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- PDB-2nyx: Crystal structure of RV1404 from Mycobacterium tuberculosis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2nyx
タイトルCrystal structure of RV1404 from Mycobacterium tuberculosis
要素Probable transcriptional regulatory protein, Rv1404
キーワードTRANSCRIPTION / alpha/beta / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC / Integrated Center for Structure and Function Innovation / ISFI
機能・相同性
機能・相同性情報


response to stress / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Transcriptional regulator MarR-type, conserved site / MarR-type HTH domain signature. / : / MarR family / MarR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix multiple antibiotic resistance protein / MarR-type HTH domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily ...Transcriptional regulator MarR-type, conserved site / MarR-type HTH domain signature. / : / MarR family / MarR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix multiple antibiotic resistance protein / MarR-type HTH domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable transcriptional regulatory protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Yu, M. / Bursey, E.H. / Radhakannan, R. / Kim, C.-Y. / Kaviratne, T. / Woodruff, T. / Segelke, B.W. / Lekin, T. / Toppani, D. / Terwilliger, T.C. ...Yu, M. / Bursey, E.H. / Radhakannan, R. / Kim, C.-Y. / Kaviratne, T. / Woodruff, T. / Segelke, B.W. / Lekin, T. / Toppani, D. / Terwilliger, T.C. / Hung, L.-W. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC) / Integrated Center for Structure and Function Innovation (ISFI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of RV1404 from Mycobacterium tuberculosis
著者: Yu, M. / Bursey, E.H. / Radhakannan, R. / Kim, C.-Y. / Kaviratne, T. / Woodruff, T. / Segelke, B.W. / Lekin, T. / Toppani, D. / Terwilliger, T.C. / Hung, L.-W.
履歴
登録2006年11月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable transcriptional regulatory protein, Rv1404
B: Probable transcriptional regulatory protein, Rv1404
C: Probable transcriptional regulatory protein, Rv1404
D: Probable transcriptional regulatory protein, Rv1404


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,2154
ポリマ－75,2154
非ポリマー00
水2,558142
1
A: Probable transcriptional regulatory protein, Rv1404
B: Probable transcriptional regulatory protein, Rv1404


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6082
ポリマ－37,6082
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6220 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area14690 Å2
手法PISA
2
C: Probable transcriptional regulatory protein, Rv1404
D: Probable transcriptional regulatory protein, Rv1404


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6082
ポリマ－37,6082
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6350 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area14630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.262, 54.747, 227.505
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is likely to be a homodimer. The asymmetric unit contain two such dimers.

-
要素

#1: タンパク質
Probable transcriptional regulatory protein, Rv1404


分子量: 18803.791 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: Rv1404 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P71672
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.3 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 22.0% PEG 3350, 0.2 M Potassium Thiocyanate, 0.1M Tris-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
31
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月12日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si111 / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
Reflection

D res low: 50 Å

冗長度 (%)IDAv σ(I) over netI数Rmerge(I) obsΧ2D res high (Å)Num. obs% possible obs
9.2172367220.1461.342.32574387.8
7.624.3898310.211.042.91174677.6
9.136.42001050.1551.282.32201874.6
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.955010010.0771.44811.1
3.934.9510010.0951.57611.3
3.443.9310010.1391.64111.5
3.123.4410010.1891.39811.5
2.93.1210010.281.21311.4
2.732.910010.3531.1059.6
2.592.7395.410.391.036.9
2.482.5981.610.4180.9784.8
2.382.4860.810.4720.8893.7
2.32.3838.510.5460.8973
6.245010020.1050.88710.9
4.966.2499.220.2721.02210.5
4.334.9698.920.1971.2399.7
3.944.3398.520.2481.0749.3
3.653.9494.720.3441.0668.2
3.443.6589.520.4221.0285.8
3.273.4477.320.4010.9353.6
3.123.2756.720.4531.0242.5
33.1236.720.6210.8432
2.9319.420.5670.7751.7
4.955010030.0781.18711.2
3.934.9510030.1081.50911.6
3.443.9310030.171.48911.9
3.123.4410030.2581.30811.8
2.93.1299.830.3761.0910.2
2.732.993.530.4521.0036.2
2.592.7371.230.450.9423.7
2.482.5941.230.460.8922.7
2.382.4823.130.5640.82.2
2.32.3812.130.6120.8131.8
反射解像度: 2.3→19.8 Å / Num. all: 29320 / Num. obs: 25743 / % possible obs: 87.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.2 % / Biso Wilson estimate: 28.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.146 / Χ2: 1.343 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.3-2.3830.54611050.897138.5
2.38-2.483.70.47217570.889160.8
2.48-2.594.80.41823510.978181.6
2.59-2.736.90.3927461.03195.4
2.73-2.99.60.35328751.1051100
2.9-3.1211.40.2828981.2131100
3.12-3.4411.50.18929411.3981100
3.44-3.9311.50.13929411.6411100
3.93-4.9511.30.09529701.5761100
4.95-5011.10.07731591.4481100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCQUANTUMデータ収集
HKL-2000データ削減
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→19.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.905 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.855 / SU B: 18.773 / SU ML: 0.221 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.626 / ESU R Free: 0.293
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.273 1179 5.1 %RANDOM
Rwork0.229 ---
all0.231 22960 --
obs0.231 22960 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.882 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.47 Å20 Å20 Å2
2--0.49 Å20 Å2
3----1.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4460 0 0 142 4602
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0224512
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5771.9756136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2355582
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.89122.083192
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.56315778
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8751562
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1230.2772
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.023326
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2310.22288
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2990.23140
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.130.2153
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2180.262
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.140.25
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7361.53003
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.04724732
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.46631600
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.624.51404
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.353 28 -
Rwork0.254 340 -
obs-368 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.37181.8646-0.10753.5704-0.20691.4957-0.0104-0.0026-0.1095-0.04160.0277-0.2125-0.02220.1283-0.0173-0.14580.04430.0058-0.0197-0.0121-0.165479.462368.8299273.9606
20.971-0.11090.34483.0467-2.04074.9529-0.04620.0455-0.0225-0.09450.0083-0.04610.06020.16210.0379-0.202-0.0113-0.0028-0.1237-0.0308-0.132569.81762.4187262.8056
32.3131.9420.26123.4861-0.10791.38190.07790.00220.1821-0.0607-0.01970.0446-0.0809-0.0563-0.0583-0.10480.04740.0225-0.1979-0.0129-0.218451.313643.8561237.9724
42.44790.16031.77582.00730.17715.80930.0061-0.13-0.00360.0706-0.03710.0061-0.19930.02360.031-0.179-0.0170.0359-0.23620.0124-0.165845.462333.8745249.3615
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA7 - 1527 - 152
22BB10 - 15610 - 156
33CC7 - 1527 - 152
44DD10 - 15610 - 156

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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