PDB-2o43: Structure of 23S rRNA of the large ribosomal subunit from Deinoco...

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登録情報

データベース: PDB / ID: 2o43

タイトル

Structure of 23S rRNA of the large ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with the macrolide erythromycylamine

要素

23S rRNA

キーワード

RNA / ribosome / macrolides

機能・相同性

Chem-ERN / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000)

機能・相同性情報

生物種

Deinococcus radiodurans (放射線耐性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.6 Å

データ登録者

Pyetan, E. / Baram, D. / Auerbach-Nevo, T. / Yonath, A.

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Chemical parameters influencing fine tuning in the binding of Macrolide antibiotics to the ribosomal tunnel
著者: Pyetan, E. / Baram, D. / Auerbach-Nevo, T. / Yonath, A.

履歴

登録	2006年12月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年12月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年12月28日	Group: Advisory
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2o43.cif.gz	1.3 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2o43.ent.gz	1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2o43.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2o43_validation.pdf.gz	494.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2o43_full_validation.pdf.gz	984.1 KB	表示
XML形式データ	2o43_validation.xml.gz	105.1 KB	表示
CIF形式データ	2o43_validation.cif.gz	163.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o4/2o43 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o4/2o43	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2o44C 1nkwS 2o45 C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2ogo-d 1k01-d 2ogm-d 2ogn-d 1p9x-d 1j5a-d 1jzy-d 1njm-d 2aar-d 1ond-d 1njp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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「今月の分子」の関連する項目

#121 - 2010年1月
70Sリボソーム (70S Ribosomes)
類似性 (3)
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リボスイッチ (Riboswitches)
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アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)
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転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA)
類似性 (3)
#253 - 2021年1月
エクスプレソーム (Expressome)
類似性 (3)
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リボヌクレアーゼP (Ribonuclease P)
類似性 (2)
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カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR)
類似性 (1)
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蛍光RNAアプタマー (Fluorescent RNA Aptamers)
類似性 (1)
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アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (3)
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リボソーム (Ribosome)
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転移RNA (Transfer RNA)
類似性 (1)
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ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
類似性 (1)
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スプライソソーム (Spliceosomes)
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PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (3)
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自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA)
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リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
類似性 (1)
#98 - 2008年2月
低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
類似性 (1)
#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
類似性 (3)
#266 - 2022年2月
オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
類似性 (3)
#227 - 2018年11月
テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (2)
#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (1)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (1)
#81 - 2006年9月
伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: 23S rRNA

ヘテロ分子

934 kDa, 1 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	170.437, 413.538, 693.720
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

詳細

large ribosomal subunit in complex with the macrolide antibiotic erythromycylamine

#1: RNA鎖	23S rRNA 分子量: 933405.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
#2: 化合物	ChemComp-ERN / (3R,4S,5S,6R,7R,9R,10S,11S,12R,13S,14R)-10-AMINO-6-{[(2S,3R,4S,6R)-4-(DIMETHYLAMINO)-3-HYDROXY-6-METHYLTETRAHYDRO-2H-PY RAN-2-YL]OXY}-14-ETHYL-7,12,13-TRIHYDROXY-4-{[(2R,4R,5S,6S)-5-HYDROXY-4-METHOXY-4,6-DIMETHYLTETRAHYDRO-2H-PYRAN-2-YL]OXY }-3,5,7,9,11,13-HEXAMETHYLOXACYCLOTETRADECAN-2-ONE / ERYTHROMYCYLAMINE / エリスロマイシルアミン分子量: 734.958 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₇H₇₀N₂O₁₂

#1: RNA鎖

23S rRNA

分子量: 933405.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然)

Deinococcus radiodurans (放射線耐性)

#2: 化合物

ChemComp-ERN / (3R,4S,5S,6R,7R,9R,10S,11S,12R,13S,14R)-10-AMINO-6-{[(2S,3R,4S,6R)-4-(DIMETHYLAMINO)-3-HYDROXY-6-METHYLTETRAHYDRO-2H-PY RAN-2-YL]OXY}-14-ETHYL-7,12,13-TRIHYDROXY-4-{[(2R,4R,5S,6S)-5-HYDROXY-4-METHOXY-4,6-DIMETHYLTETRAHYDRO-2H-PYRAN-2-YL]OXY }-3,5,7,9,11,13-HEXAMETHYLOXACYCLOTETRADECAN-2-ONE / ERYTHROMYCYLAMINE / エリスロマイシルアミン

分子量: 734.958 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₇H₇₀N₂O₁₂

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 6.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 81.22 %

-
データ収集

回折

ID	Crystal-ID
1	1
2	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID
シンクロトロン	APS	19-ID	1
シンクロトロン	ESRF	ID29	2

検出器

ID	検出器
1	CCD
2	CCD

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

相対比: 1

反射

解像度: 3.6→20 Å / Num. obs: 251286 / % possible obs: 89.8 % / Observed criterion σ(I): 1.6 / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.206

-
解析

ソフトウェア

名称: CNS / バージョン: 1.1 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1NKW

1nkw

解像度: 3.6→8 Å / σ(F): 1.5 /

	R_factor	反射数
R_free	0.3413	-
all	0.2807	-
obs	-	251286

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.6→8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	59359	51	0	59410

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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