Chain L / Thrombin light chain domain / : / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Factor Xa Inhibitor / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain ...Epsilon-Thrombin; Chain L / Thrombin light chain domain / : / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Factor Xa Inhibitor / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily / Prothrombin/thrombin / Thrombin light chain / Thrombin light chain domain superfamily / : / Thrombin light chain / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / Vitamin K-dependent carboxylation/gamma-carboxyglutamic (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain superfamily / Vitamin K-dependent carboxylation domain. / Gla domain profile. / Domain containing Gla (gamma-carboxyglutamate) residues. / Kringle-like fold / Few Secondary Structures / Irregular / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Prothrombin / Boophilin-H2
類似検索 - 構成要素
生物種Rhipicephalus microplus (ダニ)
Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Macedo-Ribeiro, S. / Fuentes-Prior, P. / Pereira, P.J.B.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2008
タイトル: Isolation, cloning and structural characterisation of boophilin, a multifunctional kunitz-type proteinase inhibitor from the cattle tick.
著者: Macedo-Ribeiro, S. / Almeida, C. / Calisto, B.M. / Friedrich, T. / Mentele, R. / Sturzebecher, J. / Fuentes-Prior, P. / Pereira, P.J.
履歴
登録2006年12月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年8月30日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999 SEQUENCE AUTHORS STATE THAT THE CHAINS A,C AND B,D ARE PRODUCTS OF CLEAVAGE OF THE PRECURSOR ... SEQUENCE AUTHORS STATE THAT THE CHAINS A,C AND B,D ARE PRODUCTS OF CLEAVAGE OF THE PRECURSOR SEQUENCE BEFORE CRYSTALLIZATION OF THIS COMPLEX.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prothrombin (EC 3.4.21.5)
B: Prothrombin (EC 3.4.21.5)
C: Prothrombin (EC 3.4.21.5)
D: Prothrombin (EC 3.4.21.5)
E: Boophilin
F: Boophilin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,66713
ポリマ－99,0206
非ポリマー6477
水8,161453
1
A: Prothrombin (EC 3.4.21.5)
B: Prothrombin (EC 3.4.21.5)
E: Boophilin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,8187
ポリマ－49,5103
非ポリマー3084
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8070 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area18630 Å2
手法PISA, PQS
2
C: Prothrombin (EC 3.4.21.5)
D: Prothrombin (EC 3.4.21.5)
F: Boophilin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,8496
ポリマ－49,5103
非ポリマー3393
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7690 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area19020 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)92.500, 104.200, 129.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
Prothrombin (EC 3.4.21. ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質・ペプチド Prothrombin (EC 3.4.21.5) / Coagulation factor II


分子量: 5735.240 Da / 分子数: 2 / 断片: Thrombin light chain, residues 318-366 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00735, thrombin
#2: タンパク質 Prothrombin (EC 3.4.21.5) / Coagulation factor II


分子量: 29772.422 Da / 分子数: 2 / 断片: Thrombin heavy chain, residues 367-625 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00735, thrombin

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 EF

#3: タンパク質 Boophilin


分子量: 14002.282 Da / 分子数: 2 / 断片: Boophilin (isoform H2), Residues 16-142 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhipicephalus microplus (ダニ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alpha / 参照: UniProt: Q8WPI2
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 459分子

#4: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 453 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.83 %
結晶化温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 18% PEG 8000, 0.05M Potassium phosphate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 279K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→54.9 Å / Num. all: 51554 / Num. obs: 51554 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 39.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 2.35→2.48 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.29 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 7400 / Rsym value: 0.29 / % possible all: 97.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1MKX

1mkx


解像度: 2.35→47.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 11.203 / SU ML: 0.143 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.276 / ESU R Free: 0.213 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22995 2627 5.1 %RANDOM
Rwork0.1903 ---
all0.19235 48886 --
obs0.19235 48886 97.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.989 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.3 Å20 Å20 Å2
2--1.22 Å20 Å2
3---1.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→47.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6768 0 37 453 7258
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0226946
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1371.9549397
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7395842
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.86923.983344
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.964151164
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.7581550
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2958
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.025379
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1860.22958
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3020.24616
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1190.2522
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0480.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1660.278
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1730.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.61924201
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.11936737
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.64222877
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.01932660
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.41 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.315 192 -
Rwork0.23 3540 -
obs--96.94 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.52840.06330.03552.33890.56580.47010.02570.07290.1728-0.2987-0.02780.3781-0.2725-0.26980.0021-0.04320.0308-0.022-0.02260.0796-0.074141.857174.230160.6801
21.69650.0063-0.3321.244-0.35621.05260.0684-0.0722-0.1881-0.04940.0274-0.0586-0.0368-0.0182-0.0958-0.088-0.0032-0.0144-0.08030.0386-0.037153.864564.143765.7657
32.18990.22090.2432.70930.60871.4150.2383-0.4053-0.41320.3115-0.1834-0.33840.30570.0339-0.05490.0345-0.0805-0.12190.03650.042-0.167945.388475.1241101.4026
41.82790.7060.70431.40170.29530.86060.124-0.29490.17670.1796-0.18260.13050.0068-0.06910.0586-0.0532-0.04670.00620.0078-0.0839-0.104835.176686.834395.7916
54.32661.986-1.30871.2377-0.61610.4364-0.0258-0.0701-0.1424-0.08370.0125-0.04680.0327-0.01170.0134-0.0733-0.0191-0.0699-0.06610.0885-0.017155.268550.704475.0604
60.98951.89010.7326.68021.01960.623-0.0703-0.09850.0245-0.04930.16240.117-0.0631-0.0461-0.0922-0.10370.00730.004-0.0674-0.048-0.038623.347186.966884.8377
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 1522 - 49
2X-RAY DIFFRACTION2BB16 - 2431 - 255
3X-RAY DIFFRACTION3CC1 - 1422 - 35
4X-RAY DIFFRACTION4DD16 - 2431 - 255
5X-RAY DIFFRACTION5EE16 - 1421 - 127
6X-RAY DIFFRACTION6FF16 - 1421 - 127

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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