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- PDB-2o36: Crystal structure of engineered thimet oligopeptidase with neurol... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2o36 | ||||||
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Title | Crystal structure of engineered thimet oligopeptidase with neurolysin specificity in neurotensin cleavage site | ||||||
![]() | Thimet oligopeptidase | ||||||
![]() | HYDROLASE / thermolysin-like domain / substrate-binding channel | ||||||
Function / homology | ![]() thimet oligopeptidase / peptide metabolic process / mitochondrial intermembrane space / metalloendopeptidase activity / protein polyubiquitination / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / proteolysis / metal ion binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Rodgers, D.W. / Lim, E.J. | ||||||
![]() | ![]() Title: Swapping the substrate specificities of the neuropeptidases neurolysin and thimet oligopeptidase. Authors: Lim, E.J. / Sampath, S. / Coll-Rodriguez, J. / Schmidt, J. / Ray, K. / Rodgers, D.W. #1: ![]() Title: Crystal structure of human thimet oligopeptidase provides insight into substrate recognition, regulation, and localization Authors: Ray, K. / Hines, C.S. / Coll-Rodriguez, J. / Rodgers, D.W. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 156 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 118.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 2o3eC ![]() 1s4bS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Details | The biological unit is a single monomer |
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Components
#1: Protein | Mass: 77481.953 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: E469R, R498T, C246S, C253S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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#2: Chemical | ChemComp-ZN / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.65 Å3/Da / Density % sol: 53.62 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 110 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9997 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.94→30 Å / Num. obs: 59434 / % possible obs: 98.2 % / Redundancy: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Χ2: 1.075 / Net I/σ(I): 11 |
Reflection shell | Resolution: 1.94→2.01 Å / Redundancy: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.299 / Num. unique all: 5416 / Χ2: 0.923 / % possible all: 90.5 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 1S4B Resolution: 1.95→29.72 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / FOM work R set: 0.848 / Data cutoff high absF: 2315410.5 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / Stereochemistry target values: Engh & Huber
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Solvent computation | Solvent model: FLAT MODEL / Bsol: 38.842 Å2 / ksol: 0.341 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 25.7 Å2
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Refine analyze |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.95→29.72 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 50
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Xplor file |
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