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- PDB-2nxp: Structure of NTD2 domain of the human TAF5 subunit of TFIID -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2nxp
タイトルStructure of NTD2 domain of the human TAF5 subunit of TFIID
要素Transcription initiation factor TFIID subunit 5
キーワードTRANSCRIPTION / Transcription factor / TFIID subunit / TAF5
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription factor TFTC complex / transcription factor TFIID complex / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance ...transcription factor TFTC complex / transcription factor TFIID complex / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / regulation of DNA repair / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / DNA-templated transcription initiation / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / mRNA transcription by RNA polymerase II / actin cytoskeleton / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
TFIID subunit TAF5, NTD2 domain / TFIID subunit TAF5, NTD2 domain superfamily / WD40 associated region in TFIID subunit, NTD2 domain / TFIID subunit TAF5, NTD2 domain / LIS1 homology (LisH) motif profile. / LIS1 homology motif / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site ...TFIID subunit TAF5, NTD2 domain / TFIID subunit TAF5, NTD2 domain superfamily / WD40 associated region in TFIID subunit, NTD2 domain / TFIID subunit TAF5, NTD2 domain / LIS1 homology (LisH) motif profile. / LIS1 homology motif / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription initiation factor TFIID subunit 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.17 Å
データ登録者Bhattacharya, S. / Takada, S. / Jacobson, R.H.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007
タイトル: Structural analysis and dimerization potential of the human TAF5 subunit of TFIID.
著者: Bhattacharya, S. / Takada, S. / Jacobson, R.H.
履歴
登録2006年11月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年1月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription initiation factor TFIID subunit 5
B: Transcription initiation factor TFIID subunit 5
C: Transcription initiation factor TFIID subunit 5
D: Transcription initiation factor TFIID subunit 5
E: Transcription initiation factor TFIID subunit 5
F: Transcription initiation factor TFIID subunit 5
G: Transcription initiation factor TFIID subunit 5
H: Transcription initiation factor TFIID subunit 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,06016
ポリマ－150,7398
非ポリマー3218
水9,386521
1
A: Transcription initiation factor TFIID subunit 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8832
ポリマ－18,8421
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Transcription initiation factor TFIID subunit 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8832
ポリマ－18,8421
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Transcription initiation factor TFIID subunit 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8832
ポリマ－18,8421
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Transcription initiation factor TFIID subunit 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8832
ポリマ－18,8421
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Transcription initiation factor TFIID subunit 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8832
ポリマ－18,8421
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Transcription initiation factor TFIID subunit 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8832
ポリマ－18,8421
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Transcription initiation factor TFIID subunit 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8832
ポリマ－18,8421
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Transcription initiation factor TFIID subunit 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8832
ポリマ－18,8421
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)93.620, 61.829, 133.357
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.16, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Transcription initiation factor TFIID subunit 5 / Transcription initiation factor TFIID 100 kDa subunit / TAFII / 100 / TAFII-100 / TAFII100


分子量: 18842.436 Da / 分子数: 8 / 断片: N-terminal conserved domain 2 (NTD2) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAF5 / プラスミド: pDEST15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15542
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 521 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.22 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.1
詳細: 0.1M Tris-HCl, 0.6M calcium chloride, 20% PEG 4000, pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 0.9797, 1.0199
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月25日 / 詳細: KOHZU: Double Crystal Si(111)
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97971
21.01991
反射解像度: 2.2→64.4 Å / Num. all: 78392 / Num. obs: 76736 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 38.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル最高解像度: 2.2 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
ADSCQUANTUMデータ収集
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
MLPHARE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.17→64.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 6.224 / SU ML: 0.161 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.238 / ESU R Free: 0.222 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26252 3837 5 %RANDOM
Rwork0.21257 ---
obs0.21507 72912 97.89 %-
all-76736 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.522 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.297 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.17→64.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9986 0 8 521 10515
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.02210237
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.028691
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.7221.93413792
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6320326
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.37951167
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.44124.57604
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.129151844
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.5971548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0470.21413
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.0211387
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022221
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2120.32490
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1760.38712
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1930.55047
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.090.55202
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2120.5838
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1270.532
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2340.321
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2210.387
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2210.540
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.1180.51
LS精密化 シェル解像度: 2.17→2.226 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.301 264 -
Rwork0.261 5309 -
obs--96.5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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