PDB-2o20: Crystal structure of transcription regulator CcpA of Lactococcus ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2o20

タイトル

Crystal structure of transcription regulator CcpA of Lactococcus lactis

要素

Catabolite control protein A

キーワード

TRANSCRIPTION / ccpa / transcriptional regulator / helix-turn-helix

機能・相同性

機能・相同性情報

transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能

生物種

Lactococcus lactis (乳酸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Loll, B. / Kowalczyk, M. / Alings, C. / Chieduch, A. / Bardowski, J. / Saenger, W. / Biesiadka, J.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2007
タイトル: Structure of the transcription regulator CcpA from Lactococcus lactis
著者: Loll, B. / Kowalczyk, M. / Alings, C. / Chieduch, A. / Bardowski, J. / Saenger, W. / Biesiadka, J.

履歴

登録	2006年11月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年3月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2o20.cif.gz	452.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2o20.ent.gz	369.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2o20.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2o20_validation.pdf.gz	462.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2o20_full_validation.pdf.gz	473.2 KB	表示
XML形式データ	2o20_validation.xml.gz	41.2 KB	表示
CIF形式データ	2o20_validation.cif.gz	70.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o2/2o20 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o2/2o20	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1zvvS 1rzr 1shi 1sxg 1sxh 2fep 2hsg S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3bbl-1 3vs1-2 2c0t-2 4qzt-d 4qzu-d 3kke-2 1sxh-d 3vs3-1 3vs4-2 4zgu-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (7) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Catabolite control protein A

C: Catabolite control protein A

D: Catabolite control protein A

B: Catabolite control protein A

E: Catabolite control protein A

F: Catabolite control protein A

G: Catabolite control protein A

H: Catabolite control protein A

ヘテロ分子

294 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Catabolite control protein A

B: Catabolite control protein A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
73.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Catabolite control protein A

D: Catabolite control protein A

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
73.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: Catabolite control protein A

F: Catabolite control protein A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
73.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

G: Catabolite control protein A

H: Catabolite control protein A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
73.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	117.756, 74.267, 160.302
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.36, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Catabolite control protein A 分子量: 36642.613 Da / 分子数: 8 / 変異: D89A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lactococcus lactis (乳酸菌) / 株: ssp.lactis IL1403 / 遺伝子: ccpa / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1blue / 参照: UniProt: Q9CF33
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1335 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.33 %
結晶化	温度: 296 K / pH: 8 詳細: PEG 3350 (22.5% (w/v), 100 mM Li2SO4, 100 mM Tris/HCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K, pH 8.00

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月12日
放射	モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→19.9 Å / Num. obs: 211799 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5.5 % / Net I/σ(I): 11.74
反射シェル	解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 4.4 % / Mean I/σ(I) obs: 4.49 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ZVV

1zvv

解像度: 1.9→19.9 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / SU B: 5.396 / SU ML: 0.085 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotopic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.124 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.211	10565	5 %	RANDOM
R_work	0.176	-	-	-
obs	0.177	201126	99.4 %	-
all	-	211799	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.7 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.83 Å²	0 Å²	0.41 Å²
2-	-	0.18 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.84 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16891	0	41	1335	18267

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	17367
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	16068
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.289	1.984	23521
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.808	3	37547
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.84	5	2164
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	42.66	25.466	761
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.91	15	3265
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.107	15	84
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	2820
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	18975
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3153
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.197	0.2	3186
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.167	0.2	15257
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.162	0.2	8453
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.079	0.2	9781
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.15	0.2	1027
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.114	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.207	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.2	0.2	74
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.141	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.808	1.5	11180
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.194	1.5	4432
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.253	2	17658
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.984	3	6922
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.14	4.5	5863
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.276	727	-
R_work	0.225	14701	-
obs	-	-	99.03 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1766	0.0886	0.4324	1.6346	-0.3011	1.0497	-0.0325	-0.1222	0.056	0.1691	-0.0393	-0.0441	-0.0836	0.0203	0.0719	-0.0163	-0.0388	0.0049	-0.0049	-0.0132	-0.0652	-2.9701	9.8169	76.7076
2	0.6563	-0.1371	-0.1995	0.9827	0.3543	0.8799	-0.004	-0.0105	-0.0376	-0.0364	-0.0199	0.028	-0.0794	-0.1198	0.0238	0.0033	-0.0035	0.0026	-0.0063	-0.02	-0.0762	-24.7775	13.9171	58.865
3	0.9042	0.0775	0.6434	1.1156	-0.0215	2.3102	0.0468	-0.0134	-0.0297	-0.1062	0.0246	-0.1519	0.1967	0.2771	-0.0713	-0.0254	0.0163	0.0332	0.001	0.0154	-0.0391	4.92	-14.1782	69.2438
4	0.4204	-0.2797	-0.0765	0.998	-0.3019	1.3252	0.0415	-0.0434	-0.009	-0.0932	-0.0235	-0.005	0.2362	-0.0083	-0.018	0.0919	-0.0282	-0.0018	-0.0776	0.0019	-0.069	-11.0933	-13.7956	45.5709
5	3.7808	0.6859	1.7003	2.7692	-0.5699	2.02	-0.1346	0.6585	-0.1405	-0.399	0.2317	-0.2381	0.3329	0.4463	-0.097	-0.0675	0.0219	0.0862	0.241	-0.04	-0.1579	57.2428	-7.172	59.6533
6	3.9799	-0.6556	0.3936	3.4217	0.4218	3.9956	0.1239	0.5611	-0.017	0.125	-0.1353	0.0626	0.2706	-0.1303	0.0114	-0.1871	-0.0412	0.1002	0.1159	-0.0439	-0.1868	32.1236	-7.7857	46.0972
7	3.496	-0.5543	1.0425	2.0659	-0.0868	2.7135	-0.3205	-0.0308	0.159	0.17	0.0367	-0.0525	0.1719	0.8989	0.2838	-0.2567	0.127	0.0584	0.3957	0.218	-0.1063	53.9544	16.8756	71.1771
8	2.4783	0.5137	-0.0153	1.4592	-0.2848	1.4398	-0.0592	0.0541	0.0584	-0.064	-0.0229	0.0444	0.1002	0.1001	0.0821	-0.1607	-0.0446	-0.0216	0.054	0.0836	-0.0379	26.9103	20.0265	64.8099
9	0.9302	0.0217	-0.4357	1.1923	-0.1396	0.8091	-0.0392	0.0371	-0.0656	-0.0258	-0.0239	-0.1082	-0.0048	0.0427	0.0631	-0.0513	0.0053	-0.0066	-0.041	0.0116	-0.0013	11.9814	-1.5982	6.8436
10	0.64	0.0624	0.1695	0.9014	0.188	0.5181	0.0009	0.0239	0.001	0.0515	-0.0346	0.0451	0.0252	-0.0377	0.0337	-0.0251	-0.0039	0.0151	-0.0346	-0.0192	-0.0268	-14.9606	-5.2251	14.2852
11	1.091	0.0933	-0.7562	1.1638	-0.3549	1.1606	0.0961	-0.0952	0.0364	0.1981	-0.1001	-0.1394	-0.1695	0.1626	0.004	0.0141	-0.0549	-0.0435	-0.033	0.0224	-0.0261	16.7471	22.0807	17.6457
12	0.4684	0.1672	-0.3633	0.937	-0.0232	1.1421	0.0739	-0.0388	0.0275	0.0567	-0.051	0.0091	-0.1367	0.0614	-0.023	0.0594	-0.0158	0.0198	-0.0703	-0.0072	-0.0529	-7.4206	22.1733	32.4302
13	2.0974	-0.1029	-0.2784	1.404	-0.0051	0.9828	0.0054	0.2122	0.0086	-0.1354	-0.0102	0.1398	0.0463	-0.0959	0.0048	-0.1137	0.0012	-0.0388	0.0147	-0.0273	0.0085	72.8589	4.6409	2.1546
14	2.4997	0.0595	0.0086	1.5771	0.5952	1.176	-0.002	-0.1696	0.2041	0.069	-0.0367	0.076	0.0703	-0.0907	0.0387	-0.1654	-0.041	0.0075	0.0351	-0.0345	0.011	50.4395	0.7117	19.1182
15	1.5248	0.3907	-0.1876	1.471	-0.5813	1.8577	0.0384	0.0055	0.1974	0.2013	-0.0888	-0.0084	-0.1327	-0.0114	0.0505	-0.1039	0.0173	-0.0206	-0.0726	-0.0219	0.055	80.5002	28.6222	10.2685
16	3.0964	0.7012	-1.0939	3.1154	0.279	3.4004	0.4593	-0.6025	0.4293	0.7927	-0.3479	0.4303	-0.162	-0.0867	-0.1114	0.109	-0.0956	0.1607	0.0464	-0.2407	-0.0485	63.0066	28.8036	32.8241

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	62 - 161	62 - 161
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	293 - 320	293 - 320
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	162 - 292	162 - 292
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	321 - 332	321 - 332
5	X-RAY DIFFRACTION	3	B	D	58 - 161	58 - 161
6	X-RAY DIFFRACTION	3	B	D	293 - 320	293 - 320
7	X-RAY DIFFRACTION	4	B	D	162 - 292	162 - 292
8	X-RAY DIFFRACTION	4	B	D	321 - 332	321 - 332
9	X-RAY DIFFRACTION	5	C	B	63 - 161	63 - 161
10	X-RAY DIFFRACTION	5	C	B	293 - 320	293 - 320
11	X-RAY DIFFRACTION	6	C	B	162 - 292	162 - 292
12	X-RAY DIFFRACTION	6	C	B	321 - 332	321 - 332
13	X-RAY DIFFRACTION	7	D	C	63 - 161	63 - 161
14	X-RAY DIFFRACTION	7	D	C	293 - 320	293 - 320
15	X-RAY DIFFRACTION	8	D	C	162 - 292	162 - 292
16	X-RAY DIFFRACTION	8	D	C	321 - 332	321 - 332
17	X-RAY DIFFRACTION	9	E	E	62 - 161	62 - 161
18	X-RAY DIFFRACTION	9	E	E	293 - 320	293 - 320
19	X-RAY DIFFRACTION	10	E	E	162 - 292	162 - 292
20	X-RAY DIFFRACTION	10	E	E	321 - 332	321 - 332
21	X-RAY DIFFRACTION	11	F	F	61 - 161	61 - 161
22	X-RAY DIFFRACTION	11	F	F	293 - 320	293 - 320
23	X-RAY DIFFRACTION	12	F	F	162 - 292	162 - 292
24	X-RAY DIFFRACTION	12	F	F	321 - 332	321 - 332
25	X-RAY DIFFRACTION	13	G	G	62 - 161	62 - 161
26	X-RAY DIFFRACTION	13	G	G	293 - 320	293 - 320
27	X-RAY DIFFRACTION	14	G	G	162 - 292	162 - 292
28	X-RAY DIFFRACTION	14	G	G	321 - 332	321 - 332
29	X-RAY DIFFRACTION	15	H	H	61 - 161	61 - 161
30	X-RAY DIFFRACTION	15	H	H	293 - 320	293 - 320
31	X-RAY DIFFRACTION	16	H	H	162 - 292	162 - 292
32	X-RAY DIFFRACTION	16	H	H	321 - 332	321 - 332

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)