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万見
- PDB-2oa4: Solution NMR Structure: Northeast Structural Genomics Consortium ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2oa4
タイトルSolution NMR Structure: Northeast Structural Genomics Consortium Target SiR5
要素SiR5
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / SiR5 / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


sequence-specific DNA binding
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF1153 / Protein of unknown function (DUF1153) / Trp repressor/replication initiator / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DUF1153 domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Silicibacter pomeroyi (バクテリア)
手法溶液NMR
データ登録者Wang, L. / Rossi, P. / Chen, C.X. / Nwosu, C. / Cunningham, K. / Ma, L.-C. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Swapna, G.V.T. ...Wang, L. / Rossi, P. / Chen, C.X. / Nwosu, C. / Cunningham, K. / Ma, L.-C. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Swapna, G.V.T. / Acton, T.B. / Burkhard, R. / Montelione, G.T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Northeast Structural Genomics Consortium Target SiR5
著者: Wang, L. / Rossi, P. / Chen, C.X. / Nwosu, C. / Cunningham, K. / Ma, L.-C. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Swapna, G.V.T. / Acton, T.B. / Burkhard, R. / Montelione, G.T.
履歴
登録2006年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Remark 999SEQUENCE Authors state that the residue 59 is a Thr. This discrepancy could possibly be due to a ...SEQUENCE Authors state that the residue 59 is a Thr. This discrepancy could possibly be due to a naturally occuring polymorphism, an error in the sequence database, or a mutation in their specific clone

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SiR5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,4771
ポリマ－11,4771
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 SiR5


分子量: 11477.274 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Silicibacter pomeroyi (バクテリア)
遺伝子: SPO1678 / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL10 / 参照: UniProt: Q5LST8

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-separated NOESY
1213D 15N-separated NOESY
131(H)CCH-TOCSY
141(H)CCH-COSY
151CC(CO)NH-TOCSY
1613D HN(CA)CB
171HN(CO)CACB
181HBHA(CO)NH
191HNCA
1101HNCO
1112C13 HSQC noct Stereospecific VL Me assign
1122Het-NOE, T1/Tirho
1131C13 Aromatic NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.0mM U-13C, 15N SiR5, 5% D2O, 95% H2O5% D2O, 95% H2O
21.150mM 5%-13C, 15N SiR5, 5% D2O, 95% H2O5% D2O, 95% H2O
試料状態イオン強度: 0.1M NaCl / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 293 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001
Varian INOVAVarianINOVA6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR6.1CVarian Inc.collection
XwinNMR3.5Bruker Biospincollection
DYANA1.2構造決定
X-PLOR2.11.2精密化
NMRPipe2005Delaglio解析
AutoAssign2.2.1Moseley et al.構造決定
AutoStructure2.1.1Huang et al.構造決定
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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