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万見
- PDB-2e4g: RebH with bound L-Trp -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2e4g
タイトルRebH with bound L-Trp
要素Tryptophan halogenase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / FLAVOPROTEIN / tryptophan-7-halogenase / flavin-binding / rebeccamycin biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


tryptophan 7-halogenase / monooxygenase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Flavin-dependent tryptophan halogenase / Flavin-dependent halogenase / Tryptophan halogenase / : / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRYPTOPHAN / Tryptophan 7-halogenase RebH
類似検索 - 構成要素
生物種Lechevalieria aerocolonigenes (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.08 Å
データ登録者Blasiak, L.C. / Drennan, C.L.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: Chlorination by a long-lived intermediate in the mechanism of flavin-dependent halogenases
著者: Yeh, E. / Blasiak, L.C. / Koglin, A. / Drennan, C.L. / Walsh, C.T.
履歴
登録2006年12月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tryptophan halogenase
B: Tryptophan halogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,4894
ポリマ－125,0802
非ポリマー4082
水15,006833
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4220 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area39010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.750, 114.750, 231.233
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number171
Space group name H-MP62
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-1112-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Tryptophan halogenase / RebH / Putative halogenase of tryptophan / Halogenase


分子量: 62540.070 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lechevalieria aerocolonigenes (バクテリア)
遺伝子: rebH / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8KHZ8
#2: 化合物 ChemComp-TRP / TRYPTOPHAN / トリプトファン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 204.225 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H12N2O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 833 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.98 %
結晶化温度: 277 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.2M Na/K phosphate, pH 7.0, hanging drop, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月7日 / 詳細: Inter-frame total dead time: 3s.
放射モノクロメーター: Side-scattering cuberoot I-beam bent single crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→41.8 Å / Num. all: 102800 / Num. obs: 102800 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 37.7 Å2 / Rsym value: 0.082 / Χ2: 1.089 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 2.08→2.15 Å / 冗長度: 4.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 10227 / Rsym value: 0.497 / Χ2: 0.729 / % possible all: 99.5

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位相決定

Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3.05 Å30.49 Å
Translation3.05 Å30.49 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2AQJ

2aqj


解像度: 2.08→41.8 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.212 4797 4.7 %random
Rwork0.186 ---
all-102800 --
obs-96465 93.7 %-
溶媒の処理Bsol: 52.185 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 32.149 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.261 Å2-1.953 Å20 Å2
2---2.261 Å20 Å2
3---4.521 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.26 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.23 Å0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.08→41.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8475 0 30 833 9338
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0061.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2692
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.62
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.792.5
LS精密化 シェル解像度: 2.08→2.15 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 440 -
Rwork0.25 --
obs-8460 0.86 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2ion.param
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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