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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2odl | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the HMW1 secretion domain from Haemophilus influenzae | ||||||
要素 | Adhesin | ||||||
キーワード | CELL ADHESION / HMW1 / secretion domain / beta helix | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Filamentous haemagglutinin FhaB/tRNA nuclease CdiA-like, TPS domain / TPS secretion domain / haemagglutination activity domain / ESPR domain / Extended Signal Peptide of Type V secretion system / Single-stranded right-handed beta-helix, Pectin lyase-like / Pectate Lyase C-like / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor / 3 Solenoid / Mainly Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.92 Å | ||||||
データ登録者 | Yokoyama, T. / Yeo, H.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007 タイトル: The structure of the Haemophilus influenzae HMW1 pro-piece reveals a structural domain essential for bacterial two-partner secretion. 著者: Yeo, H.J. / Yokoyama, T. / Walkiewicz, K. / Kim, Y. / Grass, S. / Geme, J.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2odl.cif.gz | 85.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2odl.ent.gz | 63.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2odl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2odl_validation.pdf.gz | 419.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2odl_full_validation.pdf.gz | 422.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2odl_validation.xml.gz | 15.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2odl_validation.cif.gz | 23 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/od/2odl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/od/2odl | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a monomer in the asymmetric unit |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39362.391 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 69-441 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌) 株: 12 / 遺伝子: hmw1A / プラスミド: pGEX6P1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q48031 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.07 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 24% PEG6000, 0.1 M Tris-HCl, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97904 Å |
検出器 | タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月5日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97904 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.92→50 Å / Num. obs: 28035 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 17.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 6.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.92→1.99 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.228 / Num. unique all: 2690 / % possible all: 95.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.92→31.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 2.939 / SU ML: 0.089 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.151 / ESU R Free: 0.141 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.904 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.92→31.61 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.92→1.97 Å / Total num. of bins used: 20
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