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- PDB-2o1x: 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate synthase (DXS) from Deinococcus ra... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2o1x
タイトル1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate synthase (DXS) from Deinococcus radiodurans
要素1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase
キーワードTRANSFERASE / thiamin / isoprenoid / dxs / 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase / : / 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase activity / thiamine biosynthetic process / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / terpenoid biosynthetic process / thiamine pyrophosphate binding / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Deoxyxylulose-5-phosphate synthase / 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase / Transketolase, C-terminal domain / Transketolase binding site / Transketolase signature 2. / Transketolase, C-terminal domain / Rossmann fold - #920 / Transketolase-like, pyrimidine-binding domain / Transketolase, pyrimidine binding domain / Transketolase, pyrimidine binding domain ...Deoxyxylulose-5-phosphate synthase / 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase / Transketolase, C-terminal domain / Transketolase binding site / Transketolase signature 2. / Transketolase, C-terminal domain / Rossmann fold - #920 / Transketolase-like, pyrimidine-binding domain / Transketolase, pyrimidine binding domain / Transketolase, pyrimidine binding domain / Transketolase C-terminal/Pyruvate-ferredoxin oxidoreductase domain II / Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains / Thiamin diphosphate-binding fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
THIAMINE DIPHOSPHATE / 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Xiang, S. / Usunow, G. / Lange, G. / Busch, M. / Tong, L.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Crystal Structure of 1-Deoxy-D-xylulose 5-Phosphate Synthase, a Crucial Enzyme for Isoprenoids Biosynthesis.
著者: Xiang, S. / Usunow, G. / Lange, G. / Busch, M. / Tong, L.
履歴
登録2006年11月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 2.02021年8月4日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.label_comp_id
改定 2.12021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.22023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase
B: 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase
C: 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase
D: 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)272,82612
ポリマ－271,0284
非ポリマー1,7988
水00
1
A: 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase
B: 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,4136
ポリマ－135,5142
非ポリマー8994
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9870 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area36890 Å2
手法PISA
2
C: 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase
D: 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,4136
ポリマ－135,5142
非ポリマー8994
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9530 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area34980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.261, 154.062, 124.881
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.91, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細Dimers of chains A/B and C/D

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要素

#1: タンパク質
1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase / 1-deoxyxylulose-5-phosphate synthase / DXP synthase / DXPS


分子量: 67756.961 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
遺伝子: dxs / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
参照: UniProt: Q9RUB5, 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / チアミンピロりん酸


分子量: 425.314 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19N4O7P2S

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.16 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM Tris, pH7.5, 200 mM ammonium acetate, 150 mM NaCl, and 20% (w/v) PEG 6000 or PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.9795
検出器タイプ: MAR scanner 180 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年4月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→30 Å / Num. all: 65814 / Num. obs: 64098 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.114 / Rsym value: 0.114 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 6571 / Rsym value: 0.42 / % possible all: 96.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0003精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
MAR345345DTBデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.912 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.855 / SU B: 37.282 / SU ML: 0.323 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.431 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.272 3206 5.1 %RANDOM
Rwork0.209 ---
obs0.212 62969 97.39 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.511 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.67 Å20 Å21.25 Å2
2--4.18 Å20 Å2
3----3.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16802 0 108 0 16910
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.02117240
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3821.95123430
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.58952215
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.58823.452733
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.056152752
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.79615133
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.22671
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0213077
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2270.28853
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.310.211555
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1620.2564
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1420.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1970.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0390.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3741.511243
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.66217574
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.01236708
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.7214.55856
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.397 232 -
Rwork0.29 4314 -
obs-4546 96.46 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.6313-0.2881-0.48260.7113-0.03441.126-0.03160.0301-0.19490.0049-0.00920.21260.0996-0.16740.0408-0.2831-0.0318-0.0286-0.2418-0.0049-0.13848.6785-7.72928.2102
21.166-0.2346-0.06291.3919-0.00691.22690.1050.23060.0032-0.1802-0.00860.0855-0.0982-0.1281-0.0964-0.220.0208-0.0438-0.1781-0.0252-0.131526.24936.06054.8213
31.99250.39380.50852.7929-0.41180.83870.13170.14260.4245-0.0083-0.086-0.0984-0.27670.1521-0.0457-0.185-0.00050.0469-0.4032-0.0169-0.145129.73928.668713.9118
41.6943-0.3776-0.64021.77160.48491.3811-0.0606-0.142-0.1957-0.01990.1244-0.10140.21830.1364-0.0638-0.25610.0082-0.034-0.3478-0.0431-0.149847.1294-20.23810.3
51.4631-0.5518-0.74540.68350.14451.3088-0.0482-0.3025-0.02350.11380.1049-0.06160.03840.2116-0.0567-0.23510.0394-0.0472-0.0816-0.0432-0.107941.4474-0.398435.0847
63.3703-0.9213-1.3482.71150.83162.88210.0466-0.42130.41580.08170.1233-0.4122-0.37980.3238-0.1699-0.2626-0.0872-0.0406-0.2362-0.1201-0.07353.136320.181527.8322
70.90120.3526-1.00032.17370.39183.70440.878-0.81250.54660.3025-0.0301-0.1285-1.89741.192-0.84791.1255-0.74280.39170.4238-0.37790.117843.4997-51.670457.332
83.82821.0017-4.4960.8589-1.058610.61070.5261-0.61880.29010.1029-0.17260.0254-0.70931.2464-0.3535-0.0109-0.1213-0.00820.0019-0.0614-0.158346.405-70.948629.526
95.43440.8604-2.83762.387-0.06545.6486-0.417-1.2541-0.928-0.0492-0.397-0.5432.14882.64130.8140.48730.74340.24260.7930.4331-0.050954.8784-91.830639.6807
101.713-0.4089-0.93871.5733-0.75135.72990.48770.9550.60740.00620.14570.3128-1.4307-2.5946-0.63350.38150.71060.15471.17710.35560.174216.0662-61.820325.1389
113.70.4135-4.85581.2308-0.268112.06360.16730.41170.11560.16490.12390.2058-0.2389-1.144-0.2912-0.1012-0.0881-0.03730.06670.0307-0.154623.0214-77.153553.9519
123.43820.7461-3.93831.2512-0.37676.0409-1.22180.2906-0.968-0.13920.1479-0.00772.7584-0.51711.07391.2115-0.31650.3173-0.139-0.04570.057728.2321-99.933745.6285
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA5 - 3185 - 318
22AA319 - 493319 - 493
33AA494 - 627494 - 627
44BB8 - 3188 - 318
55BB319 - 493319 - 493
66BB494 - 629494 - 629
77CC7 - 2907 - 290
88CC321 - 493321 - 493
99CC494 - 628494 - 628
1010DD17 - 29017 - 290
1111DD321 - 493321 - 493
1212DD494 - 629494 - 629

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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