PDB-2oap: Crystal structure of the archaeal secretion ATPase GspE in comple...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2oap

タイトル

Crystal structure of the archaeal secretion ATPase GspE in complex with AMP-PNP

要素

Type II secretion system protein

キーワード

HYDROLASE / Hexameric ATPase

機能・相同性

機能・相同性情報

ATP hydrolysis activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Archaeoglobus fulgidus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.95 Å

データ登録者

Yamagata, A. / Tainer, J.A.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2007
タイトル: Hexameric structures of the archaeal secretion ATPase GspE and implications for a universal secretion mechanism.
著者: Yamagata, A. / Tainer, J.A.

履歴

登録	2006年12月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年2月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2oap.cif.gz	215.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2oap.ent.gz	170.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2oap.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oa/2oap ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oa/2oap	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2oaqC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2oaq-1 4ii7-1 4ii7-2 4ihq-1 6uji-2 1xpo-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

#211 - 2017年7月
線毛機械 (Pilus Machine)
類似性 (2)
#108 - 2008年12月
Hsp90 (Hsp90)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
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インスリン受容体 (Insulin receptor)
類似性 (1)
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類似性 (1)
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リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase)
類似性 (1)
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Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
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解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#73 - 2006年1月
トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
類似性 (1)
#80 - 2006年8月
AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

1: Type II secretion system protein

2: Type II secretion system protein

ヘテロ分子

121 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

1: Type II secretion system protein

2: Type II secretion system protein

ヘテロ分子

1: Type II secretion system protein

2: Type II secretion system protein

ヘテロ分子

1: Type II secretion system protein

2: Type II secretion system protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
362 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	132.864, 132.864, 442.261
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

詳細

The biological assembly is a hexamer generated from the dimer in the asymmetric unit by the operations: y-x,-x,z and -y,x-y,z

#1: タンパク質	Type II secretion system protein / GspE-2 分子量: 59895.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 株: DSM 4304 / プラスミド: pET11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: O29598
#2: 化合物	ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP 分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₆O₁₂P₃ コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.76 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.9 詳細: 10% PEG 8000, 5% PEG 400, 1.5 M NaCl, 0.1 M Na/K phosphate, pH 8.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		1
3		1

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.96333,0.97912,0.97802

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月4日 / 詳細: mirros

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.96333	1
2	0.97912	1
3	0.97802	1

Reflection

D res low: 20 Å

冗長度 (%)	ID	Av σ(I) over netI	数	R_merge(I) obs	Χ²	D res high (Å)	Num. obs	% possible obs
11	1	9.2	303876	0.091	1.37	3.1	27686	100
11	2	8.7	277376	0.097	1.45	3.2	25231	100
10.9	3	7.7	273965	0.105	1.26	3.2	25211	99.9

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
6.61	20	99.7	1	0.054	3.498	10.4
5.27	6.61	100	1	0.082	1.985	10.8
4.62	5.27	100	1	0.072	1.66	11
4.2	4.62	99.9	1	0.067	1.232	11.1
3.9	4.2	100	1	0.083	1.032	11.1
3.67	3.9	100	1	0.106	0.945	11.2
3.49	3.67	100	1	0.141	0.897	11.2
3.34	3.49	100	1	0.199	0.864	11.1
3.21	3.34	100	1	0.26	0.826	11.1
3.1	3.21	100	1	0.34	0.782	11
6.81	20	99.8	2	0.057	4.131	10.4
5.44	6.81	100	2	0.087	1.974	10.7
4.77	5.44	100	2	0.084	1.684	11
4.33	4.77	100	2	0.071	1.282	11
4.03	4.33	100	2	0.086	1.062	11.1
3.79	4.03	100	2	0.109	0.98	11.2
3.6	3.79	100	2	0.144	0.919	11.2
3.45	3.6	100	2	0.181	0.867	11.1
3.31	3.45	100	2	0.262	0.842	11.1
3.2	3.31	100	2	0.334	0.798	11.1
6.81	20	99.9	3	0.048	2.825	10.4
5.44	6.81	100	3	0.086	1.432	10.7
4.77	5.44	100	3	0.091	1.459	11
4.33	4.77	100	3	0.084	1.299	11
4.03	4.33	100	3	0.104	1.09	11.1
3.79	4.03	100	3	0.133	1	11.2
3.6	3.79	100	3	0.176	0.922	11.1
3.45	3.6	100	3	0.226	0.873	11.1
3.31	3.45	100	3	0.329	0.838	11
3.2	3.31	98.8	3	0.431	0.786	10

反射

解像度: 2.95→49.83 Å / Num. all: 32158 / Num. obs: 32158 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 10.9 % / B_iso Wilson estimate: 118.8 Å² / Limit h max: 39 / Limit h min: 0 / Limit k max: 39 / Limit k min: 0 / Limit l max: 149 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 53079.17 / Observed criterion F min: 0.32 / R_merge(I) obs: 0.106 / Χ²: 1.106 / Net I/σ(I): 7.2

反射シェル

解像度: 2.95→3.06 Å / 冗長度: 10.6 % / R_merge(I) obs: 0.478 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Num. unique all: 3128 / Χ²: 0.622 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing MAD

D res high: 3.1 Å / D res low: 19.97 Å / FOM acentric: 0.606 / FOM centric: 0.448 / Reflection acentric: 24888 / Reflection centric: 2403

Phasing MAD set

ID	最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	Power acentric	Power centric	Reflection acentric	Reflection centric
ISO_1	3.1	19.97	0	0	24888	2398
ISO_2	3.1	19.97	1.327	0.989	22604	2220
ISO_3	3.1	19.97	0.479	0.366	22579	2218
ANO_1	3.1	19.97	2.036	0	24886	0
ANO_2	3.1	19.97	0.766	0	22602	0
ANO_3	3.1	19.97	1.176	0	22498	0

Phasing MAD set shell

ID	解像度 (Å)	Power acentric	Power centric	Reflection acentric	Reflection centric
ISO_1	11.48-19.97	0	0	353	128
ISO_1	8.88-11.48	0	0	521	116
ISO_1	7.51-8.88	0	0	670	120
ISO_1	6.62-7.51	0	0	774	103
ISO_1	5.98-6.62	0	0	894	107
ISO_1	5.5-5.98	0	0	972	108
ISO_1	5.12-5.5	0	0	1054	116
ISO_1	4.81-5.12	0	0	1153	100
ISO_1	4.55-4.81	0	0	1206	121
ISO_1	4.33-4.55	0	0	1283	93
ISO_1	4.14-4.33	0	0	1346	107
ISO_1	3.97-4.14	0	0	1397	110
ISO_1	3.82-3.97	0	0	1470	132
ISO_1	3.68-3.82	0	0	1513	141
ISO_1	3.56-3.68	0	0	1610	121
ISO_1	3.45-3.56	0	0	1631	136
ISO_1	3.35-3.45	0	0	1697	142
ISO_1	3.26-3.35	0	0	1726	125
ISO_1	3.18-3.26	0	0	1785	136
ISO_1	3.1-3.18	0	0	1833	136
ANO_1	11.48-19.97	4.037	0	353	0
ANO_1	8.88-11.48	4.92	0	521	0
ANO_1	7.51-8.88	5.322	0	670	0
ANO_1	6.62-7.51	5.117	0	774	0
ANO_1	5.98-6.62	4.698	0	894	0
ANO_1	5.5-5.98	4.058	0	972	0
ANO_1	5.12-5.5	3.69	0	1054	0
ANO_1	4.81-5.12	3.502	0	1153	0
ANO_1	4.55-4.81	3.257	0	1206	0
ANO_1	4.33-4.55	3.052	0	1283	0
ANO_1	4.14-4.33	2.559	0	1346	0
ANO_1	3.97-4.14	2.056	0	1397	0
ANO_1	3.82-3.97	1.807	0	1470	0
ANO_1	3.68-3.82	1.555	0	1513	0
ANO_1	3.56-3.68	1.381	0	1610	0
ANO_1	3.45-3.56	1.157	0	1631	0
ANO_1	3.35-3.45	1.012	0	1697	0
ANO_1	3.26-3.35	0.876	0	1726	0
ANO_1	3.18-3.26	0.787	0	1785	0
ANO_1	3.1-3.18	0.726	0	1831	0
ISO_2	11.48-19.97	3.047	2.15	353	128
ISO_2	8.88-11.48	2.822	1.92	521	116
ISO_2	7.51-8.88	2.902	2.052	670	120
ISO_2	6.62-7.51	2.984	2.28	774	103
ISO_2	5.98-6.62	2.618	2.096	894	107
ISO_2	5.5-5.98	2.24	1.512	972	108
ISO_2	5.12-5.5	2.09	1.649	1054	116
ISO_2	4.81-5.12	1.905	1.487	1153	100
ISO_2	4.55-4.81	1.661	1.248	1206	121
ISO_2	4.33-4.55	1.623	1.096	1283	93
ISO_2	4.14-4.33	1.323	0.8	1346	107
ISO_2	3.97-4.14	1.208	0.883	1397	110
ISO_2	3.82-3.97	1.058	0.704	1470	132
ISO_2	3.68-3.82	0.933	0.598	1513	141
ISO_2	3.56-3.68	0.854	0.437	1610	121
ISO_2	3.45-3.56	0.733	0.395	1631	136
ISO_2	3.35-3.45	0.634	0.35	1697	142
ISO_2	3.26-3.35	0.547	0.326	1726	125
ISO_2	3.18-3.26	0.512	0.309	1334	94
ISO_2	3.1-3.18	0	0	0	0
ANO_2	11.48-19.97	0.861	0	353	0
ANO_2	8.88-11.48	0.988	0	521	0
ANO_2	7.51-8.88	1.07	0	670	0
ANO_2	6.62-7.51	1.138	0	774	0
ANO_2	5.98-6.62	1.18	0	894	0
ANO_2	5.5-5.98	1.115	0	972	0
ANO_2	5.12-5.5	1.083	0	1054	0
ANO_2	4.81-5.12	1.052	0	1153	0
ANO_2	4.55-4.81	0.99	0	1206	0
ANO_2	4.33-4.55	0.979	0	1283	0
ANO_2	4.14-4.33	0.854	0	1346	0
ANO_2	3.97-4.14	0.745	0	1397	0
ANO_2	3.82-3.97	0.678	0	1470	0
ANO_2	3.68-3.82	0.581	0	1513	0
ANO_2	3.56-3.68	0.522	0	1610	0
ANO_2	3.45-3.56	0.459	0	1631	0
ANO_2	3.35-3.45	0.403	0	1697	0
ANO_2	3.26-3.35	0.363	0	1725	0
ANO_2	3.18-3.26	0.334	0	1333	0
ANO_2	3.1-3.18	0	0	0	0
ISO_3	11.48-19.97	0.637	0.457	353	128
ISO_3	8.88-11.48	0.642	0.434	521	116
ISO_3	7.51-8.88	0.608	0.453	670	120
ISO_3	6.62-7.51	0.666	0.503	773	102
ISO_3	5.98-6.62	0.615	0.444	894	107
ISO_3	5.5-5.98	0.588	0.398	972	108
ISO_3	5.12-5.5	0.562	0.412	1054	116
ISO_3	4.81-5.12	0.502	0.383	1153	100
ISO_3	4.55-4.81	0.449	0.358	1206	121
ISO_3	4.33-4.55	0.454	0.298	1283	93
ISO_3	4.14-4.33	0.429	0.315	1346	107
ISO_3	3.97-4.14	0.433	0.318	1397	110
ISO_3	3.82-3.97	0.419	0.291	1470	132
ISO_3	3.68-3.82	0.395	0.3	1513	141
ISO_3	3.56-3.68	0.375	0.231	1610	121
ISO_3	3.45-3.56	0.344	0.218	1631	136
ISO_3	3.35-3.45	0.315	0.201	1697	142
ISO_3	3.26-3.35	0.298	0.196	1725	125
ISO_3	3.18-3.26	0.264	0.153	1311	93
ISO_3	3.1-3.18	0	0	0	0
ANO_3	11.48-19.97	2.835	0	353	0
ANO_3	8.88-11.48	3.312	0	521	0
ANO_3	7.51-8.88	3.911	0	670	0
ANO_3	6.62-7.51	3.239	0	773	0
ANO_3	5.98-6.62	2.911	0	894	0
ANO_3	5.5-5.98	2.327	0	972	0
ANO_3	5.12-5.5	2.053	0	1054	0
ANO_3	4.81-5.12	1.996	0	1153	0
ANO_3	4.55-4.81	1.712	0	1206	0
ANO_3	4.33-4.55	1.677	0	1283	0
ANO_3	4.14-4.33	1.321	0	1346	0
ANO_3	3.97-4.14	1.062	0	1397	0
ANO_3	3.82-3.97	0.928	0	1470	0
ANO_3	3.68-3.82	0.773	0	1513	0
ANO_3	3.56-3.68	0.682	0	1610	0
ANO_3	3.45-3.56	0.59	0	1630	0
ANO_3	3.35-3.45	0.516	0	1692	0
ANO_3	3.26-3.35	0.46	0	1722	0
ANO_3	3.18-3.26	0.413	0	1239	0
ANO_3	3.1-3.18	0	0	0	0

Phasing MAD set site

ID	Cartn x (Å)	Cartn y (Å)	Cartn z (Å)	Atom type symbol	B iso	Occupancy
1	-27.733	-79.25	-419.029	SE	63.19	1.61
2	-25.057	-73.521	-406.379	SE	63.78	1.29
3	-15.461	-51.206	-424.124	SE	60.87	1.79
4	-45.417	-68.248	-411.583	SE	39.87	1.2
5	-20.471	-97.44	-429.187	SE	43.48	1.39
6	-19.686	-95.521	-412.851	SE	79.77	1.66
7	-32.914	-111.892	-416.439	SE	52.84	1.47
8	-20.872	-84.809	-420.53	SE	58.47	1.41
9	-23.616	-108.333	-418.481	SE	52.72	1.64
10	-77.738	-86.028	-421.146	SE	71.99	1.65
11	-58.431	-67.98	-418.351	SE	55.3	1.24
12	-53.094	-68.624	-417.295	SE	49.46	1.24
13	-84.461	-79.929	-434.214	SE	58.74	1.27
14	-58.342	-71.734	-424.59	SE	58.22	1.39
15	-87.781	-74.144	-430.781	SE	62.42	1.56
16	-41.906	-79.046	-427.653	SE	49.24	1.15
17	-39.116	-97.668	-396.935	SE	73.32	1.49
18	-71.49	-81.443	-426.671	SE	57.42	1.45
19	-72.318	-86.477	-421.584	SE	63.26	1.44
20	7.324	-101.707	-422.244	SE	49.03	1.33
21	-5.876	-99.546	-425.296	SE	69.42	1.68
22	-33.348	-52.116	-398.535	SE	68.62	1.48
23	16.968	-110.386	-413.456	SE	49.86	1.51
24	-107.085	-40.264	-430.041	SE	48.64	1.22
25	-96.704	-61.261	-414.855	SE	96.54	1.63
26	-40.391	-92.588	-390.333	SE	99.69	1.48
27	-39.688	-93.58	-425.325	SE	84.65	1
28	-23.459	-83.538	-397.662	SE	30	0.49

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM acentric	FOM centric	Reflection acentric	Reflection centric
11.48-19.97	0.939	0.801	353	128
8.88-11.48	0.917	0.753	521	118
7.51-8.88	0.926	0.821	670	120
6.62-7.51	0.911	0.682	774	105
5.98-6.62	0.88	0.702	894	107
5.5-5.98	0.846	0.63	972	108
5.12-5.5	0.81	0.653	1054	116
4.81-5.12	0.809	0.612	1153	100
4.55-4.81	0.782	0.524	1206	122
4.33-4.55	0.763	0.545	1283	93
4.14-4.33	0.72	0.491	1346	107
3.97-4.14	0.656	0.433	1397	110
3.82-3.97	0.599	0.342	1470	132
3.68-3.82	0.558	0.227	1513	141
3.56-3.68	0.511	0.217	1610	121
3.45-3.56	0.46	0.214	1631	136
3.35-3.45	0.416	0.199	1697	142
3.26-3.35	0.372	0.157	1726	125
3.18-3.26	0.325	0.14	1785	136
3.1-3.18	0.278	0.151	1833	136

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHARP		位相決定
SOLOMON		位相決定
CNS	1.1	精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.95→49.83 Å / R_factor R_free error: 0.006 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.234	1542	4.8 %	random
R_work	0.226	-	-	-
all	-	32165	-	-
obs	-	31239	97.1 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / B_sol: 43.959 Å² / k_sol: 0.32981 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 125.13 Å² / B_iso mean: 53.853 Å² / B_iso min: 11.27 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	9.744 Å²	-5.475 Å²	0 Å²
2-	-	9.744 Å²	0 Å²
3-	-	-	-19.488 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.38 Å	0.35 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.62 Å	0.62 Å
Luzzati d res high	-	2.95

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.95→49.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7977	0	63	0	8040

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d	0.007
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg	1.4
X-RAY DIFFRACTION	x_torsion_deg	23.1
X-RAY DIFFRACTION	x_torsion_impr_deg	0.85

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	% reflection R_free (%)	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor R_free error	Num. reflection all	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
2.95-3.08	0.42	194	5.3	0.405	3447	0.03	3959	3641	92
3.08-3.25	0.319	197	5.3	0.307	3546	0.023	3958	3743	94.6
3.25-3.45	0.28	185	4.8	0.262	3632	0.021	3971	3817	96.1
3.45-3.72	0.253	188	4.8	0.225	3696	0.018	3992	3884	97.3
3.72-4.09	0.188	199	5.1	0.184	3730	0.013	4000	3929	98.2
4.09-4.68	0.156	187	4.7	0.164	3786	0.011	4013	3973	99
4.68-5.9	0.199	199	4.9	0.196	3850	0.014	4067	4049	99.6
5.9-49.83	0.249	193	4.6	0.242	4010	0.018	4222	4203	99.5

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	protein_rep.param	protein.top
X-RAY DIFFRACTION	2	anpB.param	anpB.top
X-RAY DIFFRACTION	3	ion.param	ion.top

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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