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- PDB-2ntn: Crystal structure of MabA-C60V/G139A/S144L -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ntn
タイトルCrystal structure of MabA-C60V/G139A/S144L
要素3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / BETA-KETOACYL ACP REDUCTASE / inactive / SDR
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / : / acetoacetyl-CoA reductase / acetoacetyl-CoA reductase activity / short-chain fatty acid metabolic process / mycolic acid biosynthetic process / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / NADPH binding ...: / : / : / acetoacetyl-CoA reductase / acetoacetyl-CoA reductase activity / short-chain fatty acid metabolic process / mycolic acid biosynthetic process / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / NADPH binding / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / PKS_KR / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold ...: / : / PKS_KR / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase FabG1 / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase MabA
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Poncet-Montange, G. / Ducasse-Cabanot, S. / Quemard, A. / Labesse, G. / Cohen-Gonsaud, M.
引用ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.D / 年: 2007
タイトル: Lack of dynamics in the MabA active site kills the enzyme activity: practical consequences for drug-design studies
著者: Poncet-Montange, G. / Ducasse-Cabanot, S. / Quemard, A. / Labesse, G. / Cohen-Gonsaud, M.
履歴
登録2006年11月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,8672
ポリマ－55,8672
非ポリマー00
水4,306239
1
A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,7354
ポリマ－111,7354
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area9680 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area32500 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)81.613, 117.285, 52.272
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 121.90, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-367-

HOH

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要素

#1: タンパク質 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-ketoacyl-acyl carrier protein reductase / Beta-Ketoacyl Carrier Protein Reductase


分子量: 27933.670 Da / 分子数: 2 / 変異: C60V, G139A, S144L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
生物種: Mycobacterium tuberculosis / 株: H37rv / 遺伝子: fabG, fabG1 / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
参照: UniProt: P0A5Y4, UniProt: P9WGT3*PLUS, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 239 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.27 %
結晶化温度: 316 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 22% PEG 2000, 0.35mM Mn acetate, 10% glycerol, 0.1M Tris, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 316K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.542 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年8月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→26.54 Å / Num. all: 45213 / Num. obs: 17168 / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 30.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.365 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 2563

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1UZM

1uzm


解像度: 2.3→24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 13.569 / SU ML: 0.175 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.443 / ESU R Free: 0.258 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23805 868 5.1 %RANDOM
Rwork0.17748 ---
obs0.18055 16293 92.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.541 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.43 Å20 Å2-0.91 Å2
2--0.06 Å20 Å2
3---0.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3065 0 0 239 3304
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0223103
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1681.9384190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2075417
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.01223.417120
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.76815491
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.6491525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2491
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022324
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1890.21378
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2960.22113
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1530.2207
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1780.247
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1350.29
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4311.52147
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.71923308
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.08531058
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.6964.5882
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.315 68 -
Rwork0.224 1216 -
obs--95.54 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.04040.31771.15613.4764-1.09282.9299-0.1058-0.26560.38210.1652-0.0517-0.0138-0.4311-0.08960.1574-0.0817-0.0328-0.0305-0.0969-0.0259-0.089419.378618.736115.3738
21.0331-0.13871.16923.2103-0.57181.3772-0.0025-0.14280.09960.0727-0.03310.2472-0.1525-0.23340.0356-0.1151-0.00280.0022-0.05-0.0034-0.10947.868510.50788.9772
33.43551.48181.18564.1757-0.24152.31830.15150.0034-0.46530.1201-0.0904-0.34020.37120.1392-0.061-0.0950.0164-0.0419-0.10250.0488-0.062418.8599-21.216915.7429
41.65990.5070.67782.99740.55270.31880.13350.0886-0.2112-0.1197-0.062-0.04450.04360.042-0.0715-0.1016-0.0146-0.0108-0.06760.0149-0.09519.516-13.29817.1222
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA9 - 8229 - 102
2X-RAY DIFFRACTION2AA83 - 245103 - 265
3X-RAY DIFFRACTION3BB9 - 8229 - 102
4X-RAY DIFFRACTION4BB83 - 245103 - 265

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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