PDB-2o7u: Crystal structure of K206E/K296E mutant of the N-terminal half mo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2o7u

タイトル

Crystal structure of K206E/K296E mutant of the N-terminal half molecule of human transferrin

要素

Serotransferrin

キーワード

METAL TRANSPORT / Human transferrin / Iron binding protein / Dilysine pair

機能・相同性

機能・相同性情報

iron chaperone activity / transferrin receptor binding / Transferrin endocytosis and recycling / basal part of cell / endocytic vesicle / clathrin-coated pit / ferric iron binding / osteoclast differentiation / basal plasma membrane / cellular response to iron ion ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Baker, H.M. / Nurizzo, D. / Mason, A.B. / Baker, E.N.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2007
タイトル: Structures of two mutants that probe the role in iron release of the dilysine pair in the N-lobe of human transferrin.
著者: Baker, H.M. / Nurizzo, D. / Mason, A.B. / Baker, E.N.

履歴

登録	2006年12月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年1月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.4	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id
改定 1.6	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb2o7u.ent.gz	456.7 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	2o7u_full_validation.pdf.gz	544.3 KB	表示
XML形式データ	2o7u_validation.xml.gz	98.1 KB	表示
CIF形式データ	2o7u_validation.cif.gz	133.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o7/2o7u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o7/2o7u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2o84C 1a8eS 1eh3 1fqe 1fqf 1h43 1h45 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1d4n-d 1fqe-d 3fgs-d 1jqf-d 1n7w-d 1fqf-d 1ryo-d 1b3e-d 1n7x-d 1oqh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (12) #37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (11) #193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (10) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (9) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#35 - 2002年11月
フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin)
類似性 (12)
#37 - 2003年1月
血清アルブミン (Serum Albumin)
類似性 (11)
#193 - 2016年1月
シデロカリン (Siderocalin)
類似性 (10)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (9)
#255 - 2021年3月
シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA)
類似性 (1)

登録構造単位

B: Serotransferrin

A: Serotransferrin

C: Serotransferrin

D: Serotransferrin

E: Serotransferrin

F: Serotransferrin

G: Serotransferrin

H: Serotransferrin

I: Serotransferrin

ヘテロ分子

336 kDa, 9 ポリマー
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1

B: Serotransferrin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37.3 kDa, 1 ポリマー
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2

A: Serotransferrin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37.3 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Serotransferrin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37.3 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Serotransferrin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37.3 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Serotransferrin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37.3 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Serotransferrin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37.3 kDa, 1 ポリマー
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7

G: Serotransferrin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37.3 kDa, 1 ポリマー
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8

H: Serotransferrin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37.3 kDa, 1 ポリマー
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9

I: Serotransferrin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	169.462, 97.897, 208.953
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.01, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A B C
1	2	D E F G H I

NCSドメイン領域:

Dom-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: CO3 / End label comp-ID: CO3 / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 3 - 600 / Label seq-ID: 3

Component-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	B - M
2	1	B	A - K
3	1	C	C - O
1	2	D	D - Q
2	2	E	E - S
3	2	F	F - U
4	2	G	G - W
5	2	H	H - Y
6	2	I	I - AA

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Serotransferrin / Transferrin / Siderophilin / Beta-1-metal-binding globulin 分子量: 37215.137 Da / 分子数: 9 / 断片: N-lobe / 変異: K206E, K296E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pNUT / 細胞株 (発現宿主): BHK / 器官 (発現宿主): kidney / 発現宿主: Mesocricetus auratus (ネズミ) / 参照: UniProt: P02787
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-CO3 / CARBONATE ION 分子量: 60.009 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.22 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: Protein: 35mg/ml, 0.1M ammonium bicarbonate. Well: 20% PEG 3350, 0.2 M potassium acetate, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年4月15日 / 詳細: Osmic mirrors
放射	モノクロメーター: osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→48 Å / Num. all: 83306 / Num. obs: 83306 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 16.4
反射シェル	解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.406 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 98.8

-
位相決定

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.8 Å	47.64 Å
Translation	2.8 Å	47.64 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
MAR345	345	データ収集
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Wild type transferrin. PDB entry code 1A8E.

1a8e

解像度: 2.8→29.76 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.921 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.893 / SU B: 41.761 / SU ML: 0.373 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.405 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25885	4132	5 %	RANDOM
R_work	0.22961	-	-	-
obs	0.23109	78012	97.33 %	-
all	-	82144	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 57.888 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.14 Å²	0 Å²	0.2 Å²
2-	-	-0.28 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→29.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	22950	0	45	72	23067

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	23607
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.323	1.96	31977
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.993	5	2952
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.16	24.5	1080
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.55	15	3897
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.612	15	108
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	3375
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	18180
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.222	0.2	10736
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.31	0.2	16095
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.148	0.2	751
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.084	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.317	0.2	130
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.286	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.44	1.5	15124
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.854	2	23580
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.299	3	9615
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.313	4.5	8397
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / 数: 2556 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	tight positional	0.03	0.05
1	B	tight positional	0.02	0
1	C	tight positional	0.02	0
2	D	tight positional	0.04	0.05
2	E	tight positional	0.04	0
2	F	tight positional	0.04	0
2	G	tight positional	0.03	0
2	H	tight positional	0.03	0
2	I	tight positional	0.03	0
1	A	tight thermal	0.05	0.5
1	B	tight thermal	0.05	0
1	C	tight thermal	0.05	0
2	D	tight thermal	0.06	0.5
2	E	tight thermal	0.06	0
2	F	tight thermal	0.06	0
2	G	tight thermal	0.06	0
2	H	tight thermal	0.06	0
2	I	tight thermal	0.05	0

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.408	312	-
R_work	0.381	5706	-
obs	-	-	96.81 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3822	1.0388	-0.6126	6.7304	0.9364	5.9162	0.0349	0.0245	0.0079	0.0754	-0.4927	0.4979	-0.0964	-0.3354	0.4578	-0.3979	-0.0038	-0.0971	-0.3165	-0.0265	-0.3991	-64.58	32.055	49.026
2	6.1492	-1.4667	-0.3666	2.7414	0.9379	5.9293	-0.3279	0.2592	-0.3759	0.2029	-0.1359	0.2672	0.376	-0.0897	0.4638	-0.4019	-0.0087	0.0517	-0.2835	0.047	-0.4067	-47.086	1.716	90.301
3	4.7241	2.2899	0.9343	4.4566	-0.2359	6.1158	-0.4166	-0.1774	0.4285	-0.2484	-0.0603	0.2251	-0.245	-0.2457	0.4769	-0.3864	-0.0051	-0.0003	-0.3196	-0.0912	-0.4005	-17.506	15.739	20.646
4	4.163	1.9255	-0.231	4.2139	-1.0027	6.1668	-0.1733	-0.1094	0.3597	0.0401	-0.1456	-0.0942	-0.8544	0.1453	0.3189	-0.29	-0.0542	-0.2055	-0.2023	-0.0594	-0.3673	-56.954	42.627	82.362
5	2.6387	-0.8419	-0.9791	5.8521	0.3402	6.2065	-0.1488	-0.0888	-0.2469	0.1099	-0.205	-0.2933	0.6057	0.7008	0.3538	-0.2418	0.031	0.0285	-0.2454	0.1895	-0.4051	-61.901	52.759	12.705
6	5.9481	0.8256	0.7721	2.3852	-0.5839	6.4894	-0.2209	0.0728	-0.1199	-0.1386	-0.1401	-0.357	0.292	0.841	0.3611	-0.33	-0.0388	0.1333	-0.1608	0.1324	-0.4066	-34.111	3.065	56.947
7	7.2916	5.19	-2.7144	6.4943	-1.7273	4.3723	-0.5235	0.6022	-0.3114	-0.281	0.511	-0.093	0.1764	-0.2	0.0125	-0.2345	-0.1288	0.05	0.1827	-0.0792	-0.3446	-15.004	61.483	86.849
8	10.9746	2.4148	2.6005	2.406	1.4047	4.3517	0.3486	-0.7246	0.2249	0.0725	-0.3533	0.2538	0.0383	-0.1619	0.0046	-0.0867	-0.2338	0.028	0.0237	-0.0587	-0.322	3.188	29.997	52.465
9	2.5209	-2.3605	-0.0754	11.0787	3.0581	4.2699	0.0926	-0.0912	0.0705	-0.907	-0.0832	0.3329	-0.2096	-0.0189	-0.0094	0.1361	-0.0998	-0.0927	-0.1946	0.0051	-0.3292	-66.579	6.977	17.182

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	B	3 - 331	3 - 331
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	A	3 - 331	3 - 331
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	3 - 331	3 - 331
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	3 - 331	3 - 331
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	E	3 - 331	3 - 331
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	F	3 - 331	3 - 331
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	G	3 - 331	3 - 331
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	H	3 - 331	3 - 331
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	I	3 - 331	3 - 331

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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