PDB-2nv1: Structure of the synthase subunit Pdx1 (YaaD) of PLP synthase fro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2nv1

タイトル

Structure of the synthase subunit Pdx1 (YaaD) of PLP synthase from Bacillus subtilis

要素

Pyridoxal biosynthesis lyase pdxS

キーワード

LYASE / (beta/alpha)8-barrel / Synthase

機能・相同性

機能・相同性情報

amine-lyase activity / pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolysing) / pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolysing) activity / pyridoxal phosphate biosynthetic process / pyridoxine biosynthetic process / amino acid metabolic process / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.08 Å

データ登録者

Strohmeier, M. / Tews, I. / Sinning, I.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2006
タイトル: Structure of a bacterial pyridoxal 5'-phosphate synthase complex
著者: Strohmeier, M. / Raschle, T. / Mazurkiewicz, J. / Rippe, K. / Sinning, I. / Fitzpatrick, T.B. / Tews, I.

履歴

登録	2006年11月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年12月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2023年10月25日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2nv1.cif.gz	356.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2nv1.ent.gz	280.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2nv1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2nv1_validation.pdf.gz	504.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2nv1_full_validation.pdf.gz	526.8 KB	表示
XML形式データ	2nv1_validation.xml.gz	84 KB	表示
CIF形式データ	2nv1_validation.cif.gz	126.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nv/2nv1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nv/2nv1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2nv0C 2nv2C 1znnS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4adt-1 4wxz-1 5lnu-1 4jdy-1 4wy0-d 2zbt-1 6hxg-1 1znn-1 5lnt-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Pyridoxal biosynthesis lyase pdxS

B: Pyridoxal biosynthesis lyase pdxS

C: Pyridoxal biosynthesis lyase pdxS

D: Pyridoxal biosynthesis lyase pdxS

E: Pyridoxal biosynthesis lyase pdxS

F: Pyridoxal biosynthesis lyase pdxS

ヘテロ分子

199 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pyridoxal biosynthesis lyase pdxS

B: Pyridoxal biosynthesis lyase pdxS

C: Pyridoxal biosynthesis lyase pdxS

D: Pyridoxal biosynthesis lyase pdxS

E: Pyridoxal biosynthesis lyase pdxS

F: Pyridoxal biosynthesis lyase pdxS

ヘテロ分子

A: Pyridoxal biosynthesis lyase pdxS

B: Pyridoxal biosynthesis lyase pdxS

C: Pyridoxal biosynthesis lyase pdxS

D: Pyridoxal biosynthesis lyase pdxS

E: Pyridoxal biosynthesis lyase pdxS

F: Pyridoxal biosynthesis lyase pdxS

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
399 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.055, 106.202, 182.332
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-4014- HOH
2	1	A-4334- HOH
3	1	D-4049- HOH

#1: タンパク質	Pyridoxal biosynthesis lyase pdxS / Superoxide-inducible protein 7 / SOI7 分子量: 33010.047 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: strain 168 / プラスミド: pET21a, pET-BsPdx1-His6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 [DE3] 参照: UniProt: P37527, 付加脱離酵素（リアーゼ）
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2367 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.19 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: 15-20% ethanol, 200mM MgCl2, 100mM Tris, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月25日 / 詳細: ESRF
放射	モノクロメーター: ESRF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.08→50 Å / Num. all: 118303 / Num. obs: 116594 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 25 Å² / R_sym value: 0.103 / Net I/σ(I): 9
反射シェル	解像度: 2.08→2.1 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / R_sym value: 0.479 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1ZNN

1znn

解像度: 2.08→48.68 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 6.867 / SU ML: 0.099 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.15 / ESU R Free: 0.144 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19139	5782	5 %	RANDOM
R_work	0.14163	-	-	-
obs	0.14414	110798	98.59 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.452 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.25 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.07 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.18 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.191 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.08→48.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11340	0	68	2367	13775

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	11631
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	7756
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.506	1.989	15753
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.976	3	19055
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.043	5	1519
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.496	25.309	469
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.798	15	2068
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	9.751	15	65
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	1821
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	12915
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2078
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.232	0.2	2966
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.212	0.2	9116
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	5736
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.088	0.2	6073
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.21	0.2	1789
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.086	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.182	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.296	0.2	223
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.232	0.2	117
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.03	1.5	7783
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.214	1.5	3127
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.603	2	12090
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.616	3	4248
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.972	4.5	3626
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.08→2.134 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.243	413	-
R_work	0.179	8145	-
obs	-	-	99.17 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0139	-0.0301	-0.0448	0.6205	0.0259	0.154	0.0145	0.002	0.0077	0.1178	-0.0033	0.1089	0.0084	-0.0233	-0.0112	0.0036	-0.0051	0.0503	-0.0338	0.0014	-0.002	29.5092	44.276	83.8387
2	0.0702	-0.0008	0.0066	0.2673	0.1419	0.3451	-0.0104	0.0077	-0.0012	0.0445	-0.0233	0.0442	0.0597	-0.0601	0.0338	-0.0096	-0.0365	0.0275	-0.0093	-0.0101	-0.0194	30.7989	15.4153	57.8706
3	0.0025	-0.0072	0.0274	0.3616	-0.1808	0.4777	0.0164	-0.0269	-0.0082	-0.0716	0.0035	0.069	0.0741	-0.0699	-0.0199	-0.0167	-0.034	-0.0301	-0.006	-0.0121	-0.0147	30.3014	23.2269	19.8049
4	0.0483	-0.0439	0.0386	0.4726	0.005	0.2091	0.0296	0.0161	-0.0188	-0.0916	-0.0282	0.0741	-0.0138	-0.0421	-0.0014	-0.0189	0.0092	-0.048	-0.0066	-0.0057	-0.0132	28.6814	60.0925	7.4672
5	0.0123	-0.0282	-0.0639	0.2905	0.1326	0.3327	0.0144	0.0179	0.0047	-0.0201	-0.0441	0.0606	-0.0551	-0.0426	0.0297	-0.0192	0.0218	-0.0203	-0.0049	-0.0077	-0.0096	27.5164	88.9305	33.0999
6	0.0418	-0.115	0.0322	0.3394	-0.1795	0.3848	-0.0128	0.0099	0.0006	0.0666	0.0342	0.0553	-0.0568	-0.0574	-0.0213	-0.0066	0.0183	0.0297	-0.0206	0.0054	-0.0149	27.5699	80.6597	71.3547

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	6 - 271	9 - 274
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	10 - 270	13 - 273
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	7 - 271	10 - 274
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	8 - 272	11 - 275
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	E	6 - 270	9 - 273
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	F	12 - 271	15 - 274

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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