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- PDB-3t6o: The Structure of an Anti-sigma-factor antagonist (STAS) domain pr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3t6o
タイトルThe Structure of an Anti-sigma-factor antagonist (STAS) domain protein from Planctomyces limnophilus.
要素Sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS / anti sigma factor / regulatory phosphorylation
機能・相同性
機能・相同性情報


anti-sigma factor antagonist activity
類似検索 - 分子機能
STAS domain / STAS domain / Transcription Regulator spoIIAA / STAS domain / STAS domain profile. / STAS domain / STAS domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS
類似検索 - 構成要素
生物種Planctomyces limnophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Cuff, M.E. / Moser, C. / Hatzos-Skintges, C. / Bearden, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: The Structure of an Anti-sigma-factor antagonist (STAS) domain protein from Planctomyces limnophilus.
著者: Cuff, M.E. / Moser, C. / Hatzos-Skintges, C. / Bearden, J. / Joachimiak, A.
履歴
登録2011年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS
B: Sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS
C: Sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,3074
ポリマ－41,2723
非ポリマー351
水4,936274
1
A: Sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS
B: Sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS
C: Sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS
ヘテロ分子

A: Sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS
B: Sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS
C: Sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,6158
ポリマ－82,5446
非ポリマー712
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
Buried area8150 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area31680 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3010 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area16900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.038, 92.453, 142.753
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

-
要素

#1: タンパク質 Sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS


分子量: 13757.277 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Planctomyces limnophilus (バクテリア)
株: DSM 3776 / 遺伝子: Plim_2399 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) Magic / 参照: UniProt: D5SP81
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 274 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.87 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.8M LiCl2, 0.1 Tris:HCl pH8.5, 32% PEG 4K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97935, 0.97945
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月9日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979351
20.979451
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 27534 / Num. obs: 27534 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.1-2.146.90.452183.4
2.14-2.187.10.432186.1
2.18-2.227.40.387189
2.22-2.267.70.378191.6
2.26-2.317.90.343194.8
2.31-2.378.20.305197.9
2.37-2.428.70.28199.9
2.42-2.499.30.2961100
2.49-2.569.40.2691100
2.56-2.659.40.2181100
2.65-2.749.40.1831100
2.74-2.859.40.151100
2.85-2.989.40.1311100
2.98-3.149.40.1151100
3.14-3.339.30.0941100
3.33-3.599.30.0891100
3.59-3.959.20.091100
3.95-4.529.10.081100
4.52-5.78.90.0821100
5.7-508.40.085197.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
MLPHARE位相決定
直接法位相決定
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
ARP/wARPモデル構築
CCP4位相決定
Oモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.1→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 9.446 / SU ML: 0.114 / SU R Cruickshank DPI: 0.2159 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.216 / ESU R Free: 0.186
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22322 1216 5 %RANDOM
Rwork0.17406 ---
obs0.17645 23115 85.45 %-
all-24331 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.955 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.93 Å20 Å20 Å2
2---0.75 Å20 Å2
3---1.69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2786 0 1 274 3061
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0222963
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022017
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5361.9434038
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9534905
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.615375
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.77723.427143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.19315515
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0911525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2461
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023310
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02640
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8741.51799
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2031.5719
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.63622932
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.36731164
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9954.51095
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.103→2.158 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.246 55 -
Rwork0.188 937 -
obs--48.23 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.7726-0.0498-0.10073.5722-0.95672.03830.0778-0.0553-0.21210.012-0.07840.1017-0.1083-0.04340.00060.01440.0047-0.03170.0389-0.02590.126118.977946.930634.4292
22.29250.2136-0.92252.0621-0.03485.676-0.0644-0.0378-0.20770.0079-0.0325-0.05410.49310.44670.09690.08220.0738-0.00760.0731-0.00350.02794.033132.285815.667
32.960.7631-0.07865.6069-0.67621.4028-0.1068-0.19220.12720.1010.0613-0.0675-0.00580.03490.04550.0154-0.00170.00020.04580.0190.11511.079124.491146.023
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-10 - 9999
2X-RAY DIFFRACTION2B-10 - 9999
3X-RAY DIFFRACTION3C-10 - 9999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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