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Yorodumi- PDB-2oa1: Crystal Structure of RebH, a FAD-dependent halogenase from Lechev... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2oa1 | ||||||
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Title | Crystal Structure of RebH, a FAD-dependent halogenase from Lechevalieria aerocolonigenes, the L-Tryptophan with FAD complex | ||||||
Components | Tryptophan halogenase | ||||||
Keywords | BIOSYNTHETIC PROTEIN / FLAVOPROTEIN / RebH / Rebeccamycin / halogenase / flavin | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Lechevalieria aerocolonigenes (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / 2O9Z / Resolution: 2.15 Å | ||||||
Authors | Bitto, E. / Bingman, C.A. / Singh, S. / Phillips Jr., G.N. | ||||||
Citation | Journal: Proteins / Year: 2008 Title: The structure of flavin-dependent tryptophan 7-halogenase RebH. Authors: Bitto, E. / Huang, Y. / Bingman, C.A. / Singh, S. / Thorson, J.S. / Phillips Jr., G.N. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2oa1.cif.gz | 252.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2oa1.ent.gz | 197.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2oa1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oa/2oa1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oa/2oa1 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 12 - 528 / Label seq-ID: 32 - 548
|
-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 62540.070 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Lechevalieria aerocolonigenes (bacteria) Strain: 39243 / Gene: rbmJ, rebH / Plasmid: pET28a / Species (production host): Escherichia coli / Production host: Escherichia coli BL21 (bacteria) / Strain (production host): BL21 / References: UniProt: Q8KHZ8 |
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-Non-polymers , 5 types, 1061 molecules
#2: Chemical | ChemComp-CL / | ||||||
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#3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-FAD / | #5: Chemical | ChemComp-ADN / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.5 Å3/Da / Density % sol: 64.7 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: Protein Solution (18 mg/ml protein, 0.050 M sodium chloride, 0.010 M TRIS pH 8.0) mixed in a 1:1 ratio with the Well Solution (0.9 M K2HPO4, 0.5 M NaH2PO4) crystals soaked for 22 hours in ...Details: Protein Solution (18 mg/ml protein, 0.050 M sodium chloride, 0.010 M TRIS pH 8.0) mixed in a 1:1 ratio with the Well Solution (0.9 M K2HPO4, 0.5 M NaH2PO4) crystals soaked for 22 hours in solution of 0.6 M K2HPO4, 0.33 M NaH2PO4, ~0.005 M FAD, ~0.003 M L-tryptophan, 0.030 M NaCl, Cryoprotected with: well solution supplemented with up to 30% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-D / Wavelength: 0.97931 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jun 18, 2006 / Details: Adjustable focusing mirrors in K-B geometry | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) Double Crystal Monochromater / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97931 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.15→49.576 Å / Num. obs: 92078 / % possible obs: 98.8 % / Redundancy: 20.4 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Χ2: 1.013 / Net I/σ(I): 24.905 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: 2O9Z Starting model: apo form of same protein in same lattice Resolution: 2.15→19.952 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / WRfactor Rfree: 0.178 / WRfactor Rwork: 0.139 / SU B: 7.782 / SU ML: 0.105 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.148 / ESU R Free: 0.141 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 38.03 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.15→19.952 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Number: 4228 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL
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