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- PDB-2o39: Human Adenovirus type 11 knob in complex with domains SCR1 and SC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2o39
タイトルHuman Adenovirus type 11 knob in complex with domains SCR1 and SCR2 of CD46 (membrane cofactor protein, MCP)
要素
  • Fiber protein
  • Membrane cofactor protein
キーワードVIRAL PROTEIN/immune system / Membrane cofactor protein / MCP / CD46 / Adenovirus / fiber knob / Ad11 / virus receptor complex / SCR / Short consensus repeat / CCP / complement control protein / VIRAL PROTEIN-immune system COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


sequestering of extracellular ligand from receptor / inner acrosomal membrane / negative regulation of complement activation, classical pathway / positive regulation of transforming growth factor beta production / T cell mediated immunity / regulation of Notch signaling pathway / positive regulation of memory T cell differentiation / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / positive regulation of regulatory T cell differentiation / positive regulation of interleukin-10 production ...sequestering of extracellular ligand from receptor / inner acrosomal membrane / negative regulation of complement activation, classical pathway / positive regulation of transforming growth factor beta production / T cell mediated immunity / regulation of Notch signaling pathway / positive regulation of memory T cell differentiation / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / positive regulation of regulatory T cell differentiation / positive regulation of interleukin-10 production / single fertilization / complement activation, classical pathway / positive regulation of T cell proliferation / Regulation of Complement cascade / viral capsid / signaling receptor activity / virus receptor activity / adaptive immune response / cell adhesion / cadherin binding / symbiont entry into host cell / innate immune response / negative regulation of gene expression / focal adhesion / positive regulation of gene expression / host cell nucleus / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Membrane cofactor protein CD46 / : / Adenovirus pIV-related, attachment domain / Adenovirus Type 5 Fiber Protein (Receptor Binding Domain) / Adenoviral fibre protein, knob / Adenoviral fibre protein (knob domain) / Adenoviral fibre protein, repeat/shaft region / Adenoviral fibre protein (repeat/shaft region) / Adenovirus fibre protein / Attachment protein shaft domain superfamily ...Membrane cofactor protein CD46 / : / Adenovirus pIV-related, attachment domain / Adenovirus Type 5 Fiber Protein (Receptor Binding Domain) / Adenoviral fibre protein, knob / Adenoviral fibre protein (knob domain) / Adenoviral fibre protein, repeat/shaft region / Adenoviral fibre protein (repeat/shaft region) / Adenovirus fibre protein / Attachment protein shaft domain superfamily / Adenovirus pIV-like, attachment domain / Complement Module, domain 1 / Complement Module; domain 1 / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / Ribbon / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Membrane cofactor protein / Fiber protein
類似検索 - 構成要素
生物種Human adenovirus 11p (ヒトアデノウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Persson, D.B. / Reiter, D.M. / Arnberg, N. / Stehle, T.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Adenovirus type 11 binding alters the conformation of its receptor CD46.
著者: Persson, B.D. / Reiter, D.M. / Marttila, M. / Mei, Y.F. / Casasnovas, J.M. / Arnberg, N. / Stehle, T.
履歴
登録2006年12月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年1月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 2.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fiber protein
B: Fiber protein
C: Membrane cofactor protein
D: Membrane cofactor protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,4229
ポリマ－73,1284
非ポリマー1,2935
水61334
1
A: Fiber protein
C: Membrane cofactor protein
ヘテロ分子

A: Fiber protein
C: Membrane cofactor protein
ヘテロ分子

A: Fiber protein
C: Membrane cofactor protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,57212
ポリマ－109,6926
非ポリマー1,8806
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
2
B: Fiber protein
D: Membrane cofactor protein
ヘテロ分子

B: Fiber protein
D: Membrane cofactor protein
ヘテロ分子

B: Fiber protein
D: Membrane cofactor protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,69215
ポリマ－109,6926
非ポリマー2,0009
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)106.140, 106.140, 68.320
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number143
Space group name H-MP3
詳細Trimer consisting of three Ad11 chains and three CD46 SCR1 and SCR2 chains. The asymmetric unit contains two copies of an Ad11 chain, belonging to different trimers, and two copies of CD46, also belonging to different trimers. The biological units, the trimers, can be created through application of crystallographic symmetry operators.

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要素

#1: タンパク質 Fiber protein / pIV


分子量: 22046.545 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 129-325 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human adenovirus 11p (ヒトアデノウイルス)
属: Mastadenovirus / 生物種: Human adenovirus B / 株: Slobiski / 遺伝子: PIV / プラスミド: Pet15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 DE3 / 参照: UniProt: P35774
#2: タンパク質 Membrane cofactor protein / Trophoblast leukocyte common antigen / TLX / CD46 antigen


分子量: 14517.551 Da / 分子数: 2 / 断片: SCR1 and SCR 2 domains / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD46, MCP / プラスミド: pBJ5 / Cell (発現宿主): CHO cell / 細胞株 (発現宿主): CHO-LEC3281
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P15529
#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 35% PEG 200, 200mM CaCl2, 100mM Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月10日
放射モノクロメーター: Undulator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→40 Å / Num. all: 20127 / Num. obs: 18738 / % possible obs: 93.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.138 / Net I/σ(I): 7.23
反射 シェル解像度: 2.85→2.95 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.325 / Mean I/σ(I) obs: 2.64 / Num. unique all: 1710 / % possible all: 83

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Human Adenovirus type 11 (unpublished) CD46 SCR1 and SCR2

解像度: 2.85→40 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.273 1869 -Random
Rwork0.238 ---
all0.238 20127 --
obs0.238 18738 93.1 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5134 0 81 34 5249
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONBond angle1.5
X-RAY DIFFRACTIONBond length0.008

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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