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万見
- PDB-2o27: Structure of a class III RTK signaling assembly -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2o27
タイトルStructure of a class III RTK signaling assembly
要素Kit ligand
キーワードCYTOKINE / SIGNALING PROTEIN / stem cell factor / receptor tyrosine kinase / class III / receptor-ligand complex / growth factor / 4-helix bundle
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of myeloid leukocyte differentiation / stem cell factor receptor binding / mast cell migration / Regulation of KIT signaling / positive regulation of hematopoietic stem cell proliferation / positive regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / negative regulation of mast cell apoptotic process / Signaling by SCF-KIT / melanocyte migration / positive regulation of melanocyte differentiation ...positive regulation of myeloid leukocyte differentiation / stem cell factor receptor binding / mast cell migration / Regulation of KIT signaling / positive regulation of hematopoietic stem cell proliferation / positive regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / negative regulation of mast cell apoptotic process / Signaling by SCF-KIT / melanocyte migration / positive regulation of melanocyte differentiation / myeloid leukocyte differentiation / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / positive regulation of mast cell proliferation / mast cell apoptotic process / RAF/MAP kinase cascade / mast cell proliferation / PIP3 activates AKT signaling / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / positive regulation of Ras protein signal transduction / positive regulation of leukocyte migration / neural crest cell migration / embryonic hemopoiesis / germ cell development / ectopic germ cell programmed cell death / T cell proliferation / hematopoietic progenitor cell differentiation / ovarian follicle development / positive regulation of T cell proliferation / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / cytokine activity / filopodium / growth factor activity / male gonad development / lamellipodium / Ras protein signal transduction / cytoskeleton / cell population proliferation / cell adhesion / positive regulation of cell population proliferation / apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / extracellular space / extracellular region / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Stem cell factor / Stem cell factor / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Liu, H. / Chen, X. / Focia, P. / He, X.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2007
タイトル: Structural basis for stem cell factor-KIT signaling and activation of class III receptor tyrosine kinases.
著者: Liu, H. / Chen, X. / Focia, P.J. / He, X.
履歴
登録2006年11月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kit ligand
B: Kit ligand


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8902
ポリマ－32,8902
非ポリマー00
水8,647480
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1520 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area14490 Å2
手法PISA
2
A: Kit ligand

B: Kit ligand


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8902
ポリマ－32,8902
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555y,-x+y,z+1/61
Buried area1940 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area14080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.270, 43.270, 248.433
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Kit ligand / C-kit ligand / Stem cell factor / SCF / Mast cell growth factor / MGF / Hematopoietic growth factor ...C-kit ligand / Stem cell factor / SCF / Mast cell growth factor / MGF / Hematopoietic growth factor KL / Steel factor


分子量: 16444.766 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 28-166 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Kitlg, Kitl, Mgf, Sl, Slf / プラスミド: pGEX-4T-1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P20826
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 480 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1.8M ammonium sulfate, 0.1M Hepes, pH pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 5ID-B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. all: 13625 / Num. obs: 13625 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13 % / Biso Wilson estimate: 31 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 43.5
反射 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 13 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 5 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2O26

2o26


解像度: 2.2→18.74 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 158204.8 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.266 646 5.1 %RANDOM
Rwork0.242 ---
obs0.242 12636 95.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 132.484 Å2 / ksol: 0.305536 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 56.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.91 Å21.01 Å20 Å2
2--1.91 Å20 Å2
3----3.82 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.28 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.27 Å0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→18.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1987 0 0 480 2467
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.01
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.03 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.302 104 5.1 %
Rwork0.256 1927 -
obs--91.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3carbohydrate.param
X-RAY DIFFRACTION4ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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