PDB-2o1t: Structure of Middle plus C-terminal domains (M+C) of GRP94

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2o1t

タイトル

Structure of Middle plus C-terminal domains (M+C) of GRP94

要素

Endoplasmin

キーワード

CHAPERONE (シャペロン) /

GRP94 / HSP82 /

HSP90 (Hsp90) /

HTPG (Hsp90) /

GP96 / endoplasmin

機能・相同性

機能・相同性情報

Trafficking and processing of endosomal TLR / Scavenging by Class A Receptors / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling /

Post-translational protein phosphorylation / sarcoplasmic reticulum lumen / : / ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding /

メラノソーム ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Canis lupus familiaris (イヌ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Dollins, D.E. / Warren, J.J. / Immormino, R.M. / Gewirth, D.T.

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2007
タイトル: Structures of GRP94-Nucleotide Complexes Reveal Mechanistic Differences between the hsp90 Chaperones.
著者: Dollins, D.E. / Warren, J.J. / Immormino, R.M. / Gewirth, D.T.

履歴

登録	2006年11月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年10月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2o1t.cif.gz	767 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2o1t.ent.gz	632.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2o1t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o1/2o1t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o1/2o1t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2o1uC 2o1vC 2o1wC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5dts-d 3nhq-3 3c2w-4 5hmn-d 1xc4-1 3c2w-1 3nhq-2 3ls2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#108 - 2008年12月 Hsp90 (Hsp90) 類似性 (14) #32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Endoplasmin

B: Endoplasmin

C: Endoplasmin

D: Endoplasmin

E: Endoplasmin

F: Endoplasmin

G: Endoplasmin

H: Endoplasmin

I: Endoplasmin

J: Endoplasmin

525 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Endoplasmin

J: Endoplasmin

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
105 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Endoplasmin

C: Endoplasmin

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
105 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

D: Endoplasmin

E: Endoplasmin

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
105 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

F: Endoplasmin

G: Endoplasmin

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
105 kDa, 2 ポリマー
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5

H: Endoplasmin

I: Endoplasmin

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
105 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	131.300, 129.540, 184.780
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.91, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	C
3	1	E
4	1	G
5	1	I
1	2	B
2	2	D
3	2	F
4	2	H
5	2	J

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 340 - 765 / Label seq-ID: 25 - 450

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	1	C	C
3	1	E	E
4	1	G	G
5	1	I	I
1	2	B	B
2	2	D	D
3	2	F	F
4	2	H	H
5	2	J	J

NCSアンサンブル:

ID
1
2

詳細

Dimer in asymmetric unit represents the biological dimer with N-terminal domain truncation

#1: タンパク質	Endoplasmin / Heat shock protein 90 kDa beta member 1 / 94 kDa glucose-regulated protein / GRP94 分子量: 52482.523 Da / 分子数: 10 / 断片: residues 337-765 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Canis lupus familiaris (イヌ) / 生物種: Canis lupus / 株: familiaris / 遺伝子: HSP90B1, TRA1 / プラスミド: pET15b-grp94(337-765) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P41148

#1: タンパク質

Endoplasmin / Heat shock protein 90 kDa beta member 1 / 94 kDa glucose-regulated protein / GRP94

分子量: 52482.523 Da / 分子数: 10 / 断片: residues 337-765 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Canis lupus familiaris (イヌ) / 生物種: Canis lupus / 株: familiaris / 遺伝子: HSP90B1, TRA1 / プラスミド: pET15b-grp94(337-765) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P41148

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.28 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 13-18% v/v 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), 2-5% w/v PEG 6000, and 0.1M bis-tris, pH 6.0 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
1,2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	22-ID	1	0.97931
シンクロトロン	APS	22-ID	2	0.97931, 0.97942, 0.97175

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
MARMOSAIC 300 mm CCD	1	CCD	2006年4月8日
MARMOSAIC 300 mm CCD	2	CCD	2006年4月9日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SAGITALLY FOCUSED Si(111)	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SAGITALLY FOCUSED Si(111)	MAD	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97931	1
2	0.97942	1
3	0.97175	1

反射

解像度: 3.2→45.6 Å / Num. all: 100725 / Num. obs: 100423 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.1 % / R_sym value: 0.073 / Net I/σ(I): 14

反射シェル

解像度: 3.2→3.28 Å / 冗長度: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 6893 / R_sym value: 0.483 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MAR345		データ収集
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
XDS		データスケーリング
SHELXCD		位相決定
SHELXE		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 3.2→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.926 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / SU B: 104.375 / SU ML: 0.731 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.564 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: The MAD data set was used for phasing, the native data set was used for refinement.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29373	5004	5 %	RANDOM
R_work	0.28445	-	-	-
obs	0.28492	95073	99.74 %	-
all	-	95320	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 150.132 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.28 Å²	0 Å²	2.46 Å²
2-	-	3.46 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.89 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.2→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	33009	0	0	0	33009

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	33770
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.307	1.969	45570
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	2.212	5	4130
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	23.883	24.591	1590
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.857	15	6200
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.787	15	190
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	4970
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	25400
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.195	0.3	14468
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.317	0.5	23602
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.167	0.5	1284
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.505	0.3	202
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.647	0.5	12

Refine LS restraints NCS

数: 3308 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: tight positional / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Rms dev position (Å)
1	1	A	0.04
1	2	C	0.03
1	3	E	0.03
1	4	G	0.03
1	5	I	0.02
2	1	B	0.02
2	2	D	0.02
2	3	F	0.03
2	4	H	0.02
2	5	J	0.03

LS精密化シェル

解像度: 3.2→3.281 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.487	343	-
R_work	0.481	6849	-
obs	-	-	99.35 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.0193	4.5327	-1.2098	13.783	-0.3483	3.269	0.2968	-0.2892	0.3663	-0.4176	-0.1708	0.1919	-0.3248	0.1538	-0.126	-0.8403	0.1362	-0.0701	-0.873	0.0427	-1.0572	94.35	98.885	13.414
2	9.4656	-0.3661	4.2292	2.5527	0.2076	7.3942	-0.726	0.2399	0.1441	0.2526	0.21	-0.4629	-0.7881	1.532	0.516	0.0046	-0.7368	-0.0283	0.7761	-0.0148	-0.4355	101.11	111.817	75.495
3	4.2391	0.7239	2.923	4.1354	4.9633	13.2361	-0.2978	0.1735	-0.4024	-0.5329	0.3399	-0.1752	0.0187	0.3189	-0.0421	-0.3037	-0.1183	0.2395	-0.5837	0.137	-0.7239	75.095	111.312	93.042
4	3.2303	0.3628	0.979	3.2914	3.0665	11.2181	-0.0846	-0.4944	-0.4636	0.2822	0.1723	-0.2765	0.3007	0.3875	-0.0876	-0.8151	-0.2548	0.1678	-0.0005	0.2039	-0.6027	42.511	46.31	49.113
5	10.9073	-0.7341	4.7723	1.8765	-0.0553	7.7103	-0.1468	-0.8002	-0.4266	0.3113	-0.0383	0.0199	0.0802	-0.2882	0.1851	-0.8376	-0.3062	0.1516	-1.0394	-0.1638	-0.7442	68.323	45.47	31.725
6	6.1083	4.8335	1.8766	8.2627	2.6235	4.9056	-0.478	0.4329	-0.0322	-0.3943	0.1349	-0.1752	-0.3876	0.6345	0.343	-0.9077	0.0137	-0.0633	-0.7678	-0.0379	-0.7661	110.219	54.05	26.746
7	2.2398	0.2212	1.1478	4.7252	3.3857	13.1403	0.407	0.5633	-0.5833	-0.5393	-0.6737	0.2663	0.996	0.4846	0.2666	-0.705	0.0972	-0.0492	0.3768	-0.0191	-0.485	137.29	52.247	10.232
8	2.4269	-0.0911	-1.0517	9.4403	3.7582	4.5964	0.3614	-0.7485	-0.1009	0.7286	-0.2218	0.2782	-0.3947	-0.155	-0.1396	-0.4535	-0.0333	0.3102	0.6263	-0.2529	0.0906	38.185	123.448	54.295
9	7.5882	3.7992	0.5473	9.9252	0.19	3.2103	0.2186	0.5651	-0.8057	-0.5772	-0.1116	1.1162	0.0632	0.0839	-0.1069	0.1859	-0.3874	0.3263	0.4814	-0.8714	0.703	9.809	125.028	68.056
10	6.0672	-4.799	-1.3371	11.3433	-0.2589	3.1266	0.1815	0.1735	0.587	0.0713	-0.17	-0.2362	-0.4307	-0.1116	-0.0115	-0.735	-0.164	-0.0372	-0.6989	-0.21	-0.8848	67.831	100.841	30.659

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth seq-ID: 340 - 765 / Label seq-ID: 25 - 450

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	2	B	B
3	3	C	C
4	4	D	D
5	5	E	E
6	6	F	F
7	7	G	G
8	8	H	H
9	9	I	I
10	10	J	J

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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