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- PDB-2nz1: Viral Chemokine Binding Protein M3 From Murine Gammaherpesvirus68... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2nz1
タイトルViral Chemokine Binding Protein M3 From Murine Gammaherpesvirus68 In Complex With The CC-Chemokine CCL2/MCP-1
要素
  • Hypothetical protein GAMMAHV.M3
  • Small inducible cytokine A2
キーワードVIRAL PROTEIN/CYTOKINE / Viral Decoy Receptor / Chemokine / Protein-Protein Complex / VIRAL PROTEIN-CYTOKINE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


helper T cell extravasation / chemokine (C-C motif) ligand 2 signaling pathway / CCR2 chemokine receptor binding / negative regulation of natural killer cell chemotaxis / chemokine binding / astrocyte cell migration / CCR chemokine receptor binding / positive regulation of apoptotic cell clearance / negative regulation of glial cell apoptotic process / ATF4 activates genes in response to endoplasmic reticulum stress ...helper T cell extravasation / chemokine (C-C motif) ligand 2 signaling pathway / CCR2 chemokine receptor binding / negative regulation of natural killer cell chemotaxis / chemokine binding / astrocyte cell migration / CCR chemokine receptor binding / positive regulation of apoptotic cell clearance / negative regulation of glial cell apoptotic process / ATF4 activates genes in response to endoplasmic reticulum stress / positive regulation of glutamate receptor signaling pathway / NFE2L2 regulating inflammation associated genes / chemokine-mediated signaling pathway / eosinophil chemotaxis / cellular homeostasis / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / chemokine activity / Chemokine receptors bind chemokines / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of macrophage chemotaxis / positive regulation of calcium ion import / chemoattractant activity / macrophage chemotaxis / Interleukin-10 signaling / monocyte chemotaxis / humoral immune response / cellular response to interleukin-1 / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / cellular response to fibroblast growth factor stimulus / cytoskeleton organization / sensory perception of pain / viral genome replication / animal organ morphogenesis / response to bacterium / positive regulation of T cell activation / cellular response to type II interferon / cytokine-mediated signaling pathway / chemotaxis / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / cellular response to tumor necrosis factor / regulation of cell shape / cellular response to lipopolysaccharide / angiogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / negative regulation of neuron apoptotic process / cell surface receptor signaling pathway / protein phosphorylation / protein kinase activity / cell adhesion / positive regulation of cell migration / G protein-coupled receptor signaling pathway / inflammatory response / signaling receptor binding / positive regulation of gene expression / signal transduction / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #1330 / Chemokine-binding protein M3-like / Chemokine-binding M3, viral / Chemokine-binding M3, subdomain 1, viral / Chemokine-binding M3, subdomain 2, viral / Chemokine-binding M3 superfamily / M3 / CC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-C subfamily signature. / Chemokine beta/gamma/delta ...Immunoglobulin-like - #1330 / Chemokine-binding protein M3-like / Chemokine-binding M3, viral / Chemokine-binding M3, subdomain 1, viral / Chemokine-binding M3, subdomain 2, viral / Chemokine-binding M3 superfamily / M3 / CC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-C subfamily signature. / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
M3 / C-C motif chemokine 2
類似検索 - 構成要素
生物種Murid herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Alexander-Brett, J.M. / Fremont, D.H.
引用ジャーナル: J.Exp.Med. / 年: 2007
タイトル: Dual GPCR and GAG mimicry by the M3 chemokine decoy receptor.
著者: Alexander-Brett, J.M. / Fremont, D.H.
履歴
登録2006年11月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein GAMMAHV.M3
B: Hypothetical protein GAMMAHV.M3
D: Small inducible cytokine A2
E: Small inducible cytokine A2
X: Hypothetical protein GAMMAHV.M3
Y: Small inducible cytokine A2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,5226
ポリマ－151,5226
非ポリマー00
水10,124562
1
A: Hypothetical protein GAMMAHV.M3
B: Hypothetical protein GAMMAHV.M3
D: Small inducible cytokine A2
E: Small inducible cytokine A2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,0144
ポリマ－101,0144
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7050 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area37450 Å2
手法PISA, PQS
2
X: Hypothetical protein GAMMAHV.M3
Y: Small inducible cytokine A2

X: Hypothetical protein GAMMAHV.M3
Y: Small inducible cytokine A2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,0144
ポリマ－101,0144
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)99.240, 99.240, 243.460
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical protein GAMMAHV.M3 / M3 protein


分子量: 41826.230 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Murid herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
属: Rhadinovirus / 遺伝子: GAMMAHV.M3, M3 / プラスミド: PFB-1 / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O41925
#2: タンパク質 Small inducible cytokine A2 / CCL2 / Monocyte chemotactic protein 1 / MCP-1 / Monocyte chemoattractant protein 1 / Monocyte ...CCL2 / Monocyte chemotactic protein 1 / MCP-1 / Monocyte chemoattractant protein 1 / Monocyte chemotactic and activating factor / MCAF / Monocyte secretory protein JE / HC11


分子量: 8681.007 Da / 分子数: 3 / Mutation: M87I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCL2, MCP1, SCYA2 / プラスミド: Paed-4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 PLys S / 参照: UniProt: P13500
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 562 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.11 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.1
詳細: 12% PEG 4000, 100 mM sodium acetate, 200 mM magnesium chloride, pH 4.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2001年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→20 Å / Num. all: 49106 / Num. obs: 45669 / % possible obs: 93.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 32.7 Å2 / Rsym value: 0.139 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 2.5→2.61 Å / 冗長度: 6 % / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 6652 / Rsym value: 0.412 / % possible all: 87.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB CODE 1ML0

1ml0


解像度: 2.5→19.75 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 445022.33 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3 2258 4.9 %RANDOM
Rwork0.231 ---
obs0.231 45669 93.4 %-
all-49106 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 44.4868 Å2 / ksol: 0.334325 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 37.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.08 Å22.85 Å20 Å2
2---5.08 Å20 Å2
3---10.16 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.47 Å0.34 Å
Luzzati d res low-20 Å
Luzzati sigma a0.41 Å0.26 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10110 0 0 562 10672
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.87
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.332
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.843
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it5.014
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it6.635
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.358 342 4.9 %
Rwork0.275 6652 -
obs-6652 87.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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