PDB-2nyr: Crystal Structure of Human Sirtuin Homolog 5 in Complex with Suramin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2nyr

タイトル

Crystal Structure of Human Sirtuin Homolog 5 in Complex with Suramin

要素

NAD-dependent deacetylase sirtuin-5

キーワード

HYDROLASE / HISTONE DEACETYLASE / STRUCTURAL GENOMICS / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

protein demalonylation / protein deglutarylation / regulation of ketone biosynthetic process / peptidyl-lysine demalonylation / protein desuccinylation / peptidyl-lysine desuccinylation / protein-glutaryllysine deglutarylase activity / protein-malonyllysine demalonylase activity / protein-succinyllysine desuccinylase activity / NAD-dependent protein lysine deacetylase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.06 Å

データ登録者

Min, J.R. / Antoshenko, T. / Allali-Hassani, A. / Dong, A. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Plotnikov, A.N. / Structural Genomics Consortium (SGC)

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2007
タイトル: Structural basis of inhibition of the human NAD+-dependent deacetylase SIRT5 by suramin.
著者: Schuetz, A. / Min, J. / Antoshenko, T. / Wang, C.L. / Allali-Hassani, A. / Dong, A. / Loppnau, P. / Vedadi, M. / Bochkarev, A. / Sternglanz, R. / Plotnikov, A.N.

履歴

登録	2006年11月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2006年12月19日	ID: 2FZQ
改定 1.0	2006年12月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2007年10月17日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2nyr.cif.gz	124 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2nyr.ent.gz	96.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2nyr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2nyr_validation.pdf.gz	754.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2nyr_full_validation.pdf.gz	761.1 KB	表示
XML形式データ	2nyr_validation.xml.gz	23.5 KB	表示
CIF形式データ	2nyr_validation.cif.gz	33.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ny/2nyr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ny/2nyr	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2b4yS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3h16-d 4x3l-d 6h92-d 6hdf-d 5b3j-2 3o8b-1 6hdh-d 3wv6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (6) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: NAD-dependent deacetylase sirtuin-5

B: NAD-dependent deacetylase sirtuin-5

ヘテロ分子

60.3 kDa, 2 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: NAD-dependent deacetylase sirtuin-5

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
29.5 kDa, 1 ポリマー
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3

B: NAD-dependent deacetylase sirtuin-5

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
30.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	41.200, 116.205, 55.993
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.46, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	NAD-dependent deacetylase sirtuin-5 / SIR2-like protein 5 分子量: 29426.521 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 34-302 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SIRT5, SIR2L5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9NXA8, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-SVR / 8,8'-[CARBONYLBIS[IMINO-3,1-PHENYLENECARBONYLIMINO(4-METHYL-3,1-PHENYLENE)CARBONYLIMINO]]BIS-1,3,5-NAPHTHALENETRISULFON IC ACID / SURAMIN / スラミン分子量: 1297.280 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅₁H₄₀N₆O₂₃S₆ / コメント: 薬剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 253 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.96 %
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 25% PEG 3350, 200mM NaCl, 0.1M Tris-HCl, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54178 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年8月24日

放射

モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.54178	1
2	1	1

反射

解像度: 2.06→58.12 Å / Num. all: 28096 / Num. obs: 28096 / % possible obs: 86.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

反射シェル

解像度: 2.06→2.1 Å / % possible all: 86.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
CrystalClear		データ収集
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2B4Y

2b4y

解像度: 2.06→58.12 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.891 / SU B: 10.642 / SU ML: 0.162 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.293 / ESU R Free: 0.238 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.269	1402	5 %	RANDOM
R_work	0.199	-	-	-
all	0.202	26667	-	-
obs	0.202	26667	86.2 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.64 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.2 Å²	0 Å²	-0.17 Å²
2-	-	0.2 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.06→58.12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3947	0	88	253	4288

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	4140
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.73	1.975	5631
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.297	5	513
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.413	22.686	175
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.905	15	636
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.211	15	34
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.245	0.2	597
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3206
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.188	0.2	1958
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.302	0.2	2758
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.127	0.2	290
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.159	0.2	62
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.144	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.331	1.5	2643
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.562	2	4114
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.818	3	1767
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.255	4.5	1517

LS精密化シェル

解像度: 2.06→2.11 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.357	100	-
R_work	0.244	1900	-
obs	-	-	84.5 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	13.5323	-7.1297	-5.9612	5.7344	6.4927	13.1121	-0.3518	-1.1184	-0.5792	0.4207	0.1586	0.179	0.6379	0.2707	0.1933	-0.0289	0.0421	-0.05	0.074	0.0459	-0.0449	22.3207	-0.7428	32.1323
2	0.2487	0.172	-0.5801	1.5069	0.3567	1.7668	0.1882	-0.1531	-0.0748	0.0763	-0.0596	-0.1351	0.0202	0.0612	-0.1286	0.0432	-0.0048	0.0116	0.0369	0.0175	0.0599	20.2067	-0.4012	19.0138
3	2.3743	2.5862	-1.3329	3.3863	-0.9765	1.1452	-0.1535	0.1106	0.3083	0.0399	-0.0018	-0.0762	0.0653	-0.124	0.1554	0.0046	0.008	-0.0168	0.0828	0.041	0.1023	0.3276	2.2648	13.4464
4	9.3775	2.2475	-0.1334	2.5976	-0.2208	0.6997	-0.1191	0.0925	-0.3277	0.1819	-0.0693	0.2996	0.4902	-0.1967	0.1884	0.0181	-0.0009	0.0685	0.0409	0.0073	0.0182	-7.7067	-3.4764	3.5892
5	2.2255	-0.6828	1.1435	4.497	2.1827	3.7963	0.0831	-0.0734	-0.2856	-0.0562	-0.2134	0.3306	0.2021	-0.435	0.1303	-0.0006	-0.0289	0.0431	0.0359	0.012	0.0659	-2.5534	-1.2444	-3.8642
6	15.3407	5.766	-16.7997	13.799	3.9905	34.1742	0.0913	-1.0321	0.0586	0.8977	0.2075	0.2712	0.3482	0.7367	-0.2988	-0.0025	0.0017	0.0248	0.0139	-0.0338	0.0743	2.3206	9.4475	2.8655
7	6.3891	-0.8459	2.1171	2.7386	0.065	2.0598	-0.0901	0.0705	0.2972	0.0119	-0.1075	0.0224	-0.1152	-0.1027	0.1976	0.0884	-0.0035	0.0296	-0.002	-0.0127	0.0461	14.8356	10.6971	15.3307
8	5.7725	1.3318	2.4049	1.2577	0.1502	1.8898	-0.0033	-0.2219	0.1598	0.0246	-0.0287	-0.0802	-0.1115	0.0492	0.032	0.0195	-0.0026	0.0212	0.0253	-0.025	0.0797	23.0324	3.2137	14.4775
9	19.0607	4.8384	-0.6901	1.3075	0.4679	5.2385	0.0068	0.6648	0.7244	-0.7147	-0.0047	0.0194	-0.0555	-0.4172	-0.0021	0.1111	0.0773	0.0578	0.0521	0.0295	0.0686	14.4987	8.1143	8.2577
10	1.4618	0.3271	0.8671	0.3899	-0.7196	3.1502	0.0655	0.1517	0.0617	-0.0309	-0.1322	0.0495	-0.0099	0.0994	0.0667	0.0266	0.0416	0.0165	0.0085	0.0112	0.0367	15.0704	2.4598	4.8867
11	4.8425	-2.3423	-2.9509	7.6849	4.6528	5.0449	-0.0377	0.1351	-0.0349	-0.0965	-0.0427	-0.2349	-0.0774	0.3295	0.0804	0.0236	0.0174	-0.0137	0.0146	0.018	-0.0087	10.9392	3.2731	-7.9372
12	0.6009	-2.0648	-1.0996	11.7259	2.8715	2.1899	0.103	-0.1965	0.4339	-0.2639	-0.0089	-0.199	-0.2422	0.0771	-0.0941	0.0029	0.0195	-0.0056	0.0154	0.0189	0.0619	-1.1936	11.0143	-8.2974
13	17.1324	2.7094	-7.7988	3.212	3.0372	25.4517	0.0286	-0.4325	0.0599	-0.1586	0.0033	0.071	0.5439	-0.5889	-0.0319	-0.0432	0.0348	0.0147	-0.0422	0.0513	0.0276	-12.0262	5.9658	-1.3856
14	15.4762	-4.244	-5.3332	1.2662	1.9584	4.2401	0.1776	0.7085	-0.0382	-0.2927	-0.0937	0.0174	0.0004	-0.041	-0.0839	0.0596	-0.0056	-0.0129	0.0513	0.0234	-0.0291	3.0969	3.6027	-15.8931
15	1.5932	-2.1136	1.0621	2.8147	-1.3206	1.445	-0.1619	0.1071	-0.3705	-0.0435	0.0355	-0.0389	0.2589	-0.1183	0.1264	0.0157	-0.0243	-0.0104	0.0437	0.0241	0.0554	6.4374	-2.7717	-5.0198
16	14.2959	-0.1444	5.4738	0.0463	0.3375	5.5404	-0.2877	0.0694	-1.0114	0.1145	0.2324	0.1895	0.5865	0.1124	0.0553	0.1339	0.0155	0.0643	-0.0737	-0.0544	0.1155	10.3756	-11.3126	1.4685
17	1.4092	-1.7166	0.6355	2.331	-0.2957	1.2409	-0.0491	0.0452	-0.116	-0.0894	-0.0648	-0.0807	0.1535	0.2178	0.1139	0.0343	-0.0142	0.0254	-0.0062	0.0033	0.0636	21.7894	-7.3499	14.0477
18	11.5177	-2.5312	6.4033	6.7163	0.0202	5.3932	-0.0796	0.0861	0.0134	0.6523	0.0394	-0.0578	-0.0323	0.0472	0.0403	0.0742	-0.0471	0.0196	-0.0211	0.0024	-0.0279	12.2143	-11.2091	16.5676
19	4.4215	-3.8025	0.3428	8.5493	0.2852	2.4927	0.0656	-0.0461	-0.5991	0.2162	-0.1458	0.4308	0.3456	-0.2541	0.0801	0.0603	-0.036	0.0291	0.0604	-0.0011	0.0148	17.3604	-7.9982	24.3772
20	0.6883	0.1242	-0.4229	4.3848	1.0822	4.2933	0.0596	-0.3883	-0.0221	0.3061	0.009	0.1791	0.1923	0.1019	-0.0686	0.0322	0.0168	0.0247	0.0626	0.0014	-0.0028	15.2356	2.6178	28.0288
21	8.6908	12.0205	9.9363	16.6331	14.0713	26.1379	0.9348	0.2531	-2.8601	2.1335	2.2085	-2.2615	-0.301	0.4655	-3.1432	0.3958	0.3778	0.189	-0.0205	0.0115	0.56	-3.039	-28.9745	35.2694
22	7.9207	-5.6899	-1.6157	6.9916	-0.0355	1.425	0.2027	-0.0218	-0.2287	0.5629	-0.0439	0.2202	-0.1773	-0.0255	-0.1588	0.0979	0.0075	0.0182	-0.0185	-0.002	-0.0063	8.4342	-32.7143	20.5594
23	5.6239	-1.6443	0.9291	9.875	0.3993	5.9015	0.0227	-0.5303	0.3072	0.8856	0.0975	-0.3618	-0.1878	0.4366	-0.1202	0.0005	-0.0567	-0.0389	0.0476	-0.0817	0.0345	26.8061	-28.7651	11.7417
24	4.772	-1.0321	1.4138	1.9748	5.1045	17.1303	0.6153	-0.1031	0.2708	-0.5172	0.0896	-0.8527	-0.5739	0.1369	-0.705	0.0488	-0.0581	0.1136	-0.0714	-0.0079	0.1434	23.5086	-24.2556	-0.7169
25	1.2347	0.5767	-2.7008	6.3224	-0.0475	6.1509	0.1007	-0.0196	-0.45	0.1292	-0.0953	-0.3251	-0.2328	0.3485	-0.0054	-0.0196	-0.0126	-0.0092	0.021	-0.0341	0.1036	22.6325	-34.0256	3.0257
26	0.624	1.2558	-1.0549	4.7252	-2.2439	1.7899	-0.1745	0.0394	-0.0221	0.0435	0.1824	0.0922	0.5317	0.1525	-0.0079	0.0686	0.0148	-0.0193	-0.0022	0.0076	0.0201	10.9557	-42.0483	16.3428
27	17.7638	2.1839	-1.5684	0.601	0.6792	2.4252	-0.391	-0.8917	-1.4742	0.5992	0.4755	1.0307	0.4589	-0.4268	-0.0845	0.098	0.044	0.2671	-0.0287	0.2278	0.6308	-8.3784	-38.3281	23.7933
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29	7.3476	-7.028	1.863	22.1515	-3.4965	3.024	0.0507	0.7861	-0.4296	-0.5453	-0.1535	1.0143	0.1138	-0.0083	0.1028	0.0026	-0.0315	-0.0217	-0.0066	-0.0368	0.148	0.7256	-37.3186	13.281
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31	7.3224	1.4047	3.3385	0.9806	1.3474	2.225	-0.1182	-0.0819	-0.2838	0.102	0.2129	-0.2504	-0.0536	-0.07	-0.0947	0.032	0.0345	0.0173	-0.0303	-0.042	0.0918	23.4063	-41.6476	-1.0801
32	8.5973	-2.4677	10.9581	0.7236	-2.6038	33.1647	-0.3733	-0.121	1.185	-0.2052	-0.2243	-0.9752	0.1848	1.6517	0.5976	-0.0749	-0.0138	-0.026	0.1083	-0.0918	0.2472	33.0213	-35.86	1.1426
33	7.928	-4.6222	5.1855	2.7099	-3.0772	3.5842	0.365	0.3262	-0.1554	-0.7362	0.0299	-0.1354	0.1725	-0.0055	-0.3949	0.1853	-0.0241	0.039	0.0353	-0.0639	-0.0143	16.5257	-34.523	-11.9356
34	0.8058	0.1219	-1.3219	5.3748	4.762	6.7655	0.1776	-0.0111	0.0566	-0.3633	-0.2131	0.002	-0.2876	0.0932	0.0356	0.0967	0.0113	0.0085	-0.0054	-0.0065	0.0535	14.1189	-25.5981	1.3446
35	32.5672	-3.1389	-8.586	11.0559	-3.1369	8.213	-0.0572	2.5741	0.857	0.0586	0.1914	0.9121	-0.4079	-0.4598	-0.1341	-0.092	-0.0164	-0.0789	0.0548	0.0471	0.1266	-0.7079	-20.9783	9.3016
36	0.4968	-1.7682	-0.1618	6.385	0.1417	2.0984	-0.1513	-0.2078	0.0878	0.7086	0.2306	0.3812	-0.0181	-0.1099	-0.0793	0.1029	0.0134	0.0517	-0.0138	0.0292	0.0128	3.8714	-23.2409	21.1536
37	5.9219	1.2808	-7.028	1.9275	-2.6078	9.0576	-0.337	0.4309	0.6224	0.6063	0.3096	0.6168	-0.3568	-0.4736	0.0274	0.0863	0.0297	0.0767	-0.0081	-0.0088	0.0496	1.832	-17.3732	22.6022
38	2.0563	3.7571	-0.0368	6.9466	-0.757	5.7871	-0.232	-1.5746	-0.5597	1.3899	0.6112	0.2067	-0.4886	0.4705	-0.3792	0.4298	0.2342	0.1202	0.0266	-0.0051	-0.1759	5.2318	-25.4577	29.7751
39	4.6092	-9.7857	-3.4599	24.3083	11.2931	7.0084	-0.2845	0.475	0.5269	0.9801	0.908	-1.4449	-1.0452	-0.4201	-0.6235	0.7334	0.1885	0.0953	-0.1269	0.1039	-0.2687	8.3837	-29.1112	33.0901
40	52.9671	-5.6209	-7.7511	7.9254	-0.0143	1.7794	0.8238	-1.4581	-0.4656	1.6466	-0.1493	0.8284	0.4308	-0.4571	-0.6745	0.31	0.0883	0.1152	-0.0668	0.0795	-0.1092	3.5914	-37.7397	31.6819

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	36 - 47	5 - 16
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	48 - 63	17 - 32
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	64 - 74	33 - 43
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	75 - 86	44 - 55
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	87 - 105	56 - 74
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	106 - 109	75 - 78
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	110 - 125	79 - 94
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	126 - 143	95 - 112
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	144 - 148	113 - 117
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	A	149 - 164	118 - 133
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	A	165 - 178	134 - 147
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	A	179 - 186	148 - 155
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	A	187 - 197	156 - 166
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	A	198 - 213	167 - 182
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	A	214 - 222	183 - 191
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	A	223 - 229	192 - 198
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	A	230 - 251	199 - 220
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	A	252 - 262	221 - 231
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	A	263 - 277	232 - 246
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	A	286 - 302	255 - 271
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	B	36 - 51	5 - 20
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	B	52 - 68	21 - 37
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	B	69 - 84	38 - 53
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	B	85 - 95	54 - 64
25	X-RAY DIFFRACTION	25	B	B	96 - 105	65 - 74
26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	B	106 - 122	75 - 91
27	X-RAY DIFFRACTION	27	B	B	123 - 133	92 - 102
28	X-RAY DIFFRACTION	28	B	B	134 - 146	103 - 115
29	X-RAY DIFFRACTION	29	B	B	147 - 155	116 - 124
30	X-RAY DIFFRACTION	30	B	B	156 - 177	125 - 146
31	X-RAY DIFFRACTION	31	B	B	178 - 190	147 - 159
32	X-RAY DIFFRACTION	32	B	B	191 - 199	160 - 168
33	X-RAY DIFFRACTION	33	B	B	200 - 213	169 - 182
34	X-RAY DIFFRACTION	34	B	B	214 - 226	183 - 195
35	X-RAY DIFFRACTION	35	B	B	227 - 237	196 - 206
36	X-RAY DIFFRACTION	36	B	B	238 - 257	207 - 226
37	X-RAY DIFFRACTION	37	B	B	258 - 267	227 - 236
38	X-RAY DIFFRACTION	38	B	B	268 - 276	237 - 245
39	X-RAY DIFFRACTION	39	B	B	286 - 294	255 - 263
40	X-RAY DIFFRACTION	40	B	B	295 - 302	264 - 271

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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