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万見
- PDB-2o43: Structure of 23S rRNA of the large ribosomal subunit from Deinoco... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2o43
タイトルStructure of 23S rRNA of the large ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with the macrolide erythromycylamine
要素23S rRNA
キーワードRNA / ribosome / macrolides
機能・相同性Chem-ERN / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000)
機能・相同性情報
生物種Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Pyetan, E. / Baram, D. / Auerbach-Nevo, T. / Yonath, A.
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Chemical parameters influencing fine tuning in the binding of Macrolide antibiotics to the ribosomal tunnel
著者: Pyetan, E. / Baram, D. / Auerbach-Nevo, T. / Yonath, A.
履歴
登録2006年12月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年12月28日Group: Advisory
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 23S rRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)934,1402
ポリマ－933,4051
非ポリマー7351
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)170.437, 413.538, 693.720
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number23
Space group name H-MI222
詳細large ribosomal subunit in complex with the macrolide antibiotic erythromycylamine

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要素

#1: RNA鎖 23S rRNA


分子量: 933405.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
#2: 化合物 ChemComp-ERN / (3R,4S,5S,6R,7R,9R,10S,11S,12R,13S,14R)-10-AMINO-6-{[(2S,3R,4S,6R)-4-(DIMETHYLAMINO)-3-HYDROXY-6-METHYLTETRAHYDRO-2H-PY RAN-2-YL]OXY}-14-ETHYL-7,12,13-TRIHYDROXY-4-{[(2R,4R,5S,6S)-5-HYDROXY-4-METHOXY-4,6-DIMETHYLTETRAHYDRO-2H-PYRAN-2-YL]OXY }-3,5,7,9,11,13-HEXAMETHYLOXACYCLOTETRADECAN-2-ONE / ERYTHROMYCYLAMINE


分子量: 734.958 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C37H70N2O12

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 81.22 %

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データ収集

回折
IDCrystal-ID
11
21
放射光源
由来サイトビームラインID
シンクロトロンAPS 19-ID1
シンクロトロンESRF ID292
検出器
ID検出器
1CCD
2CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 3.6→20 Å / Num. obs: 251286 / % possible obs: 89.8 % / Observed criterion σ(I): 1.6 / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.206

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解析

ソフトウェア名称: CNS / バージョン: 1.1 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1NKW

1nkw


解像度: 3.6→8 Å / σ(F): 1.5 /
Rfactor反射数
Rfree0.3413 -
all0.2807 -
obs-251286
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.6→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 59359 51 0 59410

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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