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- PDB-2o2l: Crystal structure of human heat-labile enterotoxin in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2o2l
タイトルCrystal structure of human heat-labile enterotoxin in complex with a blood group A antigen analog
要素Heat-labile enterotoxin B chain
キーワードTOXIN / Enterotoxigenic E. coli / heat-labile enterotoxin / blood group antigen
機能・相同性
機能・相同性情報


toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Heat-labile enterotoxin, B chain / Heat-labile enterotoxin beta chain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #110 / Enterotoxin / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Heat-labile enterotoxin B chain / Heat-labile enterotoxin B chain
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.53 Å
データ登録者Holmner, A. / Askarieh, G. / Okvist, M. / Krengel, U.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Blood Group Antigen Recognition by Escherichia coli Heat-labile Enterotoxin
著者: Holmner, A. / Askarieh, G. / Okvist, M. / Krengel, U.
履歴
登録2006年11月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22018年5月23日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 2.02019年10月9日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _chem_comp.type / _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
改定 3.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.12023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 3.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999SEQUENCE The author confirmed that this position was indeed LYS.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Heat-labile enterotoxin B chain
E: Heat-labile enterotoxin B chain
F: Heat-labile enterotoxin B chain
G: Heat-labile enterotoxin B chain
H: Heat-labile enterotoxin B chain
I: Heat-labile enterotoxin B chain
J: Heat-labile enterotoxin B chain
K: Heat-labile enterotoxin B chain
L: Heat-labile enterotoxin B chain
M: Heat-labile enterotoxin B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,69220
ポリマ－117,31410
非ポリマー8,37810
水5,008278
1
D: Heat-labile enterotoxin B chain
E: Heat-labile enterotoxin B chain
F: Heat-labile enterotoxin B chain
G: Heat-labile enterotoxin B chain
H: Heat-labile enterotoxin B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,84610
ポリマ－58,6575
非ポリマー4,1895
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20960 Å2
ΔGint43 kcal/mol
Surface area20040 Å2
手法PISA
2
I: Heat-labile enterotoxin B chain
J: Heat-labile enterotoxin B chain
K: Heat-labile enterotoxin B chain
L: Heat-labile enterotoxin B chain
M: Heat-labile enterotoxin B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,84610
ポリマ－58,6575
非ポリマー4,1895
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20930 Å2
ΔGint45 kcal/mol
Surface area20070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.799, 166.965, 57.478
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: タンパク質
Heat-labile enterotoxin B chain / LT-B / human / LTH-B


分子量: 11731.440 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: pML-hLBTtac / 発現宿主: Vibrio cholerae (コレラ菌) / 参照: UniProt: P13811, UniProt: P0CK94*PLUS
#2: 多糖
alpha-L-fucopyranose-(1-2)-[2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose-(1-3)]beta-D- ...alpha-L-fucopyranose-(1-2)-[2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose-(1-3)]beta-D-galactopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)]beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 837.771 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-2[DGalpNAca1-3]DGalpb1-4[LFucpa1-3]DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,5,4/[a2122h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5][a2112h-1b_1-5][a2112h-1a_1-5_2*NCC/3=O]/1-2-3-2-4/a3-b1_a4-c1_c2-d1_c3-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-Galp]{[(2+1)][a-L-Fucp]{}[(3+1)][a-D-GalpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 278 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.93 %

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-5 / 波長: 0.907 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月26日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Bent Si crystal, horizontally focusing
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.907 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→96.2 Å / Num. obs: 38366 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.033 / Net I/σ(I): 24.9
反射 シェル解像度: 2.53→2.6 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Mean I/σ(I) obs: 12.4 / % possible all: 94.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1DJR

1djr


解像度: 2.53→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU B: 15.024 / SU ML: 0.182 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.49 / ESU R Free: 0.302 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23703 1922 5 %RANDOM
Rwork0.1807 ---
obs0.18351 36444 99.05 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.367 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.76 Å20 Å20 Å2
2---0.36 Å20 Å2
3----0.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.53→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8045 0 570 278 8893
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0228756
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.025868
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.452.04111874
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.561314448
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4565997
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.32925.576330
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.983151625
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5011530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.21540
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.028761
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021439
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2380.21753
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2040.26179
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1770.24490
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0970.24551
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1650.2453
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2320.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2110.243
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1830.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7541.56615
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0971.52013
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.84728281
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.32734179
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8354.53593
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.53→2.596 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.336 129 -
Rwork0.226 2499 -
obs--93.86 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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