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万見
- PDB-2o49: Crystal Structure of the N-terminal CUT domain of SATB1 Bound to ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2o49
タイトルCrystal Structure of the N-terminal CUT domain of SATB1 Bound to Matrix Attachment Region DNA
要素
  • DNA (5'-D(*DGP*DCP*DAP*DTP*DAP*DTP*DAP*DTP*DTP*DAP*DGP*DC)-3')
  • DNA (5'-D(*DGP*DCP*DTP*DAP*DAP*DTP*DAP*DTP*DAP*DTP*DGP*DC)-3')
  • DNA-binding protein SATB1
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / protein-DNA complex / transcription / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Apoptotic cleavage of cellular proteins / SUMOylation of chromatin organization proteins / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / PML body / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear matrix / chromatin organization / double-stranded DNA binding / sequence-specific DNA binding / nuclear body ...Apoptotic cleavage of cellular proteins / SUMOylation of chromatin organization proteins / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / PML body / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear matrix / chromatin organization / double-stranded DNA binding / sequence-specific DNA binding / nuclear body / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin-like (ULD) domain profile. / CUT repeat-like (CUTL) domain profile. / SATB, CUT1-like DNA-binding domain / SATB, ubiquitin-like oligomerisation domain / SATB, CUTL domain superfamily / SATB, ULD domain superfamily / DNA-binding protein SATB1/SATB2 / Ubiquitin-like oligomerisation domain of SATB / CUT1-like DNA-binding domain of SATB / CUT domain ...Ubiquitin-like (ULD) domain profile. / CUT repeat-like (CUTL) domain profile. / SATB, CUT1-like DNA-binding domain / SATB, ubiquitin-like oligomerisation domain / SATB, CUTL domain superfamily / SATB, ULD domain superfamily / DNA-binding protein SATB1/SATB2 / Ubiquitin-like oligomerisation domain of SATB / CUT1-like DNA-binding domain of SATB / CUT domain / CUT domain / CUT domain profile. / CUT / Homeodomain / lambda repressor-like DNA-binding domains / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Homeobox-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA-binding protein SATB1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Yamasaki, K. / Akiba, T. / Harata, K.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2007
タイトル: Structural basis for recognition of the matrix attachment region of DNA by transcription factor SATB1.
著者: Yamasaki, K. / Akiba, T. / Yamasaki, T. / Harata, K.
履歴
登録2006年12月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: DNA (5'-D(*DGP*DCP*DTP*DAP*DAP*DTP*DAP*DTP*DAP*DTP*DGP*DC)-3')
C: DNA (5'-D(*DGP*DCP*DAP*DTP*DAP*DTP*DAP*DTP*DTP*DAP*DGP*DC)-3')
A: DNA-binding protein SATB1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2753
ポリマ－18,2753
非ポリマー00
水1,35175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)29.659, 36.997, 41.248
Angle α, β, γ (deg.)71.60, 83.92, 71.07
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*DGP*DCP*DTP*DAP*DAP*DTP*DAP*DTP*DAP*DTP*DGP*DC)-3')


分子量: 3661.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*DGP*DCP*DAP*DTP*DAP*DTP*DAP*DTP*DTP*DAP*DGP*DC)-3')


分子量: 3661.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 DNA-binding protein SATB1 / Special AT-rich sequence-binding protein 1


分子量: 10952.381 Da / 分子数: 1 / Fragment: N-terminal CUT domain (residues 368-452) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q01826
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 20% PEG 20000, 0.05M TrisHCl, 0.01M magnesium chloride, 20% ethylene glycol, pH 8.00, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 2000011
2TrisHCl11
3magnesium chloride11
4ethylene glycol11
5HOH11
6PEG 2000012
7TrisHCl12
8magnesium chloride12
9HOH12

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: MACSCIENCE / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: BRUKER SMART 6000 / 検出器: CCD / 日付: 2006年1月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→19.64 Å / Num. obs: 9632 / % possible obs: 89.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 25.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 21.6
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.155 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique all: 1571 / % possible all: 55.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SMARTデータ収集
CNS1.1精密化
SAINTPLUSデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS1.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1YSE

1yse


解像度: 2→19.57 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 578429.24 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.255 993 10.3 %RANDOM
Rwork0.212 ---
obs0.212 9613 90.3 %-
all-10638 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 77.906 Å2 / ksol: 0.646403 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.81 Å26.73 Å21.35 Å2
2---5.87 Å22.28 Å2
3----1.94 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.29 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.3 Å0.24 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→19.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数696 486 0 75 1257
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.08
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d17
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.17
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.211.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.852
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.962
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.892.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.031 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.333 113 10.8 %
Rwork0.268 935 -
obs--59 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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