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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2nwi | ||||||
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タイトル | Crystal structure of protein AF1396 from Archaeoglobus fulgidus, Pfam DUF98 | ||||||
![]() | Hypothetical protein | ||||||
![]() | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC | ||||||
機能・相同性 | Chorismate pyruvate-lyase Rv2949c-like / Chorismate pyruvate-lyase Rv2949c-like / Chorismate lyase / Chorismate lyase-like / Chorismate pyruvate-lyase/UbiC transcription regulator-associated domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Uncharacterized protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bonanno, J.B. / Dickey, M. / Bain, K.T. / Adams, J. / Sridhar, V. / Wasserman, S. / Smith, D. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of hypothetical protein O28875 from Archaeoglobus fulgidus 著者: Bonanno, J.B. / Dickey, M. / Bain, K.T. / Adams, J. / Sridhar, V. / Wasserman, S. / Smith, D. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 209.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 169.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 476.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 488.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 40.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 57.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | probable dimer |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20195.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.86 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: 100mM Bis-Tris, 30% PEG MME 550, 50mM calcium chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 77 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月11日 |
放射 | モノクロメーター: diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97958 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→19.881 Å / Num. all: 57882 / Num. obs: 57535 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.6 % / Biso Wilson estimate: 27.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.165 / Rsym value: 0.165 / Net I/σ(I): 13.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.737 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. measured all: 55734 / Num. unique all: 8204 / Rsym value: 0.737 / % possible all: 98.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.351 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.256 Å / Total num. of bins used: 20
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