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- PDB-2nzt: Crystal structure of human hexokinase II -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2nzt
タイトルCrystal structure of human hexokinase II
要素Hexokinase-2
キーワードTRANSFERASE / glucose / glucose-6-phosphate / non-protein kinase / hexokinase / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of mitochondrial membrane permeability / hexokinase activity / maintenance of protein location in mitochondrion / regulation of D-glucose import / : / establishment of protein localization to mitochondrion / hexokinase / fructokinase activity / carbohydrate phosphorylation / glucokinase activity ...negative regulation of mitochondrial membrane permeability / hexokinase activity / maintenance of protein location in mitochondrion / regulation of D-glucose import / : / establishment of protein localization to mitochondrion / hexokinase / fructokinase activity / carbohydrate phosphorylation / glucokinase activity / glucose 6-phosphate metabolic process / D-glucose binding / fructose 6-phosphate metabolic process / canonical glycolysis / Glycolysis / intracellular glucose homeostasis / apoptotic mitochondrial changes / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / lactation / sarcoplasmic reticulum / cellular response to leukemia inhibitory factor / response to ischemia / glycolytic process / positive regulation of angiogenesis / glucose metabolic process / mitochondrial outer membrane / response to hypoxia / intracellular membrane-bounded organelle / centrosome / mitochondrion / ATP binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hexokinase; domain 1 / Hexokinase; domain 1 - #20 / Hexokinase / Hexokinase, binding site / Hexokinase, N-terminal / Hexokinase, C-terminal / Hexokinase / Hexokinase / Hexokinase domain signature. / Hexokinase domain profile. ...Hexokinase; domain 1 / Hexokinase; domain 1 - #20 / Hexokinase / Hexokinase, binding site / Hexokinase, N-terminal / Hexokinase, C-terminal / Hexokinase / Hexokinase / Hexokinase domain signature. / Hexokinase domain profile. / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
6-O-phosphono-beta-D-glucopyranose / alpha-D-glucopyranose / Hexokinase-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Rabeh, W.M. / Zhu, H. / Nedyalkova, L. / Tempel, W. / Wasney, G. / Landry, R. / Vedadi, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Sundstrom, M. ...Rabeh, W.M. / Zhu, H. / Nedyalkova, L. / Tempel, W. / Wasney, G. / Landry, R. / Vedadi, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Sundstrom, M. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Park, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Biosci.Rep. / 年: 2018
タイトル: The catalytic inactivation of the N-half of human hexokinase 2 and structural and biochemical characterization of its mitochondrial conformation.
著者: Nawaz, M.H. / Ferreira, J.C. / Nedyalkova, L. / Zhu, H. / Carrasco-Lopez, C. / Kirmizialtin, S. / Rabeh, W.M.
履歴
登録2006年11月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42020年1月15日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / citation_author / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.type / _citation.country ..._chem_comp.type / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.62023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id
Remark 300SEQUENCE BIOMOLECULE: 1, 2 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS ...SEQUENCE BIOMOLECULE: 1, 2 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S). THE BIOLOGICAL UNIT OF THE PROTEIN IS NOT KNOWN

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hexokinase-2
B: Hexokinase-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)202,99138
ポリマ－201,2302
非ポリマー1,76136
水1,74797
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6650 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area64950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.890, 129.338, 187.232
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21A
12A
22B
13A
23B
14B
24A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 2

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYPHEPHEBB197 - 199183 - 185
21GLYGLYPHEPHEAA197 - 199183 - 185
12ASPASPVALVALAA650 - 652636 - 638
22ASPASPVALVALBB650 - 652636 - 638
13ASPASPHISHISAA669 - 671655 - 657
23ASPASPHISHISBB669 - 671655 - 657
14ILEILEGLUGLUBB772 - 774758 - 760
24ILEILEGLUGLUAA772 - 774758 - 760

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
詳細not known

-
要素

#1: タンパク質 Hexokinase-2 / Hexokinase type II / HK II / Muscle form hexokinase


分子量: 100614.789 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HK2 / プラスミド: p28a-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) codon plus RIL / 参照: UniProt: P52789, hexokinase
#2: 糖
ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose / α-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 糖
ChemComp-BG6 / 6-O-phosphono-beta-D-glucopyranose / BETA-D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE / 6-O-phosphono-beta-D-glucose / 6-O-phosphono-D-glucose / 6-O-phosphono-glucose / β-D-グルコピラノ-ス6-りん酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 260.136 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13O9P
識別子タイププログラム
b-D-Glcp6PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#4: 化合物...
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 28 / 由来タイプ: 合成
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
1358
2358
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 16% PEG3350, 0.2M sodium malonate, 0.1M BTP, 10% ethylene glycol, 0.001M DDT, pH 8.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年8月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→30 Å / Num. obs: 85698 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Χ2: 1.511 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル
解像度 (Å)% possible obs (%)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2
2.45-2.541004.90.67184481.038
2.54-2.6499.950.55184791.118
2.64-2.7699.850.43384791.449
2.76-2.999.95.20.31184901.325
2.9-3.0999.95.30.22185361.542
3.09-3.3299.95.40.15385081.828
3.32-3.6699.95.60.10885681.787
3.66-4.1999.85.80.07886011.673
4.19-5.2799.86.40.05786601.459
5.27-3099.36.60.04389291.701

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMACrefmac_5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
Cootモデル構築
PRODRG精密化
MolProbityモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1cza

1cza


解像度: 2.45→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.897 / WRfactor Rfree: 0.286 / WRfactor Rwork: 0.227 / SU B: 13.527 / SU ML: 0.291 / ESU R: 0.402 / ESU R Free: 0.291 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.287 2083 2.49 %thin shells
Rwork0.2301 ---
all0.232 ---
obs-83669 98.172 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 42.349 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.448 Å20 Å20 Å2
2---2.777 Å20 Å2
3---1.329 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13309 0 140 97 13546
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.02213618
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.029241
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4271.97718350
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3493.00122419
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.44751725
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.15523.854589
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.766152426
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.71415101
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.22125
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0215063
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022720
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2150.23090
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2040.29747
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1820.26686
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0940.27619
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1650.2395
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1470.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3330.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1950.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7131.58870
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0721.53588
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.18213707
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other0.587211384
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.49335343
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.66537068
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3364.54643
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.124.511035
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1B17tight positional0.0290.05
2A18tight positional0.0420.05
3A17tight positional0.0390.05
4B18tight positional0.0580.05
1B22medium positional0.3320.5
2A14medium positional0.1870.5
3A25medium positional0.2710.5
4B18medium positional0.3930.5
1B17tight thermal0.0590.5
2A18tight thermal0.1280.5
3A17tight thermal0.0870.5
4B18tight thermal0.2540.5
1B22medium thermal0.3462
2A14medium thermal0.292
3A25medium thermal0.4482
4B18medium thermal0.3442
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection all% reflection obs (%)
2.45-2.51300.30761560.307618899.483
2.513-2.58100.31559880.315603799.188
2.581-2.65500.33157410.331582498.575
2.655-2.7360.3557990.31648290.321571298.529
2.736-2.82500.30854370.308553098.318
2.825-2.92200.31452370.314535997.723
2.922-3.03100.29550580.295518297.607
3.031-3.15300.28648940.286502497.412
3.153-3.2910.3215750.27340990.279479297.538
3.291-3.44800.25544620.255456597.744
3.448-3.63100.23742510.237440396.548
3.631-3.84600.21440280.214416096.827
3.846-4.1050.2583610.19234840.198393497.738
4.105-4.42400.17835750.178365897.731
4.424-4.83100.16433410.164339798.351
4.831-5.3760.2811750.18528850.19310898.456
5.376-6.1610.229410.22127140.221277799.208
6.161-7.43300.21723710.217238299.538
7.433-10.0760.21020.15918110.162192399.48
10.076-250.346300.2112250.213127298.664

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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