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- PDB-2o6i: Structure of an Enterococcus Faecalis HD Domain Phosphohydrolase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2o6i
タイトルStructure of an Enterococcus Faecalis HD Domain Phosphohydrolase
要素HD domain protein
キーワードHYDROLASE / HD Domain / Phosphohydrolase / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


dGTPase activity / dGTP catabolic process / regulation of innate immune response / defense response to virus / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
HD-associated domain / Growth Hormone; Chain: A; - #30 / HD associated region / Hypothetical protein af1432 / Hypothetical protein af1432 / HD domain / HD domain / Growth Hormone; Chain: A; / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain ...HD-associated domain / Growth Hormone; Chain: A; - #30 / HD associated region / Hypothetical protein af1432 / Hypothetical protein af1432 / HD domain / HD domain / Growth Hormone; Chain: A; / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
2-HYDROXYETHYL DISULFIDE / HD domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Vorontsov, I.I. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Brunzelle, J.S. / Moy, S. / Collart, F.R. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Characterization of the deoxynucleotide triphosphate triphosphohydrolase (dNTPase) activity of the EF1143 protein from Enterococcus faecalis and crystal structure of the activator-substrate complex.
著者: Vorontsov, I.I. / Minasov, G. / Kiryukhina, O. / Brunzelle, J.S. / Shuvalova, L. / Anderson, W.F.
履歴
登録2006年12月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2006年12月19日ID: 2HON
改定 1.02006年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32011年11月23日Group: Database references
改定 1.42017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HD domain protein
B: HD domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,1287
ポリマ－111,7722
非ポリマー3565
水5,350297
1
A: HD domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,1414
ポリマ－55,8861
非ポリマー2553
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: HD domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,9873
ポリマ－55,8861
非ポリマー1012
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)109.913, 109.913, 182.412
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
詳細Chains A and B represent monomers of the protein

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要素

#1: タンパク質 HD domain protein


分子量: 55886.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 株: V583 / 遺伝子: EF-1143 / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q836G9
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-HED / 2-HYDROXYETHYL DISULFIDE / 2,2′-ジチオビスエタノ-ル


分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2S2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 297 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.76 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: 0.2 M di-Sodium tartate dihydrate, 20 % w/v Polyethylene glycol 3350, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 22-ID11
シンクロトロンAPS 19-ID21.0088
検出器
タイプID検出器日付詳細
MARRESEARCH1CCD2006年1月31日Mirrors
ADSC QUANTUM 3152CCD2006年2月11日Mirrors
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si 220 channelSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si 111 channelSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21.00881
反射解像度: 2.55→30 Å / Num. all: 40637 / Num. obs: 40637 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 2.55→2.64 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 3151 / % possible all: 76

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MAR345データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.55→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / SU B: 25.819 / SU ML: 0.293 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.622 / ESU R Free: 0.369 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.31715 2049 5 %RANDOM
Rwork0.24845 ---
obs0.25179 38552 96.35 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 68.725 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.62 Å21.81 Å20 Å2
2--3.62 Å20 Å2
3----5.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7081 0 12 297 7390
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0227436
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0821.94910089
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg1.9685892
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg24.59523.514387
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.153151265
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.6661556
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.21094
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.025761
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2020.33707
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3180.55209
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1920.5436
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0690.51
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1730.354
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1880.519
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.321.54556
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.57227197
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.73533248
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.2454.52892
LS精密化 シェル解像度: 2.551→2.617 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.346 113 -
Rwork0.298 2096 -
obs-2103 72.21 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.64830.20720.22091.0753-0.21212.2078-0.0642-0.03030.17210.00190.06820.2436-0.378-0.3263-0.004-0.06630.08980.1075-0.36790.0088-0.1343-6.406921.388435.8336
21.46730.60160.43762.22450.55782.4031-0.11560.00140.3420.03340.1784-0.1058-0.85390.3494-0.06270.1769-0.15530.089-0.1129-0.0341-0.08263.891542.2534-3.3424
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 45325 - 477
2X-RAY DIFFRACTION2BB-2 - 45322 - 477

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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