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- PDB-2o5a: Crystal structure of Q9KD89 from Bacillus halodurans. Northeast S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2o5a
タイトルCrystal structure of Q9KD89 from Bacillus halodurans. Northeast Structural Genomics target BhR21
要素BH1328 protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / bhr21 / NESG / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of ribosome biogenesis / ribosomal large subunit binding / cytosolic ribosome assembly / negative regulation of translation / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein Iojap/ribosomal silencing factor RsfS / Ribosomal silencing factor during starvation / Beta Polymerase, domain 2 / Beta Polymerase; domain 2 / Nucleotidyltransferase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Ribosomal silencing factor RsfS
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus halodurans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Benach, J. / Su, M. / Seetharaman, J. / Ho, C.H. / Janjua, H. / Cunningham, K. / Ma, L.-C. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. ...Benach, J. / Su, M. / Seetharaman, J. / Ho, C.H. / Janjua, H. / Cunningham, K. / Ma, L.-C. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Q9KD89 from Bacillus halodurans. Northeast Structural Genomics target BhR21
著者: Benach, J. / Su, M. / Seetharaman, J. / Ho, C.H. / Janjua, H. / Cunningham, K. / Ma, L.-C. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L.
履歴
登録2006年12月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BH1328 protein
B: BH1328 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0807
ポリマ－28,7642
非ポリマー3165
水70339
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)119.936, 32.021, 59.546
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 BH1328 protein


分子量: 14382.027 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus halodurans (バクテリア)
遺伝子: BH1328 / プラスミド: pet21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+ Magic / 参照: UniProt: Q9KD89
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.11 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 11% PEG 400, 100mM MES pH 6.0, 200mM MnSO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
31
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97903, 0.97937, 0.96791
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979031
20.979371
30.967911
Reflection

D res low: 50 Å

冗長度 (%)IDAv σ(I) over netI数Rmerge(I) obsΧ2D res high (Å)Num. obs% possible obs
7.6112.71158920.0951.152.51534299.8
7.7210929670.1121.132.71212899.9
7.638.2849180.1271.062.81111699.9
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
5.385099.710.0471.017.4
4.275.3810010.0521.0427.6
3.734.2799.910.0651.0417.7
3.393.7399.910.0841.0157.7
3.153.3999.910.1231.0887.8
2.963.1510010.1661.0617.8
2.822.9699.710.241.2197.6
2.692.8210010.3541.2667.6
2.592.6999.310.4881.4057.3
2.52.5910010.5921.3887.1
5.815099.820.0451.0517.6
4.625.8110020.0571.0787.7
4.034.6210020.0650.9397.8
3.664.0399.920.0930.9647.8
3.43.6699.920.1331.0697.7
3.23.499.820.1911.0537.9
3.043.210020.2841.1777.7
2.913.0499.820.3641.2637.8
2.82.9199.720.5261.3247.4
2.72.810020.7391.4127.3
6.035099.830.0471.0087.5
4.796.0310030.0671.1167.7
4.184.7910030.0690.9437.8
3.84.1810030.1080.9697.8
3.533.899.930.1491.0217.8
3.323.5310030.2111.0147.8
3.153.3299.830.3411.1197.7
3.023.1510030.4481.1587.7
2.93.0299.530.5881.1617.5
2.82.910030.7551.1136.9
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 12143 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obs% possible all
2.7-2.86.30.36999.5
2.8-2.916.50.27599.7
2.91-3.046.70.299.7
3.04-3.270.16699.8
3.2-3.47.20.123100
3.4-3.667.40.09999.9
3.66-4.037.60.079100
4.03-4.627.70.065100
4.62-5.817.80.061100
5.81-507.60.05199.7

-
位相決定

Phasing dmFOM : 0.65 / FOM acentric: 0.65 / FOM centric: 0.64 / 反射: 7964 / Reflection acentric: 6486 / Reflection centric: 1478
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
7.1-42.2560.890.930.84421239182
4.5-7.10.870.890.821164866298
3.6-4.50.860.870.7814071133274
3.1-3.60.730.750.6213911154237
2.7-3.10.50.510.4523091982327
2.5-2.70.30.30.2412721112160

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
RESOLVE2.08位相決定
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ削減
SnB位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.7→20 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
詳細: Non-crystallographic restrains were used during the refinement, they were not relaxed.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2783 1092 9 %
Rwork0.2511 --
obs0.2511 10990 90.6 %
溶媒の処理Bsol: 38.54 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 42.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.404 Å20 Å20 Å2
2--2.837 Å20 Å2
3----5.241 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1723 0 9 39 1771
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.74 Å / Total num. of bins used: 21 /
Rfactor反射数
Rfree0.4259 30
Rwork0.2941 357
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PAR
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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