PDB-2o39: Human Adenovirus type 11 knob in complex with domains SCR1 and SC...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2o39

タイトル

Human Adenovirus type 11 knob in complex with domains SCR1 and SCR2 of CD46 (membrane cofactor protein, MCP)

要素

Fiber protein繊維状タンパク質
Membrane cofactor proteinCD46

キーワード

VIRAL PROTEIN/immune system (ウイルス性) /

Membrane cofactor protein (CD46) / MCP /

CD46 (CD46) /

Adenovirus (アデノウイルス) / fiber knob / Ad11 / virus receptor complex / SCR / Short consensus repeat / CCP /

complement control protein (補体制御因子) /

VIRAL PROTEIN-immune system COMPLEX (ウイルス性)

機能・相同性

機能・相同性情報

sequestering of extracellular ligand from receptor / inner acrosomal membrane / negative regulation of complement activation, classical pathway /

regulation of Notch signaling pathway / T cell mediated immunity / positive regulation of transforming growth factor beta production / positive regulation of memory T cell differentiation / positive regulation of regulatory T cell differentiation / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / positive regulation of interleukin-10 production ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Human adenovirus 11p (ヒトアデノウイルス)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.85 Å

データ登録者

Persson, D.B. / Reiter, D.M. / Arnberg, N. / Stehle, T.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Adenovirus type 11 binding alters the conformation of its receptor CD46.
著者: Persson, B.D. / Reiter, D.M. / Marttila, M. / Mei, Y.F. / Casasnovas, J.M. / Arnberg, N. / Stehle, T.

履歴

登録	2006年12月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年1月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.2	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2o39.cif.gz	142.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2o39.ent.gz	112 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2o39.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o3/2o39 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o3/2o39	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1ckl
類似構造データ	6vxo-d 6c1p-d 1zah-d 4d2j-1 6mvy-1 6x3e-d 7ka3-d 4mtf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#132 - 2010年12月アデノウイルス (Adenovirus) 類似性 (17) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Fiber protein

B: Fiber protein

C: Membrane cofactor protein

D: Membrane cofactor protein

ヘテロ分子

74.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Fiber protein

C: Membrane cofactor protein

ヘテロ分子

A: Fiber protein

C: Membrane cofactor protein

ヘテロ分子

A: Fiber protein

C: Membrane cofactor protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
112 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Fiber protein

D: Membrane cofactor protein

ヘテロ分子

B: Fiber protein

D: Membrane cofactor protein

ヘテロ分子

B: Fiber protein

D: Membrane cofactor protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
112 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	106.140, 106.140, 68.320
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	143
Space group name H-M	P3

詳細

Trimer consisting of three Ad11 chains and three CD46 SCR1 and SCR2 chains. The asymmetric unit contains two copies of an Ad11 chain, belonging to different trimers, and two copies of CD46, also belonging to different trimers. The biological units, the trimers, can be created through application of crystallographic symmetry operators.

#1: タンパク質

Fiber protein /

繊維状タンパク質 / pIV

分子量: 22046.545 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 129-325 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Human adenovirus 11p (ヒトアデノウイルス)
属: Mastadenovirus

/ 生物種: Human adenovirus B / 株: Slobiski / 遺伝子: PIV / プラスミド: Pet15b / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 DE3 / 参照: UniProt: P35774

#2: タンパク質

Membrane cofactor protein /

CD46 / Trophoblast leukocyte common antigen / TLX / CD46 antigen

分子量: 14517.551 Da / 分子数: 2 / 断片: SCR1 and SCR 2 domains / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD46, MCP / プラスミド: pBJ5 / Cell (発現宿主): CHO cell / 細胞株 (発現宿主): CHO-LEC3281
発現宿主:

Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P15529

#3: 多糖

beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...

タイプ: oligosaccharide

オリゴ糖 / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 化合物

ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン

分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

#5: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.5 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 35% PEG 200, 200mM CaCl2, 100mM Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月10日
放射	モノクロメーター: Undulator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.85→40 Å / Num. all: 20127 / Num. obs: 18738 / % possible obs: 93.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.138 / Net I/σ(I): 7.23
反射シェル	解像度: 2.85→2.95 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.325 / Mean I/σ(I) obs: 2.64 / Num. unique all: 1710 / % possible all: 83

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
HKL-2000	データ収集
AMoRE	位相決定
CNS	精密化
DENZO	データ削減
SCALEPACK	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Human Adenovirus type 11 (unpublished) CD46 SCR1 and SCR2

解像度: 2.85→40 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.273	1869	-	Random
R_work	0.238	-	-	-
all	0.238	20127	-	-
obs	0.238	18738	93.1 %	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.85→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5134	0	81	34	5249

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	Bond angle	1.5
X-RAY DIFFRACTION	Bond length	0.008

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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