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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2nun | ||||||
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タイトル | The structure of the type III effector AvrB complexed with ADP | ||||||
要素 | Avirulence B protein | ||||||
キーワード | TOXIN/PROTEIN BINDING / type III effector / AvrB / nuclotide / pocket / ADP / TOXIN-PROTEIN BINDING COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Pseudomonas syringae pv. glycinea (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Singer, A.U. / Desveaux, D. / Wu, A.J. / McNulty, B. / Dangl, J.L. / Sondek, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2007 タイトル: Type III Effector Activation via Nucleotide Binding, Phosphorylation, and Host Target Interaction. 著者: Desveaux, D. / Singer, A.U. / Wu, A.J. / McNulty, B.C. / Musselwhite, L. / Nimchuk, Z. / Sondek, J. / Dangl, J.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2nun.cif.gz | 77.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2nun.ent.gz | 56.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2nun.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2nun_validation.pdf.gz | 809 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2nun_full_validation.pdf.gz | 818.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2nun_validation.xml.gz | 15.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2nun_validation.cif.gz | 20.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nu/2nun ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nu/2nun | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | only one molecule in the asymmetric unit and the biological assembly |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36181.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas syringae pv. glycinea (バクテリア) 生物種: Pseudomonas savastanoi / 株: pv glycinea / 遺伝子: avrB / プラスミド: pProEX-HTa / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Rosetta / 参照: UniProt: P13835 |
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#2: 化合物 | ChemComp-ADP / |
#3: 化合物 | ChemComp-TRS / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.04 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 詳細: Protein (8-10 mg/ml) was mixed with well solution (100 mM Glycine, pH 9.0, 20-30% PEG 550 MME)at a 1:1 ratio. Microseeding was employed to obtain better crystals. Nucleotides were ...詳細: Protein (8-10 mg/ml) was mixed with well solution (100 mM Glycine, pH 9.0, 20-30% PEG 550 MME)at a 1:1 ratio. Microseeding was employed to obtain better crystals. Nucleotides were incorporated by exchanging drop and resevoir solutions with 20 l 27% PEG 500 MME and 100 mM Tris 7.5 plus 5 mM MgCl2, followed by a final exchange of this solution plus 5 mM nucleotide. Nucleotides were soaked for ~ 1 day. , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月30日 / 詳細: mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.15→20 Å / Num. all: 29955 / Num. obs: 24091 / % possible obs: 80.4 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 45.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 28 |
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.318 / Mean I/σ(I) obs: 2.63 / Num. unique all: 943 / % possible all: 32 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1NH1 解像度: 2.4→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 1928271.38 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.5 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 32.5504 Å2 / ksol: 0.30493 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 52.8 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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