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- PDB-2nzv: Structural mechanism for the fine-tuning of CcpA function by the ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2nzv
タイトルStructural mechanism for the fine-tuning of CcpA function by the small molecule effectors G6P and FBP
要素
  • Catabolite control protein
  • Phosphocarrier protein HPr
キーワードTRANSCRIPTION / CCpA / HPrser46-p / CCR / fructose-bis-phosphate / adjunct corepressor / LacI-GalR
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Catabolite control protein A / : / Phosphotransferase system, HPr histidine phosphorylation site / PTS HPR domain histidine phosphorylation site signature. / Phosphotransferase system, HPr serine phosphorylation site / PTS HPR domain serine phosphorylation site signature. / HPr-like / Histidine-containing Protein; Chain: A; / Phosphocarrier protein HPr-like / HPr-like superfamily ...Catabolite control protein A / : / Phosphotransferase system, HPr histidine phosphorylation site / PTS HPR domain histidine phosphorylation site signature. / Phosphotransferase system, HPr serine phosphorylation site / PTS HPR domain serine phosphorylation site signature. / HPr-like / Histidine-containing Protein; Chain: A; / Phosphocarrier protein HPr-like / HPr-like superfamily / PTS HPr component phosphorylation site / PTS HPR domain profile. / Transcriptional regulator LacI/GalR-like, sensor domain / LacI-type HTH domain signature. / Periplasmic binding protein-like domain / LacI-type HTH domain / Bacterial regulatory proteins, lacI family / LacI-type HTH domain profile. / helix_turn _helix lactose operon repressor / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / Phosphocarrier protein HPr / Catabolite control protein A
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus megaterium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Schumacher, M.A. / Hillen, W. / Brennan, R.G.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structural Mechanism for the Fine-tuning of CcpA Function by The Small Molecule Effectors Glucose 6-Phosphate and Fructose 1,6-Bisphosphate.
著者: Schumacher, M.A. / Seidel, G. / Hillen, W. / Brennan, R.G.
履歴
登録2006年11月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: Catabolite control protein
L: Phosphocarrier protein HPr
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,21210
ポリマ－40,1992
非ポリマー1,0138
水905
1
G: Catabolite control protein
L: Phosphocarrier protein HPr
ヘテロ分子

G: Catabolite control protein
L: Phosphocarrier protein HPr
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,42420
ポリマ－80,3994
非ポリマー2,02516
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)69.770, 69.770, 231.060
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
詳細CCpA is a dimer and binds corepressor protein HPR-ser46p as monomer.

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要素

#1: タンパク質 Catabolite control protein


分子量: 30992.119 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 53-332 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus megaterium (バクテリア)
遺伝子: ccpA / プラスミド: pet15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P46828
#2: タンパク質 Phosphocarrier protein HPr / Histidine-containing protein


分子量: 9207.212 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus megaterium (バクテリア)
遺伝子: ptsH / プラスミド: pet15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O69250
#3: 糖 ChemComp-FBP / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / BETA-FRUCTOSE-1,6-DIPHOSPHATE / FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATE / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructose / 1,6-di-O-phosphono-D-fructose / 1,6-di-O-phosphono-fructose / β-D-フルクトフラノ-ス1,6-ビスりん酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 340.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H14O12P2
識別子タイププログラム
b-D-Fruf1PO36PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.82 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: ammomium sulphate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1.03
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月23日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→59.8 Å / Num. all: 11482 / Num. obs: 12099 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 80 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rsym value: 0.085 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル解像度: 3→3.19 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.328 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 1000 / Rsym value: 0.333 / % possible all: 94

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
ADSCQUANTUMデータ収集
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2nzu

2nzu


解像度: 3→38.53 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 2311774.46 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.298 1563 13.7 %RANDOM
Rwork0.259 ---
all0.264 12099 --
obs0.259 11432 93.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 89.4824 Å2 / ksol: 0.348082 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 93.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-21.73 Å20 Å20 Å2
2--21.73 Å20 Å2
3----43.46 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.55 Å0.5 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.86 Å1.02 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→38.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2773 0 55 5 2833
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1
LS精密化 シェル解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.028 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.393 196 13.4 %
Rwork0.432 1262 -
obs-1000 74.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep-NEWSEP.paramprotein-NEWSEP.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4fbp_xplor_par.txtfbp_xplor_top.txt

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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