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Yorodumi- PDB-2o3e: Crystal structure of engineered neurolysin with thimet oligopepti... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2o3e | ||||||
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Title | Crystal structure of engineered neurolysin with thimet oligopeptidase specificity for neurotensin cleavage site. | ||||||
Components | Neurolysin | ||||||
Keywords | HYDROLASE / thermolysin-like domain / substrate-binding channel | ||||||
Function / homology | Function and homology information neurolysin / regulation of skeletal muscle fiber differentiation / Peptide ligand-binding receptors / oligopeptidase activity / peptide metabolic process / regulation of gluconeogenesis / peptide catabolic process / peptide binding / protein catabolic process / mitochondrial intermembrane space ...neurolysin / regulation of skeletal muscle fiber differentiation / Peptide ligand-binding receptors / oligopeptidase activity / peptide metabolic process / regulation of gluconeogenesis / peptide catabolic process / peptide binding / protein catabolic process / mitochondrial intermembrane space / metalloendopeptidase activity / peptidase activity / proteolysis / metal ion binding / plasma membrane / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Rattus norvegicus (Norway rat) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.2 Å | ||||||
Authors | Rodgers, D.W. / Lim, E.J. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2007 Title: Swapping the substrate specificities of the neuropeptidases neurolysin and thimet oligopeptidase. Authors: Lim, E.J. / Sampath, S. / Coll-Rodriguez, J. / Schmidt, J. / Ray, K. / Rodgers, D.W. #1: Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2001 Title: Structure of neurolysin reveals a deep channel that limits substrate access. Authors: Brown, C.K. / Madauss, K. / Lian, W. / Beck, M.R. / Tolbert, W.D. / Rodgers, D.W. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2o3e.cif.gz | 149.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2o3e.ent.gz | 114.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2o3e.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 2o3e_validation.pdf.gz | 430.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 2o3e_full_validation.pdf.gz | 441.3 KB | Display | |
Data in XML | 2o3e_validation.xml.gz | 27.1 KB | Display | |
Data in CIF | 2o3e_validation.cif.gz | 38.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o3/2o3e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o3/2o3e | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 2o36C 1i1iS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Details | The biological unit is a single monomer. |
-Components
#1: Protein | Mass: 77644.641 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: R470E, T499R Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Rattus norvegicus (Norway rat) / Gene: Nln / Plasmid: pBAD / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): TOP10 / References: UniProt: P42676, neurolysin |
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#2: Chemical | ChemComp-ZN / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.63 Å3/Da / Density % sol: 53.24 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 110 K |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 0.997 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.997 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→43.85 Å / Num. obs: 42607 / % possible obs: 98.7 % / Redundancy: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Χ2: 1.278 / Net I/σ(I): 12.2 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.28 Å / Redundancy: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.412 / Num. unique all: 4220 / Χ2: 1.222 / % possible all: 99.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 1I1I Resolution: 2.2→43.85 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / FOM work R set: 0.812 / Data cutoff high absF: 2169754 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0
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Solvent computation | Solvent model: FLAT MODEL / Bsol: 38.883 Å2 / ksol: 0.323 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 39.3 Å2
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Refine analyze |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→43.85 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 50
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Xplor file |
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