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- PDB-2nyb: Crystal structure of E.Coli Iron Superoxide Dismutase Q69E at 1.1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2nyb
タイトルCrystal structure of E.Coli Iron Superoxide Dismutase Q69E at 1.1 Angstrom resolution
要素Superoxide dismutase [FE]
キーワードOXIDOREDUCTASE / Iron Superoxide Dismutase Q69E / FeSOD
機能・相同性
機能・相同性情報


response to superoxide / superoxide metabolic process / superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / removal of superoxide radicals / oxidoreductase activity / iron ion binding / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Manganese/iron superoxide dismutase, binding site / Manganese and iron superoxide dismutases signature. / Manganese/iron superoxide dismutase / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal / Iron/manganese superoxide dismutases, alpha-hairpin domain / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal domain superfamily / Iron/manganese superoxide dismutases, C-terminal domain / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / OXYGEN ATOM / Superoxide dismutase [Fe]
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Porta, J.C. / Vahedi-Faridi, A. / Borgstahl, G.E.O.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2007
タイトル: How Can a Single Second Sphere Amino Acid Substitution Cause Reduction Midpoint Potential Changes of Hundreds of Millivolts?
著者: Yikilmaz, E. / Porta, J. / Grove, L.E. / Vahedi-Faridi, A. / Bronshteyn, Y. / Brunold, T.C. / Borgstahl, G.E. / Miller, A.F.
履歴
登録2006年11月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.42021年10月20日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Superoxide dismutase [FE]
B: Superoxide dismutase [FE]
C: Superoxide dismutase [FE]
D: Superoxide dismutase [FE]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,90912
ポリマ－84,6224
非ポリマー2878
水20,6091144
1
A: Superoxide dismutase [FE]
B: Superoxide dismutase [FE]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4556
ポリマ－42,3112
非ポリマー1444
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1840 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area16440 Å2
手法PISA
2
C: Superoxide dismutase [FE]
D: Superoxide dismutase [FE]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4556
ポリマ－42,3112
非ポリマー1444
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1840 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area16520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.508, 107.596, 84.120
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.890, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological assembly is a homotetramer generated by the two-fold axis: -x, y+1/2, -z.

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要素

#1: タンパク質
Superoxide dismutase [FE] / Iron Superoxide dismutase


分子量: 21155.471 Da / 分子数: 4 / 変異: Q69E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: sodB, b1656, JW1648 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AGD3, superoxide dismutase
#2: 化合物
ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物
ChemComp-O / OXYGEN ATOM / 水


分子量: 15.999 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: O
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.7
詳細: 100 mM Ammonium acetate pH 5.7, 10 mM Sodium citrate, 22.5% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.88557 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年2月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.88557 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→30.29 Å / Num. all: 283939 / Num. obs: 283939 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.05 % / Biso Wilson estimate: 13.753 Å2 / Limit h max: 33 / Limit h min: -39 / Limit k max: 97 / Limit k min: 0 / Limit l max: 76 / Limit l min: 0 / Rsym value: 0.027 / Net I/σ(I): 28

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
MAR345345DTBデータ収集
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.1→30.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / SU B: 0.902 / SU ML: 0.02 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.035 / ESU R Free: 0.033 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.174 14104 5 %RANDOM
Rwork0.16 ---
all0.16 269833 --
obs0.16 269833 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.753 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å20 Å2-0.13 Å2
2--0.04 Å20 Å2
3----0.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.1→30.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6661 0 8 1144 7813
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0236937
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0671.9229540
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1765911
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.90124.859319
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.187151034
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.2581514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2998
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025606
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1950.23624
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.24977
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0760.2852
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1550.265
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0850.270
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5481.54376
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.86826942
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.28733002
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.7074.52598
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.85437378
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free2.11431148
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded1.90736661
LS精密化 シェル解像度: 1.1→1.129 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.234 961 -
Rwork0.213 17777 -
obs-18738 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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