PDB-6mvy: NavAb voltage-gated sodium channel, residues 1-226, crystallized ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6mvy

タイトル

NavAb voltage-gated sodium channel, residues 1-226, crystallized in the presence of Class 1B Anti-arrhythmic drug Lidocaine

要素

Ion transport protein

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Ion channel Voltage-gated Sodium Channel

機能・相同性

機能・相同性情報

voltage-gated sodium channel complex / voltage-gated sodium channel activity / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Arcobacter butzleri (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.002 Å

データ登録者

Lenaeus, M.J. / Catterall, W.A.

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Fenestrations control resting-state block of a voltage-gated sodium channel.
著者: Gamal El-Din, T.M. / Lenaeus, M.J. / Zheng, N. / Catterall, W.A.

履歴

登録	2018年10月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年12月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年12月19日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2019年1月2日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6mvy.cif.gz	203.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6mvy.ent.gz	164.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6mvy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mv/6mvy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mv/6mvy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6mvvC 6mvwC 6mvxC 3rvyS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4ms2-d 5kmf-d 5kmd-d 4mtf-d 4mw3-d 6keb-d 4mvu-d 4mvr-d 4mvq-d 6c1p-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#243 - 2020年3月電位依存性ナトリウムチャネル (Voltage-gated Sodium Channels) 類似性 (4) #237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ion transport protein

B: Ion transport protein

ヘテロ分子

62 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ion transport protein

ヘテロ分子

A: Ion transport protein

ヘテロ分子

A: Ion transport protein

ヘテロ分子

A: Ion transport protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
124 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Ion transport protein

ヘテロ分子

B: Ion transport protein

ヘテロ分子

B: Ion transport protein

ヘテロ分子

B: Ion transport protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
124 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	126.596, 126.596, 192.219
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	79
Space group name H-M	I4

#1: タンパク質	Ion transport protein 分子量: 28202.602 Da / 分子数: 2 / 変異: I217C / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arcobacter butzleri (strain RM4018) (バクテリア) 株: RM4018 / 遺伝子: Abu_1752 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A8EVM5
#2: 化合物	ChemComp-PX4 / 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / O-(1-O,2-O-ジミリストイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン分子量: 678.940 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₆H₇₃NO₈P / コメント: DMPC, リン脂質*YM
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 6.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 81.98 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 1.8 M Ammonium Sulfate 100 mM Sodium Acetate, pH 5.0 10 mM Lidocaine

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→50 Å / Num. obs: 30052 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 16 % / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 24
反射シェル	解像度: 3.002→3.109 Å / Num. unique all: 2887 / CC_1/2: 0.657

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3RVY

3rvy

解像度: 3.002→40.033 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.12

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2372	1504	5.01 %
R_work	0.2038	-	-
obs	0.2055	29995	99.48 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.002→40.033 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3506	0	261	39	3806

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3853
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.88	5229
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.372	2193
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	620
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	598

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.0017-3.0986	0.3424	126	0.2981	2476	X-RAY DIFFRACTION	96
3.0986-3.2093	0.3168	146	0.2709	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2093-3.3377	0.2511	137	0.233	2567	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3377-3.4895	0.2125	137	0.1845	2595	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4895-3.6734	0.2118	134	0.1665	2593	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6734-3.9034	0.24	134	0.1703	2603	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9034-4.2045	0.1986	136	0.1593	2597	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2045-4.627	0.2006	141	0.1672	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
4.627-5.2952	0.2036	136	0.1731	2609	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2952-6.6664	0.2937	132	0.2818	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
6.6664-40.0367	0.2457	145	0.2201	2619	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.8767	0.1044	-3.3699	2.825	1.8426	8.706	-0.6378	0.886	-0.7891	-0.2367	0.6772	-0.5573	0.4572	2.1688	0.8178	1.2719	0.2572	0.1344	1.2873	-0.3831	1.356	-33.6596	35.237	-32.5107
2	4.4231	-0.5743	-0.7917	2.5121	1.2312	3.0378	0.0536	-0.3225	-0.1934	-0.2404	0.3489	-0.2387	0.3682	0.8734	-0.3056	0.9862	0.1107	0.2327	0.9462	-0.3673	1.2315	-32.2996	42.7317	-25.3202
3	3.382	-0.874	-0.4546	4.3808	0.7568	3.4151	0.3565	0.4482	0.0193	-0.4371	-0.0372	-0.4749	-0.1538	0.2381	-0.4707	0.5745	-0.0005	0.0595	0.6414	0.0624	0.5792	-51.1179	72.016	-19.2542
4	1.9795	-2.1752	-1.3452	4.7549	5.0303	8.1769	-0.3057	0.7948	-0.2356	-0.6034	0.0991	0.5324	0.4393	0.7639	-0.0241	1.012	0.075	0.1892	0.573	0.1425	0.65	-57.0664	71.914	-28.9984
5	5.7773	0.7907	2.7331	0.9284	1.6814	3.8778	0.0803	0.2968	-0.0155	0.1464	0.4357	-0.2522	-0.5593	1.6059	0.0584	1.1973	-0.2119	-0.1531	1.1382	-0.338	1.2273	-32.0166	87.683	27.9976
6	3.9707	1.639	0.8499	2.6747	-0.3085	1.5789	0.3001	-0.5626	0.0936	0.6619	-0.2847	-0.1389	0.1523	0.0296	-0.2423	0.7194	0.0077	-0.0778	0.7501	0.0107	0.6477	-47.9897	59.8403	19.182
7	1.7572	2.1712	1.1821	4.6424	5.3367	8.3991	-0.1325	-0.8619	-0.0665	0.5737	0.0919	0.5545	-0.0665	0.7624	-0.0072	0.9398	-0.0892	-0.1369	0.6511	0.189	0.5837	-57.0599	54.6772	28.2537

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 999 through 1034 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 1035 through 1113 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 1114 through 1193 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 1194 through 1224 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 999 through 1088 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 1089 through 1193 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 1194 through 1224 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

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