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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2o97 | ||||||
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Title | Crystal Structure of E. coli HU heterodimer | ||||||
![]() |
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![]() | DNA BINDING PROTEIN / DNA-binding / heterodimer / DNA structure / DNA supercoiling / E. coli | ||||||
Function / homology | ![]() HU-DNA complex / DnaA-HU complex / bacterial nucleoid packaging / chromosome condensation / DNA replication initiation / structural constituent of chromatin / DNA repair / DNA-templated transcription / DNA damage response / DNA binding ...HU-DNA complex / DnaA-HU complex / bacterial nucleoid packaging / chromosome condensation / DNA replication initiation / structural constituent of chromatin / DNA repair / DNA-templated transcription / DNA damage response / DNA binding / identical protein binding / membrane / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Guo, F. / Adhya, S. | ||||||
![]() | ![]() Title: Spiral structure of Escherichia coli HU{alpha}beta provides foundation for DNA supercoiling. Authors: Guo, F. / Adhya, S. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 39.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 27.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 434.3 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 436.1 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 7.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 9.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 |
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Unit cell |
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Details | Four dimers form a tetragonal unit of a spiral filament by symmetry operation. The space group is I41. |
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Components
#1: Protein | Mass: 9549.979 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: Protein | Mass: 9239.575 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#3: Chemical | ChemComp-NI / |
#4: Chemical | ChemComp-CL / |
#5: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.79 Å3/Da / Density % sol: 55.94 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / pH: 8.5 Details: 0.1M Tris-HCl, 0.01M nickel chloride, 20% PEG-MME2000, 5% glycerol, pH 8.5, EVAPORATION, temperature 298K, pH 8.50 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 200 K |
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Diffraction source | Source: ![]() |
Detector | Type: MAR scanner 345 mm plate / Detector: IMAGE PLATE / Date: Oct 20, 2004 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.4→20 Å / Num. obs: 7084 / % possible obs: 92.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 6.23 % / Rmerge(I) obs: 0.035 / Net I/σ(I): 28.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.4→2.49 Å / Rmerge(I) obs: 0.362 / % possible all: 64.7 |
-Phasing
Phasing MR | Rfactor: 0.526 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.643
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Phasing dm | Method: Solvent flattening and Histogram matching / Reflection: 4583 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 51.81 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.45→20 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.45→2.52 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 41.6916 Å / Origin y: 61.3725 Å / Origin z: -1.4093 Å
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Refinement TLS group |
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