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- PDB-2odm: Crystal structure of S. aureus YlaN, an essential leucine rich pr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2odm
タイトルCrystal structure of S. aureus YlaN, an essential leucine rich protein involved in the control of cell shape
要素UPF0358 protein MW0995
キーワードUNKNOWN FUNCTION / triple helix
機能・相同性Uncharacterised protein family UPF0358 / Protein of unknown function (DUF1507) / SO2669-like / UPF0358 superfamily / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / UPF0358 protein MW0995
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.24 Å
データ登録者Xu, L. / Sedelnikova, S.E. / Baker, P.J. / Errington, J. / Hunt, A. / Rice, D.W.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of S. aureus YlaN, an essential leucine rich protein involved in the control of cell shape.
著者: Xu, L. / Sedelnikova, S.E. / Baker, P.J. / Hunt, A. / Errington, J. / Rice, D.W.
履歴
登録2006年12月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UPF0358 protein MW0995
B: UPF0358 protein MW0995


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1132
ポリマ－21,1132
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1570 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area10060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)31.425, 42.771, 62.593
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.42, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細biological dimer

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要素

#1: タンパク質 UPF0358 protein MW0995 / YlaN


分子量: 10556.743 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
生物種: Staphylococcus aureus / 株: MW2 / 遺伝子: ylaN / プラスミド: pETBLUE1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7A161
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.2 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.2M Sodium acetate, 0.1M Tris-HCl pH 8.5, 20% PEG4000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSRS PX10.110.98
シンクロトロンSRS PX9.621.5
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月26日
放射モノクロメーター: double crystal Si(III) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.981
21.51
反射解像度: 2.24→25 Å / Num. all: 7464 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 51 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル最高解像度: 2.24 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.429 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 1072 / Rsym value: 0.429 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
SOLVE位相決定
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.24→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 8.566 / SU ML: 0.214 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.369 / ESU R Free: 0.266 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28317 365 4.5 %RANDOM
Rwork0.22373 ---
obs0.22659 7464 99.16 %-
all-7464 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 59.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.13 Å20 Å2-0.05 Å2
2---2.32 Å20 Å2
3---4.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.24→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1297 0 0 0 1297
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0221306
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0312.0081748
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.115158
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.66526.83360
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.89815279
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.064154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0540.2210
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.02919
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1860.2563
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2780.2912
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0670.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.160.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1010.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it7.14110831
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it8.774101286
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it8.94510514
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it10.9710462
LS精密化 シェル解像度: 2.24→2.296 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.418 23 -
Rwork0.292 510 -
obs-1072 92.06 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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