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- PDB-2ocw: Solution structure of human secretory component -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ocw
タイトルSolution structure of human secretory component
要素Polymeric-immunoglobulin receptor
キーワードIMMUNE SYSTEM / SC / Immunoglobulin / Secretory / Antibody / Immunity
機能・相同性
機能・相同性情報


polymeric immunoglobulin receptor activity / immunoglobulin transcytosis in epithelial cells mediated by polymeric immunoglobulin receptor / polymeric immunoglobulin binding / Fc receptor signaling pathway / secretory IgA immunoglobulin complex / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of bitter taste / azurophil granule membrane / receptor clustering / epidermal growth factor receptor signaling pathway / transmembrane signaling receptor activity ...polymeric immunoglobulin receptor activity / immunoglobulin transcytosis in epithelial cells mediated by polymeric immunoglobulin receptor / polymeric immunoglobulin binding / Fc receptor signaling pathway / secretory IgA immunoglobulin complex / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of bitter taste / azurophil granule membrane / receptor clustering / epidermal growth factor receptor signaling pathway / transmembrane signaling receptor activity / receptor complex / Neutrophil degranulation / signal transduction / extracellular space / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Polymeric immunoglobulin receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液散乱 / シンクロトロン
データ登録者Bonner, A. / Perrier, C. / Corthesy, B. / Perkins, S.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Solution structure of human secretory component and implications for biological function.
著者: Bonner, A. / Perrier, C. / Corthesy, B. / Perkins, S.J.
履歴
登録2006年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polymeric-immunoglobulin receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,3551
ポリマ－64,3551
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
モデル数9

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要素

#1: タンパク質 Polymeric-immunoglobulin receptor / Poly-Ig receptor / PIGR / Hepatocellular carcinoma-associated protein TB6 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 64355.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIGR
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
組織 (発現宿主): OVARIAN CELLS / 参照: UniProt: P01833

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液散乱

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データ収集

回折平均測定温度: 288 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID13 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Soln scatter

Conc. range: 0.62-2.0 / Data analysis software list: SCTPL7, GNOM / Protein length: 1 / Source class: Y / 温度: 288 K

タイプIDBuffer nameData reduction software list検出器タイプMean guiner radius (nm)Mean guiner radius esd (nm)Min mean cross sectional radii gyration (nm)Min mean cross sectional radii gyration esd (nm)Num. of time framesSample pHSource beamlineSource type
x-ray19.6 MM NA, K PHOSPHATE 116MM NACL 10.4MM NA2HPO4 3.2MM NAH2PO4MULTICCDFRELON CCD CAMERA3.530.031.760.08107.2IDO2ESRF GRENOBLE
neutron29.6 MM NA, K PHOSPHATE 2.7MM KCL 8.1MM NA2HPO4 1.5MM KH2PO4 99.9% D2OCOLETTEHE-3 ORDELA DETECTOR3.630.271.070.0717.5LOQISIS RUTHERFORD

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCTPL7モデル構築
GNOMモデル構築
Insight IIII 98モデル構築
COLETTE(ISIS)データスケーリング
SCTPLV. 7位相決定
GNOM位相決定
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数585 0 0 0 585
Soln scatter model詳細: MODEL 1 CORRESPONDS TO OUR BEST FIT STRUCTURE IN THE PRIMARY REFERENCE. MODELS 2-10 CORRESPOND TO THE OTHER NINE MODELS THAT GAVE SIMILAR GOOD FITS TO THE X-RAY AND NEUTRON DATA.
Num. of conformers submitted: 10 / 代表コンフォーマー: 1 / Software list: INSIGHT II, SCTPL7, GNOM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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