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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2o8x
タイトルCrystal structure of the "-35 element" promoter recognition domain of Mycobacterium tuberculosis SigC
要素Probable RNA polymerase sigma-C factor
キーワードTRANSCRIPTION / promoter recognition / transcription regulation / helix-turn-helix motif
機能・相同性
機能・相同性情報


response to water / sigma factor activity / DNA-templated transcription initiation / response to heat / response to hypoxia / response to xenobiotic stimulus / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase sigma factor 70, region 4 type 2 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma factor 70, ECF, conserved site / Sigma-70 factors ECF subfamily signature. / RNA polymerase sigma-70 like / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like ...RNA polymerase sigma factor 70, region 4 type 2 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma factor 70, ECF, conserved site / Sigma-70 factors ECF subfamily signature. / RNA polymerase sigma-70 like / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ECF RNA polymerase sigma factor SigC / ECF RNA polymerase sigma factor SigC
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Thakur, K.G. / Joshi, A.M. / Gopal, B.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Structural and biophysical studies on two promoter recognition domains of the extra-cytoplasmic function sigma factor sigma(C) from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Thakur, K.G. / Joshi, A.M. / Gopal, B.
履歴
登録2006年12月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable RNA polymerase sigma-C factor
B: Probable RNA polymerase sigma-C factor
C: Probable RNA polymerase sigma-C factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,02412
ポリマ－22,1593
非ポリマー8659
水30617
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5050 Å2
ΔGint-164 kcal/mol
Surface area8870 Å2
手法PISA
2
A: Probable RNA polymerase sigma-C factor
B: Probable RNA polymerase sigma-C factor
C: Probable RNA polymerase sigma-C factor
ヘテロ分子
x 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)276,284144
ポリマ－265,90936
非ポリマー10,375108
水64936
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555-z,-x,y1
crystal symmetry operation10_555-y,z,-x1
crystal symmetry operation16_544x,-y-1/2,-z-1/21
crystal symmetry operation20_544-z,x-1/2,-y-1/21
crystal symmetry operation24_544-y,-z-1/2,x-1/21
crystal symmetry operation27_554-x+1/2,y,-z-1/21
crystal symmetry operation30_554z+1/2,-x,-y-1/21
crystal symmetry operation33_554y+1/2,z,x-1/21
crystal symmetry operation38_545-x+1/2,-y-1/2,z1
crystal symmetry operation41_545z+1/2,x-1/2,y1
crystal symmetry operation47_545y+1/2,-z-1/2,-x1
Buried area75660 Å2
ΔGint-2123 kcal/mol
Surface area91480 Å2
手法PISA
3
A: Probable RNA polymerase sigma-C factor
B: Probable RNA polymerase sigma-C factor
C: Probable RNA polymerase sigma-C factor
ヘテロ分子

A: Probable RNA polymerase sigma-C factor
B: Probable RNA polymerase sigma-C factor
C: Probable RNA polymerase sigma-C factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,04724
ポリマ－44,3186
非ポリマー1,72918
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation27_554-x+1/2,y,-z-1/21
Buried area11150 Å2
ΔGint-345 kcal/mol
Surface area16710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)161.330, 161.330, 161.330
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number196
Space group name H-MF23

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要素

#1: タンパク質 Probable RNA polymerase sigma-C factor


分子量: 7386.354 Da / 分子数: 3 / 断片: Region 4, Promoter -35 element recognition domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: sigC / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLysS / 参照: UniProt: P66809, UniProt: P9WGH1*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.83 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.8M ammonium sulphate, 0.1M MES (pH 6.5), 1mM DTT, 5% dioxane, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年3月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→40.29 Å / Num. obs: 7040 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 1 / 冗長度: 3.4 % / Rsym value: 0.105 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 1002 / Rsym value: 0.546

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MAR345345DTBデータ収集
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1OR7

1or7


解像度: 3→37.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.841 / SU B: 16.305 / SU ML: 0.304 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.744 / ESU R Free: 0.38 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27131 331 4.7 %RANDOM
Rwork0.21359 ---
obs0.21628 6707 99.31 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 47.157 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→37.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1346 0 45 17 1408
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0221386
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2352.0271887
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg23.6115180
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.12722.94151
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.48415228
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1691515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1640.2240
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02972
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2930.2778
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3270.2972
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2080.270
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2360.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6161.5919
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.12821437
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.873499
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2444.5450
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3→3.078 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.378 27 -
Rwork0.297 466 -
obs--97.43 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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