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- PDB-2o5f: Crystal Structure of DR0079 from Deinococcus radiodurans at 1.9 A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2o5f
タイトルCrystal Structure of DR0079 from Deinococcus radiodurans at 1.9 Angstrom Resolution
要素Putative Nudix hydrolase DR_0079
キーワードHYDROLASE / alpha plus beta / nudix hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


isopentenyl diphosphate biosynthetic process / isopentenyl-diphosphate delta-isomerase activity / nucleotide metabolic process / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / hydrolase activity / nucleotide binding / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Nudix hydrolase DR_0079
類似検索 - 構成要素
生物種Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Kennedy, M.A. / Buchko, G.W. / Ni, S. / Robinson, H.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Functional and Structural Characterization of DR_0079 from Deinococcus radiodurans, a Novel Nudix Hydrolase with a Preference for Cytosine (Deoxy)ribonucleoside 5'-Di- and Triphosphates.
著者: Buchko, G.W. / Litvinova, O. / Robinson, H. / Yakunin, A.F. / Kennedy, M.A.
履歴
登録2006年12月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative Nudix hydrolase DR_0079
B: Putative Nudix hydrolase DR_0079


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6072
ポリマ－38,6072
非ポリマー00
水3,081171
1
A: Putative Nudix hydrolase DR_0079


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3041
ポリマ－19,3041
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Putative Nudix hydrolase DR_0079


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3041
ポリマ－19,3041
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)34.019, 156.554, 126.560
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Putative Nudix hydrolase DR_0079


分子量: 19303.561 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
株: R1 / 遺伝子: DR0079 / プラスミド: pET30b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K12 BL21 (DE3)
参照: UniProt: Q9RY71, 加水分解酵素; 酸無水物に作用
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.61 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1) 30% PEG 4000, 0.1M sodium citrate, pH 5.6, 0.2M ammonium acetate, or 2) 30% PEG 4000, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, 0.2 M lithium sulfate , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X29A11.1
シンクロトロンNSLS X29A20.9792
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月22日
詳細: Rosenbaum-Rock double crystal dagital focusing monochromator and vertical focusing mirror
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si-111SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si-111SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.11
20.97921
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 27131 / Num. obs: 27095 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.3 % / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 49.57
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 5.5 % / Mean I/σ(I) obs: 8.45 / Rsym value: 0.268 / % possible all: 97.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SOLVE位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 最高解像度: 1.9 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2674 1347 -random
Rwork0.2335 ---
all-27095 --
obs-26844 99.4 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--10.797 Å2--
2--4.025 Å2-
3---6.772 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 1.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2535 0 0 171 2706
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.0056
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d1.2411
LS精密化 シェル最高解像度: 1.9 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2674 1347 -
Rwork0.2335 --
obs-26844 99.4 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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