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万見
- PDB-2o1i: RH(BPY)2CHRYSI complexed to mismatched DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2o1i
タイトルRH(BPY)2CHRYSI complexed to mismatched DNA
要素5'-D(*CP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*CP*G)-3'
キーワードDNA / DNA mismatch / metallointercalator / DNA recognition
機能・相同性Chem-R1C / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Pierre, V.C. / Kaiser, J.T. / Barton, J.K.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007
タイトル: Insights into finding a mismatch through the structure of a mispaired DNA bound by a rhodium intercalator.
著者: Pierre, V.C. / Kaiser, J.T. / Barton, J.K.
履歴
登録2006年11月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年1月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_special_symmetry / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*CP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*CP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,6564
ポリマ－3,6471
非ポリマー2,0093
水1,35175
1
A: 5'-D(*CP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*CP*G)-3'
ヘテロ分子

A: 5'-D(*CP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*CP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,3128
ポリマ－7,2952
非ポリマー4,0176
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)38.740, 38.740, 57.560
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1001-

R1C

21A-2013-

HOH

詳細The second part of the biological assembly is generated by the two fold axis y,x,-z.

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*CP*G)-3'


分子量: 3647.393 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: solid phase synthesis
#2: 化合物 ChemComp-R1C / bis(2,2'-bipyridine-kappa~2~N~1~,N~1'~)[chrysene-5,6-diiminato(2-)-kappa~2~N,N']rhodium(4+) / DELTA-Rhodium(III)- bis-(2,2'-bipyridyl)-5,6-chrysenequinone diimine


分子量: 669.559 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H26N6Rh
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.63 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: SrCl2 40mM, MgCl2 10mM, Na-cacodylate 20mM, spermine-4HCl 6mM, MPD 5%(v/v)equilibrated against 35% MPD, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1SrCl211
2MgCl211
3Na-cacodylate11
4spermine-4HCl11
5MPD11
6HOH11
7SrCl212
8MgCl212
9Na-cacodylate12
10MPD12
11HOH12

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
回転陽極RIGAKU11.5418
シンクロトロンSSRL BL11-121.03317
検出器
タイプID検出器日付
RIGAKU RAXIS IV1IMAGE PLATE2006年5月5日
ADSC QUANTUM 3152CCD2006年5月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.54181
21.033171
反射解像度: 1.1→24 Å / Num. obs: 17269 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 8.7 % / Biso Wilson estimate: 14.85 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rsym value: 0.107 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 1.07→1.14 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.015 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Rsym value: 1.5 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHELXモデル構築
SHELXL-97精密化
Blu-Iceデータ収集
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO / 最高解像度: 1.1 Å / Num. parameters: 4070 / Num. restraintsaints: 5578 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.204 --RANDOM
all0.1515 ---
obs-17269 94 %-
Refine analyzeNum. disordered residues: 2 / Occupancy sum hydrogen: 178 / Occupancy sum non hydrogen: 384
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 1.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 242 135 75 452
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.024
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.041
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0135
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.022
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.005
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.036
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.109

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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