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- PDB-2o36: Crystal structure of engineered thimet oligopeptidase with neurol... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2o36
タイトルCrystal structure of engineered thimet oligopeptidase with neurolysin specificity in neurotensin cleavage site
要素Thimet oligopeptidase
キーワードHYDROLASE / thermolysin-like domain / substrate-binding channel
機能・相同性
機能・相同性情報


thimet oligopeptidase / peptide metabolic process / mitochondrial intermembrane space / metalloendopeptidase activity / protein polyubiquitination / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / proteolysis / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Neurolysin, domain 3 / Endopeptidase. Chain P; domain 1 / Neurolysin/Thimet oligopeptidase, N-terminal / Neurolysin/Thimet oligopeptidase, domain 2 / Peptidase M3A/M3B catalytic domain / Peptidase M3A/M3B / Peptidase family M3 / Neurolysin; domain 3 / Collagenase (Catalytic Domain) / Collagenase (Catalytic Domain) ...Neurolysin, domain 3 / Endopeptidase. Chain P; domain 1 / Neurolysin/Thimet oligopeptidase, N-terminal / Neurolysin/Thimet oligopeptidase, domain 2 / Peptidase M3A/M3B catalytic domain / Peptidase M3A/M3B / Peptidase family M3 / Neurolysin; domain 3 / Collagenase (Catalytic Domain) / Collagenase (Catalytic Domain) / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Thimet oligopeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Rodgers, D.W. / Lim, E.J.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Swapping the substrate specificities of the neuropeptidases neurolysin and thimet oligopeptidase.
著者: Lim, E.J. / Sampath, S. / Coll-Rodriguez, J. / Schmidt, J. / Ray, K. / Rodgers, D.W.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of human thimet oligopeptidase provides insight into substrate recognition, regulation, and localization
著者: Ray, K. / Hines, C.S. / Coll-Rodriguez, J. / Rodgers, D.W.
履歴
登録2006年11月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thimet oligopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,5472
ポリマ－77,4821
非ポリマー651
水8,485471
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)77.120, 99.250, 105.710
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological unit is a single monomer

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要素

#1: タンパク質 Thimet oligopeptidase / Endopeptidase 24.15 / MP78


分子量: 77481.953 Da / 分子数: 1 / 変異: E469R, R498T, C246S, C253S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: THOP1 / プラスミド: BL21(DE3)RP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P52888, thimet oligopeptidase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 471 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.62 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.9997 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9997 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→30 Å / Num. obs: 59434 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Χ2: 1.075 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 1.94→2.01 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.299 / Num. unique all: 5416 / Χ2: 0.923 / % possible all: 90.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS1精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1S4B

1s4b


解像度: 1.95→29.72 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / FOM work R set: 0.848 / Data cutoff high absF: 2315410.5 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.238 6023 10.1 %RANDOM
Rwork0.202 ---
obs-59387 98.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 38.842 Å2 / ksol: 0.341 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 25.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.3 Å20 Å20 Å2
2--2.38 Å20 Å2
3---1.92 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.26 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.17 Å0.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→29.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5302 0 1 471 5774
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.73
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 50

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs
1.94-1.950.25540.26462516
1.95-1.970.2841120.22710361148
1.97-1.980.3171100.24110841194
1.98-1.990.2741330.23310221155
1.99-2.010.2571390.22610391178
2.01-2.020.2981210.22110491170
2.02-2.040.2481180.21510561174
2.04-2.060.2571330.21410601193
2.06-2.070.2461150.19710521167
2.07-2.090.2811290.22210481177
2.09-2.110.2311240.20310731197
2.11-2.130.2551210.20410351156
2.13-2.140.2481080.19910891197
2.14-2.160.2551120.19410691181
2.16-2.180.2391380.19810401178
2.18-2.210.2421100.20210951205
2.21-2.230.2591260.20810291155
2.23-2.250.251160.19810951211
2.25-2.280.2271280.19510681196
2.28-2.30.2381300.19210231153
2.3-2.330.241060.1910981204
2.33-2.350.2631120.19510641176
2.35-2.380.2591070.19510971204
2.38-2.410.2251280.19610771205
2.41-2.440.2481140.20110541168
2.44-2.480.2581100.19510981208
2.48-2.510.2561120.20110731185
2.51-2.550.2441190.20110811200
2.55-2.590.2521280.21510711199
2.59-2.630.261230.21410731196
2.63-2.680.2711210.22110971218
2.68-2.730.2311190.20710681187
2.73-2.780.2771250.21410871212
2.78-2.840.2711250.22510721197
2.84-2.90.2731180.22110751193
2.9-2.970.2421200.21411081228
2.97-3.040.2711240.21910721196
3.04-3.120.2791140.21910871201
3.12-3.210.2721210.22811201241
3.21-3.320.2591100.21210921202
3.32-3.440.2171510.20410561207
3.44-3.570.2461110.20211091220
3.57-3.740.1931220.19311171239
3.74-3.930.21190.18711011220
3.93-4.180.1821490.16910841233
4.18-4.50.1711250.17711251250
4.5-4.950.2071230.17511161239
4.95-5.670.2511290.21911241253
5.67-7.140.2931310.23911481279
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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