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万見
- PDB-2o5g: Calmodulin-smooth muscle light chain kinase peptide complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2o5g
タイトルCalmodulin-smooth muscle light chain kinase peptide complex
要素
  • Calmodulin
  • Smooth muscle Myosin light chain kinase peptide
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / protein-peptide complex
機能・相同性
機能・相同性情報


CH domain binding / tonic smooth muscle contraction / myosin-light-chain kinase / myosin light chain kinase activity / muscle structure development / myosin binding / cleavage furrow / stress fiber / disordered domain specific binding / lamellipodium ...CH domain binding / tonic smooth muscle contraction / myosin-light-chain kinase / myosin light chain kinase activity / muscle structure development / myosin binding / cleavage furrow / stress fiber / disordered domain specific binding / lamellipodium / calmodulin binding / calcium ion binding / protein-containing complex / ATP binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Myosin Light Chain Kinase 1, Kinase domain / Unstructured linker between I-set domains 2 and 3 on MYLCK / : / : / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / EF-hand / Recoverin; domain 1 / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain ...Myosin Light Chain Kinase 1, Kinase domain / Unstructured linker between I-set domains 2 and 3 on MYLCK / : / : / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / EF-hand / Recoverin; domain 1 / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / EF-hand domain pair / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Myosin light chain kinase, smooth muscle / Calmodulin
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.08 Å
データ登録者Valentine, K.G. / Ng, H.L. / Schneeweis, J.K. / Kranz, J.K. / Frederick, K.K. / Alber, T. / Wand, A.J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Ultrahigh resolution crystal structure of calmodulin-smooth muscle light kinase peptide complex
著者: Valentine, K.G. / Ng, H.L. / Schneeweis, J.K. / Kranz, J.K. / Frederick, K.K. / Alber, T. / Wand, A.J.
履歴
登録2006年12月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calmodulin
B: Smooth muscle Myosin light chain kinase peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2007
ポリマ－18,9442
非ポリマー2565
水4,432246
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3660 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area9290 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)28.861, 56.894, 44.760
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.45, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Calmodulin / CaM


分子量: 16721.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: CALM / プラスミド: pET-15b, modified / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P62149
#2: タンパク質・ペプチド Smooth muscle Myosin light chain kinase peptide


分子量: 2222.646 Da / 分子数: 1 / Fragment: calmodulin binding domain / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide was chemically synthesized. The sequence can be naturally found in Gallus gallus (Chicken)
参照: UniProt: P11799
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 246 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.13 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 30% PEG 400, 0.2 M sodium acetate, 0.1 M Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.008
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2002年6月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.008 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.08→56.796 Å / Num. obs: 61087 / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 7.925 Å2 / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 1.08→1.14 Å / 冗長度: 1.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 8739 / Rsym value: 0.227

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
Blu-IceIceデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
EPMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.08→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / SU B: 0.438 / SU ML: 0.021 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.03 / ESU R Free: 0.03 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1648 3092 5.1 %RANDOM
Rwork0.14235 ---
obs0.14351 57946 99.34 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.053 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.06 Å20 Å2-0.35 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.08→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1314 0 9 246 1569
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0221380
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021237
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7991.9621847
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.00132901
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.345164
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1180.2200
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021523
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02263
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2470.2378
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2420.21474
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.2767
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1230.2136
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0950.219
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2150.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2890.286
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1220.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.651.5827
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.46221335
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3153553
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.9634.5512
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.48221380
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free12.2275250
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded5.13851367
LS精密化 シェル解像度: 1.08→1.108 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.24 188
Rwork0.212 4192

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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