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- PDB-2nx2: Crystal structure of protein ypsA from Bacillus subtilis, Pfam DUF1273 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2nx2
タイトルCrystal structure of protein ypsA from Bacillus subtilis, Pfam DUF1273
要素Hypothetical protein ypsA
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PSI / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性YspA SLOG family / YspA SLOG family / Rossmann fold - #450 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / UPF0398 protein YpsA
機能・相同性情報
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Ramagopal, U.A. / Alvarado, J. / Dickey, M. / Reyes, C. / Toro, R. / Bain, K. / Gheyi, T. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of hypothetical protein ypsA from Bacillus subtilis.
著者: Ramagopal, U.A. / Alvarado, J. / Dickey, M. / Reyes, C. / Toro, R. / Bain, K. / Gheyi, T. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics
履歴
登録2006年11月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42018年11月14日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.52021年2月3日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / struct_ref_seq_dif
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.62023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 300Author states that biological unit for the protein is not yet known

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein ypsA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1511
ポリマ－21,1511
非ポリマー00
水2,576143
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)51.052, 51.052, 138.220
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical protein ypsA


分子量: 21150.885 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: ypsA / プラスミド: BC-pSGX4(BC) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P50838
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.2 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 18 % PEG-4K, Na-Acetate pH 4.6, Ammonium Acetate 0.1M, 0.1M, Ethylene Glycol 10%, Vapor diffusion, Sitting drop, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
31001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X3A10.9793
シンクロトロンNSLS X29A21.7403
シンクロトロンAPS 31-ID30.979
検出器
タイプID検出器
MAR CCD 165 mm1CCD
ADSC QUANTUM 3152CCD
MAR CCD 165 mm3CCD
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1GRAPHITESINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
3SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97931
21.74031
30.9791
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 13121 / Num. obs: 13121 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.6 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Χ2: 0.732 / Net I/σ(I): 26.5
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.441 / Mean I/σ(I) obs: 2.95 / Num. unique all: 1260 / Rsym value: 0.91 / Χ2: 0.396 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2→47.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 3.921 / SU ML: 0.112 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.195 / ESU R Free: 0.166 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.224 637 4.9 %RANDOM
Rwork0.18 ---
obs0.182 13060 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.497 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.54 Å20 Å20 Å2
2--0.54 Å20 Å2
3----1.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→47.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1505 0 0 143 1648
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0221545
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3081.9822094
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1125185
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.925.06379
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.715283
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.558157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2218
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021191
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1990.2720
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.21055
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1230.2114
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1810.252
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1780.221
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8571.5944
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.44921470
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0363708
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2064.5623
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 44 -
Rwork0.225 891 -
obs-935 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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