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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2oam | ||||||
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タイトル | Apo RebH from Lechevalieria aerocolonigenes | ||||||
要素 | Tryptophan halogenase | ||||||
キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN/FLAVOPROTEIN / tryptophan-7-halogenase / flavin-binding / rebeccamycin biosynthesis / BIOSYNTHETIC PROTEIN-FLAVOPROTEIN COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Lechevalieria aerocolonigenes (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Blasiak, L.C. / Drennan, C.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007 タイトル: Chlorination by a long-lived intermediate in the mechanism of flavin-dependent halogenases(,). 著者: Yeh, E. / Blasiak, L.C. / Koglin, A. / Drennan, C.L. / Walsh, C.T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2oam.cif.gz | 228.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2oam.ent.gz | 182.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2oam.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oa/2oam ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oa/2oam | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 62540.070 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Lechevalieria aerocolonigenes (バクテリア) 遺伝子: rbmJ, rebH / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8KHZ8 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.93 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.2 M Na/K phosphate, pH 7.0, hanging drop, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.97946 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月7日 / 詳細: Inter-frame total dead time: 3s. |
放射 | モノクロメーター: Side-scattering cuberoot I-beam bent single crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97946 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→41.7 Å / Num. all: 75915 / Num. obs: 75915 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 49.8 Å2 / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 18.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 4.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 7545 / Rsym value: 0.495 / % possible all: 99.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: PDB ENTRY 2E4G 解像度: 2.3→41.7 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | Bsol: 40.41 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.989 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→41.7 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å
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Xplor file |
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