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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2wg7 | ||||||
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タイトル | Structure of Oryza Sativa (Rice) PLA2 | ||||||
![]() | PUTATIVE PHOSPHOLIPASE A2 | ||||||
![]() | HYDROLASE / SECRETORY PLA2 | ||||||
機能・相同性 | ![]() phospholipase A2 activity / phospholipase A2 / arachidonic acid secretion / phospholipid metabolic process / lipid catabolic process / lipid binding / calcium ion binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Guy, J.E. / Stahl, U. / Lindqvist, Y. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of a Class Xib Phospholipase A2 (Pla2): Rice (Oryza Sativa) Isoform-2 Pla2 and an Octanoate Complex. 著者: Guy, J.E. / Stahl, U. / Lindqvist, Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 58.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 46.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 435.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 437.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13980.892 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-NA / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.98 % 解説: THIS IS THE HIGHER RESOLUTION STRUCTURE WHICH WAS SOLVED BY MR FROM AN INITIAL S-SAD MODEL |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 詳細: VAPOUR DIFFUSION, 20 DEGREES WELL CONTAINED 0.75ML OF SOLUTION A (16-18% PEG3350, 0.1M BISTRISPROPANE PH 6.5, 0.2M POTASSIUM THIOCYANATE) AND 0.25ML SOLUTION B (0.1M SODIUM ACETATE PH 4.6, 2M SODIUM CHLORIDE) |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | 解像度: 2→27 Å / Num. obs: 18175 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 13.91 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 1.96 / % possible all: 98 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: NONE 解像度: 2→27.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 3.408 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.167 / ESU R Free: 0.156 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.68 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→27.05 Å
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拘束条件 |
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