PDB-2nw0: Crystal structure of a lysin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2nw0

タイトル

Crystal structure of a lysin

要素

PlyB

キーワード

HYDROLASE / Beta Barrel

機能・相同性

Glycosidases / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta / ACETATE ION

機能・相同性情報

生物種

unidentified phage (ファージ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Porter, C.J. / Buckle, A.M. / Whisstock, J.C.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: The 1.6 A Crystal Structure of the Catalytic Domain of PlyB, a Bacteriophage Lysin Active Against Bacillus anthracis.
著者: Porter, C.J. / Schuch, R. / Pelzek, A.J. / Buckle, A.M. / McGowan, S. / Wilce, M.C. / Rossjohn, J. / Russell, R. / Nelson, D. / Fischetti, V.A. / Whisstock, J.C.

履歴

登録	2006年11月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年12月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年10月25日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2nw0.cif.gz	99.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2nw0.ent.gz	75.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2nw0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2nw0_validation.pdf.gz	444.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2nw0_full_validation.pdf.gz	446.7 KB	表示
XML形式データ	2nw0_validation.xml.gz	21.4 KB	表示
CIF形式データ	2nw0_validation.cif.gz	32.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nw/2nw0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nw/2nw0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1jfxS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4knl-4 2x9i-2 5w3i-d 2vck-2 4wql-d 1wup-4 4jyo-d 5h3b-1 2x9i-1 2vck-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PlyB

B: PlyB

ヘテロ分子

43.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PlyB

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
21.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: PlyB

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
21.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.055, 65.773, 66.747
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 85.08, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

The biological unit is a monomer

#1: タンパク質	PlyB 分子量: 21516.100 Da / 分子数: 2 / 断片: catalytic domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) unidentified phage (ファージ) / 株: BcpI / 遺伝子: PlyB / プラスミド: pBAD24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-Blue / 参照: lysozyme
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 503 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.66 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.6 詳細: 32% PEG 4000, 0.1M sodium acetate, 0.2M ammonium acetate, 0.009M Copper (2) chloride, pH 3.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: ELLIOTT GX-13 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年6月11日 / 詳細: osmic mirrors
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→66.52 Å / Num. obs: 47219 / % possible obs: 92.3 % / 冗長度: 6.2 % / B_iso Wilson estimate: 17.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.071 / R_sym value: 0.071 / Net I/σ(I): 7.1
反射シェル	解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.498 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. measured all: 16065 / Num. unique all: 4014 / R_sym value: 0.498 / % possible all: 54.3

-
位相決定

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	4 Å	20.32 Å
Translation	4 Å	20.32 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
CrystalClear	(MSC/RIGAKU)	データ収集
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1JFX

1jfx

解像度: 1.6→66.519 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / SU B: 3.237 / SU ML: 0.063 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.091 / ESU R Free: 0.095 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.195	2098	5 %	RANDOM
R_work	0.149	-	-	-
obs	0.151	41954	99.46 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.937 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.36 Å²	0 Å²	0.12 Å²
2-	-	0.51 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.89 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→66.519 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3035	0	24	503	3562

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	3159
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.296	1.935	4277
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.684	5	382
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.671	23.913	161
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.607	15	501
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.667	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	421
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2509
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	1556
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.314	0.2	2173
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.169	0.2	436
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.217	0.2	110
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.193	0.2	67
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.226	2	1929
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.055	5	3013
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.65	7	1454
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.899	10	1262

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.258	137	-
R_work	0.193	2762	-
obs	-	2899	93.37 %

精密化 TLS

S21: 0.0019 Å ° / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	詳細	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4359	0.0254	0.0012	0.166	-0.1154	0.1371	0.0042	-0.0138	0.0029	0.0051	-0.0178	0.0015	-0.0178	-0.0092	-0.0207	-0.0012	-0.0022	-0.0245	-0.0045	-0.0176	chain A	27.683	32.072	5.664
2	0.4759	-0.0889	-0.0342	0.1369	-0.1166	0.2349	-0.0016	0.0215	0.0212	-0.0014	-0.0033	0.0131	0.0051	0.0029	-0.0218	-0.001	-0.0045	-0.0167	-0.0046	-0.026	chain B	25.256	32.586	-28.142

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	2 - 188	1 - 187
2	2	B	B	13 - 186	12 - 185

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)