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- PDB-6e0w: Crystal structure of the colanidase tailspike protein gp150 of Ph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6e0w
タイトルCrystal structure of the colanidase tailspike protein gp150 of Phage Phi92 complexed with one repeating unit of colanic acid
要素Bacteriophage Phi92 gp150
キーワードHYDROLASE / Colanidase / tailspike protein / bacteriophage phi92 / colanic acid
機能・相同性
機能・相同性情報


biological process involved in interaction with host / viral life cycle / virion component
類似検索 - 分子機能
: / Tailspike protein-like, Ig-like domain / Parallel beta-helix repeat / Parallel beta-helix repeats / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Enterobacteria phage phi92 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.803 Å
データ登録者Plattner, M. / Browning, C. / Gerardy-Schahn, R. / Shneider, M.M. / Leiman, P.G. / Schwarzer, D.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the colanidase tailspike protein gp150 of Phage Phi92 complexed with one repeating unit of colanic acid
著者: Browning, C. / Plattner, M. / Shneider, M.M. / Gerardy-Schahn, R. / Leiman, P.G. / Schwarzer, D.
履歴
登録2018年7月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 3.02025年4月16日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct_asym / struct_conn / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_special_symmetry.auth_seq_id / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Bacteriophage Phi92 gp150
B: Bacteriophage Phi92 gp150
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,14119
ポリマ－134,7662
非ポリマー3,37617
水21,2401179
1
A: Bacteriophage Phi92 gp150
ヘテロ分子

A: Bacteriophage Phi92 gp150
ヘテロ分子

A: Bacteriophage Phi92 gp150
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)206,50321
ポリマ－202,1483
非ポリマー4,35418
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area29400 Å2
ΔGint-227 kcal/mol
Surface area52600 Å2
手法PISA
2
B: Bacteriophage Phi92 gp150
ヘテロ分子

B: Bacteriophage Phi92 gp150
ヘテロ分子

B: Bacteriophage Phi92 gp150
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)207,92136
ポリマ－202,1483
非ポリマー5,77333
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area33170 Å2
ΔGint-278 kcal/mol
Surface area52420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.623, 117.623, 308.282
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-906-

SO4

21B-906-

SO4

31A-1048-

HOH

41A-1297-

HOH

51A-1381-

HOH

61A-1428-

HOH

71A-1477-

HOH

81A-1559-

HOH

91A-1587-

HOH

101B-1045-

HOH

111B-1102-

HOH

121B-1312-

HOH

131B-1314-

HOH

141B-1328-

HOH

151B-1332-

HOH

161B-1342-

HOH

171B-1393-

HOH

181B-1404-

HOH

191B-1414-

HOH

201B-1445-

HOH

211B-1459-

HOH

221B-1547-

HOH

231B-1569-

HOH

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質 Bacteriophage Phi92 gp150


分子量: 67382.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage phi92 (ファージ)
遺伝子: PHI92_gene_150, PHI92_150 / プラスミド: pTSL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834/DE3 / 参照: UniProt: I7I026
#2: 多糖 4,6-O-[(1R)-1-carboxyethylidene]-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid-(1-3)-alpha-D- ...4,6-O-[(1R)-1-carboxyethylidene]-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid-(1-3)-alpha-D-galactopyranose-(1-3)-alpha-L-fucopyranose-(1-4)-alpha-L-fucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1042.890 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/5,6,5/[a2122h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5][a2112h-1a_1-5][a2122A-1b_1-5][a2112h-1a_1-5_4n1-6n2*1OC^RO*2/3CO/6=O/3C]/1-2-2-3-4-5/a3-b1_b4-c1_c3-d1_d3-e1_e4-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(3+1)][a-L-Fucp]{[(4+1)][a-L-Fucp]{[(3+1)][a-D-Galp]{[(3+1)][b-D-GlcpA]{[(4+1)][b-L-4-deoxy-Arap]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 5種, 1194分子

#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.18 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 10% PEG 8000, 0.2M SrCl2, 0.1M MES pH 6.0, 10mg/ml

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9919 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年3月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→65 Å / Num. obs: 281287 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 2.6 % / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rrim(I) all: 0.096 / Net I/σ(I): 7.47
反射 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.539 / Mean I/σ(I) obs: 1.71 / Num. unique obs: 44765 / CC1/2: 0.848 / Rrim(I) all: 0.491 / % possible all: 94.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_3092: ???)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4RMX

4rmx
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.803→61.461 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.01 / 位相誤差: 19.78
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1765 2852 1.96 %
Rwork0.1529 --
obs0.1534 280687 95.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.803→61.461 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9130 0 212 1179 10521
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0159606
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.17213101
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2815539
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0861485
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081685
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8027-1.82320.4091370.41058057X-RAY DIFFRACTION84
1.8232-1.84460.32671570.31279356X-RAY DIFFRACTION97
1.8446-1.86710.29792160.29199367X-RAY DIFFRACTION97
1.8671-1.89080.3141780.25929081X-RAY DIFFRACTION96
1.8908-1.91570.22291680.23929388X-RAY DIFFRACTION97
1.9157-1.94190.25422230.22289282X-RAY DIFFRACTION98
1.9419-1.96960.23912040.21319439X-RAY DIFFRACTION98
1.9696-1.99910.21891980.19399303X-RAY DIFFRACTION98
1.9991-2.03030.17481490.17059473X-RAY DIFFRACTION97
2.0303-2.06360.21911820.17069357X-RAY DIFFRACTION98
2.0636-2.09920.19242440.16259335X-RAY DIFFRACTION98
2.0992-2.13730.2051700.1619324X-RAY DIFFRACTION98
2.1373-2.17840.18892140.18739235X-RAY DIFFRACTION96
2.1784-2.22290.26632200.22498362X-RAY DIFFRACTION88
2.2229-2.27130.24331640.16029329X-RAY DIFFRACTION96
2.2713-2.32410.17671110.15239411X-RAY DIFFRACTION97
2.3241-2.38220.19351770.14239341X-RAY DIFFRACTION98
2.3822-2.44660.15492010.14039414X-RAY DIFFRACTION98
2.4466-2.51860.17791790.15029329X-RAY DIFFRACTION97
2.5186-2.59990.20581580.1798069X-RAY DIFFRACTION84
2.5999-2.69280.18321620.14339303X-RAY DIFFRACTION97
2.6928-2.80070.18722020.14329408X-RAY DIFFRACTION97
2.8007-2.92810.23041450.14929219X-RAY DIFFRACTION96
2.9281-3.08250.16272370.14779204X-RAY DIFFRACTION97
3.0825-3.27560.16131940.14619290X-RAY DIFFRACTION97
3.2756-3.52850.1622030.14119106X-RAY DIFFRACTION96
3.5285-3.88350.1481520.12749201X-RAY DIFFRACTION95
3.8835-4.44530.12511650.11988969X-RAY DIFFRACTION94
4.4453-5.60010.14022220.12149085X-RAY DIFFRACTION94
5.6001-61.49690.15981580.15139160X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0917-0.1012-0.07970.2431-0.04160.19820.0309-0.61950.00590.5014-0.03260.0055-0.0314-0.0878-0.12931.4020.02230.19121.36560.0520.3301-10.304864.7305-18.6986
20.8767-0.02390.08191.1301-0.10981.06140.0136-0.5516-0.14270.52920.06410.2101-0.0008-0.107-0.0540.4373-0.00930.10090.46790.10740.3296-15.210157.7345-54.1236
30.64560.1191-0.31910.7224-0.09321.25610.04380.018-0.0713-0.00960.05680.15580.0437-0.0689-0.10290.1816-0.0054-0.02530.18160.02880.321-12.971459.6719-86.5652
40.27650.2233-0.01632.8988-0.22730.4425-0.03420.0891-0.0862-0.08760.0969-0.06870.0708-0.0028-0.05640.23480.0136-0.02680.2256-0.08290.31353.671142.3626-104.5725
51.66280.2932-0.34761.4858-0.28250.5567-0.0243-0.4658-0.04130.367-0.0277-0.1079-0.01640.12410.040.34370.0084-0.06990.38090.00620.213-49.666532.238919.4896
60.28210.02040.09490.5925-0.09261.129-0.0488-0.02420.06510.0491-0.0382-0.1241-0.0290.11440.0880.187-0.0023-0.03590.23020.03330.358-42.194936.5205-8.9199
71.3187-0.2831-0.28581.29870.36971.1897-0.04620.15650.1163-0.1924-0.0759-0.24-0.08530.19060.09580.1965-0.01580.01960.24770.08590.3216-39.858839.2784-31.8135
81.6567-0.01610.20151.01960.01751.316-0.06190.4195-0.0429-0.3624-0.0744-0.0925-0.04630.1090.13040.3636-0.00210.0890.38810.07160.2717-43.76837.0223-52.7804
92.6881-2.0663-1.58542.1650.21972.67370.17560.1510.8451-1.14130.4673-0.7941-0.50530.278-0.56550.8915-0.06740.17710.74440.00530.6415-54.002857.9993-71.5906
102.1311-2.1263-1.04142.1430.85332.10230.22920.23471.0725-1.42730.4314-0.9892-0.86120.1133-0.55051.1261-0.07610.29830.77010.0850.9004-52.786963.2893-70.9695
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 201 through 285 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 286 through 532 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 533 through 675 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 676 through 802 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 201 through 261 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 262 through 424 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 425 through 532 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 533 through 675 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 676 through 765 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 766 through 802 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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