[日本語] English
万見
- PDB-2o0p: X-ray Crystal Structure of Protein CC0527 (V27M / L66M double mut... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2o0p
タイトルX-ray Crystal Structure of Protein CC0527 (V27M / L66M double mutant) from Caulobacter crescentus. Northeast Structural Genomics Consortium Target CcR55.
要素Hypothetical protein CC0527
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PSI / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NORTHEAST STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / NESG / Hypothetical protein CC0527
機能・相同性Protein of unknown function DUF952 / Protein of unknown function DUF952 / Protein of unknown function (DUF952) / ADP-ribosylation fold / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta / DUF952 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Caulobacter vibrioides (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Seetharaman, J. / Su, M. / Wang, D. / Fang, Y. / Cunningham, K. / Ma, L. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Acton, T.B. ...Seetharaman, J. / Su, M. / Wang, D. / Fang, Y. / Cunningham, K. / Ma, L. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal Structure of the Hypothetical Protein from Caulobacter Crescentus.
著者: Seetharaman, J. / Su, M. / Wang, D. / Fang, Y. / Cunningham, K. / Ma, L. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L.
履歴
登録2006年11月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein CC0527


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7201
ポリマ－13,7201
非ポリマー00
水1,856103
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)84.864, 103.773, 46.097
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number21
Space group name H-MC222

-
要素

#1: タンパク質 Hypothetical protein CC0527


分子量: 13719.872 Da / 分子数: 1 / 変異: Yes / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caulobacter vibrioides (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9AAR9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.73 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.2M Sodium acetate, 0.1M Sodium Citrate, PGE 4000, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X3A10.978
シンクロトロンNSLS X4A20.978
検出器
タイプID検出器日付詳細
MAR CCD 165 mm1CCD2006年11月15日
ADSC QUANTUM 42CCD2006年11月14日Mirrors
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-IDモノクロメーター
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1SI 111 CHANNEL
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 31207 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 7.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.394 / Mean I/σ(I) obs: 9.04 / Num. unique all: 3118 / Rsym value: 0.369 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
ADSCQUANTUMデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→32.85 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 128995.46 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.245 1320 4.8 %RANDOM
Rwork0.234 ---
obs0.234 27297 87.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 41.2603 Å2 / ksol: 0.389844 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 18.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.43 Å20 Å20 Å2
2---2.44 Å20 Å2
3----1.99 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.26 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.17 Å0.09 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→32.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数881 0 0 103 984
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.84
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 175 4.5 %
Rwork0.248 3682 -
obs--74.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る