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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2obo | ||||||
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タイトル | Structure of HEPATITIS C VIRAL NS3 protease domain complexed with NS4A peptide and ketoamide SCH476776 | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / ketoamide inhibitor / Viral Protein / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 self proteolysis / host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / transformation of host cell by virus / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / host cell membrane / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / serine-type peptidase activity ...self proteolysis / host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / transformation of host cell by virus / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / host cell membrane / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / serine-type peptidase activity / lipid droplet / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / virion component / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / viral nucleocapsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / induction by virus of host autophagy / symbiont entry into host cell / ribonucleoprotein complex / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell nucleus / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Hepatitis C virus (ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Prongay, A.J. / Guo, Z. / Yao, N. / Fischmann, T. / Strickland, C. / Myers Jr., J. / Weber, P.C. / Malcolm, B. / Beyer, B.M. / Ingram, R. ...Prongay, A.J. / Guo, Z. / Yao, N. / Fischmann, T. / Strickland, C. / Myers Jr., J. / Weber, P.C. / Malcolm, B. / Beyer, B.M. / Ingram, R. / Pichardo, J. / Hong, Z. / Prosise, W.W. / Ramanathan, L. / Taremi, S.S. / Yarosh-Tomaine, T. / Zhang, R. / Senior, M. / Yang, R. / Arasappan, A. / Bennett, F. / Bogen, S.F. / Chen, K. / Jao, E. / Liu, Y. / Love, R.G. / Saksena, A.K. / Venkatraman, S. / Girijavallabhan, V. / Njoroge, F.G. / Madison, V. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2007 タイトル: Discovery of the HCV NS3/4A protease inhibitor (1R,5S)-N-[3-amino-1-(cyclobutylmethyl)-2,3-dioxopropyl]-3- [2(S)-[[[(1,1-dimethylethyl)amino]carbonyl]amino]-3,3-dimethyl-1-oxobutyl]- ...タイトル: Discovery of the HCV NS3/4A protease inhibitor (1R,5S)-N-[3-amino-1-(cyclobutylmethyl)-2,3-dioxopropyl]-3- [2(S)-[[[(1,1-dimethylethyl)amino]carbonyl]amino]-3,3-dimethyl-1-oxobutyl]- 6,6-dimethyl-3-azabicyclo[3.1.0]hexan-2(S)-carboxamide (Sch 503034) II. Key steps in structure-based optimization. 著者: Prongay, A.J. / Guo, Z. / Yao, N. / Pichardo, J. / Fischmann, T. / Strickland, C. / Myers Jr., J. / Weber, P.C. / Beyer, B.M. / Ingram, R. / Hong, Z. / Prosise, W.W. / Ramanathan, L. / ...著者: Prongay, A.J. / Guo, Z. / Yao, N. / Pichardo, J. / Fischmann, T. / Strickland, C. / Myers Jr., J. / Weber, P.C. / Beyer, B.M. / Ingram, R. / Hong, Z. / Prosise, W.W. / Ramanathan, L. / Taremi, S.S. / Yarosh-Tomaine, T. / Zhang, R. / Senior, M. / Yang, R.S. / Malcolm, B. / Arasappan, A. / Bennett, F. / Bogen, S.L. / Chen, K. / Jao, E. / Liu, Y.T. / Lovey, R.G. / Saksena, A.K. / Venkatraman, S. / Girijavallabhan, V. / Njoroge, F.G. / Madison, V. #1: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1996 タイトル: Crystal structure of the hepatitis C virus NS3 protease domain complexed with a synthetic NS4A cofactor peptide. 著者: Kim, J.L. / Morgenstern, K.A. / Lin, C. / Fox, T. / Dwyer, M.D. / Landro, J.A. / Chambers, S.P. / Markland, W. / Lepre, C.A. / O'Malley, E.T. / Harbeson, S.L. / Rice, C.M. / Murcko, M.A. / ...著者: Kim, J.L. / Morgenstern, K.A. / Lin, C. / Fox, T. / Dwyer, M.D. / Landro, J.A. / Chambers, S.P. / Markland, W. / Lepre, C.A. / O'Malley, E.T. / Harbeson, S.L. / Rice, C.M. / Murcko, M.A. / Caron, P.R. / Thomson, J.A. #2: ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2005 タイトル: Hepatitis C virus NS3-4A serine protease inhibitors: SAR of P'2 moiety with improved potency. 著者: Arasappan, A. / Njoroge, F.G. / Chan, T.Y. / Bennett, F. / Bogen, S.L. / Chen, K. / Gu, H. / Hong, L. / Jao, E. / Liu, Y.T. / Lovey, R.G. / Parekh, T. / Pike, R.E. / Pinto, P. / Santhanam, B. ...著者: Arasappan, A. / Njoroge, F.G. / Chan, T.Y. / Bennett, F. / Bogen, S.L. / Chen, K. / Gu, H. / Hong, L. / Jao, E. / Liu, Y.T. / Lovey, R.G. / Parekh, T. / Pike, R.E. / Pinto, P. / Santhanam, B. / Venkatraman, S. / Vaccaro, H. / Wang, H. / Yang, X. / Zhu, Z. / Mckittrick, B. / Saksena, A.K. / Girijavallabhan, V. / Pichardo, J. / Butkiewicz, N. / Ingram, R. / Malcolm, B. / Prongay, A. / Yao, N. / Marten, B. / Madison, V. / Kemp, S. / Levy, O. / Lim-Wilby, M. / Tamura, S. / Ganguly, A.K. #3: ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2005 タイトル: Synthesis and biological activity of macrocyclic inhibitors of hepatitis C virus (HCV) NS3 protease. 著者: Chen, K.X. / Njoroge, F.G. / Prongay, A. / Pichardo, J. / Madison, V. / Girijavallabhan, V. #4: ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2005 タイトル: Hepatitis C virus NS3-4A serine protease inhibitors: use of a P2-P1 cyclopropyl alanine combination for improved potency. 著者: Bogen, S. / Saksena, A.K. / Arasappan, A. / Gu, H. / Njoroge, F.G. / Girijavallabhan, V. / Pichardo, J. / Butkiewicz, N. / Prongay, A. / Madison, V. #5: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006 タイトル: Mutations conferring resistance to SCH6, a novel hepatitis C virus NS3/4A protease inhibitor. Reduced RNA replication fitness and partial rescue by second-site mutations. 著者: Yi, M. / Tong, X. / Skelton, A. / Chase, R. / Chen, T. / Prongay, A. / Bogen, S.L. / Saksena, A.K. / Njoroge, F.G. / Veselenak, R.L. / Pyles, R.B. / Bourne, N. / Malcolm, B.A. / Lemon, S.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2obo.cif.gz | 92.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2obo.ent.gz | 68.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2obo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2obo_validation.pdf.gz | 851.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2obo_full_validation.pdf.gz | 860.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2obo_validation.xml.gz | 18.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2obo_validation.cif.gz | 25.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ob/2obo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ob/2obo | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ACBD
#1: タンパク質 | 分子量: 21233.225 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1027 1207 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hepatitis C virus (ウイルス) / 属: Hepacivirus / 遺伝子: HCV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q91RS4 #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2394.039 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1678 1696 / Mutation: C22S / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Hepatitis C virus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q9QP06 |
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-非ポリマー , 4種, 139分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-BME / | #5: 化合物 | ChemComp-HUD / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
非ポリマーの詳細 | UPON BINDING TO SER A139 THE ALDEHYDE GROUP OF THE STARTING MOLECULE HUD FORMS A HEMIACETAL BONDING ...UPON BINDING TO SER A139 THE ALDEHYDE GROUP OF THE STARTING MOLECULE HUD FORMS A HEMIACETAL |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.04 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: The protein (NS3 complexed with KK-NS4a(21-39)-KK peptide) was at 12-15 mg/ml in 15 mM MES, pH 6.5 1 M NaCl 20 mM b-mercaptoethanol. Hanging Drops were formed by mixing 4:l protein solution ...詳細: The protein (NS3 complexed with KK-NS4a(21-39)-KK peptide) was at 12-15 mg/ml in 15 mM MES, pH 6.5 1 M NaCl 20 mM b-mercaptoethanol. Hanging Drops were formed by mixing 4:l protein solution with 4:l {0.75-1.0 M NaCl, 0.1M Na/K phosphate 0.1 M Mes, pH 5.8-6.1 20 mM b-mercaptoethanol} The drop was equilibrated the drops over 1 ml {(1.25-1.50 M) NaCl - 0.1M Na/K phosphate 0.1 M Mes, pH 5.6-5.8, 20 mM b-mercaptoethanol} , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 22055 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 27.999 Å2 / Rsym value: 0.069 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.66 Å / 冗長度: 2.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 1443 / Rsym value: 0.466 / % possible all: 99.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: PDB Entry 2O8M 解像度: 2.6→8 Å /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.71 Å
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