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万見
- PDB-2nti: Crystal structure of PCNA123 heterotrimer. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2nti
タイトルCrystal structure of PCNA123 heterotrimer.
要素(DNA polymerase sliding clamp ...) x 3
キーワードDNA BINDING PROTEIN / protein-protein interaction / PCNA123 heterotrimer / PCNA12 heterodimer
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA polymerase processivity factor activity / leading strand elongation / regulation of DNA replication / mismatch repair / translesion synthesis / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Box / Proliferating Cell Nuclear Antigen / Proliferating Cell Nuclear Antigen - #10 / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, conserved site / Proliferating cell nuclear antigen signature 1. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, N-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, N-terminal domain / Proliferating cell nuclear antigen, C-terminal domain ...Box / Proliferating Cell Nuclear Antigen / Proliferating Cell Nuclear Antigen - #10 / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, conserved site / Proliferating cell nuclear antigen signature 1. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, N-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, N-terminal domain / Proliferating cell nuclear antigen, C-terminal domain / : / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2,5,8,11,14,17,20,23-OCTAOXAPENTACOSAN-25-OL / BROMIDE ION / : / DNA polymerase sliding clamp 3 / DNA polymerase sliding clamp 1 / DNA polymerase sliding clamp 2
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus solfataricus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Hlinkova, V. / Ling, H.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2008
タイトル: Structures of monomeric, dimeric and trimeric PCNA: PCNA-ring assembly and opening.
著者: Hlinkova, V. / Xing, G. / Bauer, J. / Shin, Y.J. / Dionne, I. / Rajashankar, K.R. / Bell, S.D. / Ling, H.
履歴
登録2006年11月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: DNA polymerase sliding clamp B
E: DNA polymerase sliding clamp C
F: DNA polymerase sliding clamp A
A: DNA polymerase sliding clamp B
B: DNA polymerase sliding clamp C
C: DNA polymerase sliding clamp A
G: DNA polymerase sliding clamp B
H: DNA polymerase sliding clamp C
I: DNA polymerase sliding clamp A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)252,54865
ポリマ－247,8099
非ポリマー4,73856
水18,8441046
1
D: DNA polymerase sliding clamp B
E: DNA polymerase sliding clamp C
F: DNA polymerase sliding clamp A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,52127
ポリマ－82,6033
非ポリマー1,91824
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6850 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area32190 Å2
手法PISA, PQS
2
A: DNA polymerase sliding clamp B
B: DNA polymerase sliding clamp C
C: DNA polymerase sliding clamp A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,96120
ポリマ－82,6033
非ポリマー1,35817
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6380 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area32480 Å2
手法PISA, PQS
3
G: DNA polymerase sliding clamp B
H: DNA polymerase sliding clamp C
I: DNA polymerase sliding clamp A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,06518
ポリマ－82,6033
非ポリマー1,46215
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5620 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area32530 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)148.140, 222.330, 80.230
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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DNA polymerase sliding clamp ... , 3種, 9分子 DAGEBHFCI

#1: タンパク質 DNA polymerase sliding clamp B / Proliferating cell nuclear antigen homolog B / PCNA B


分子量: 27521.695 Da / 分子数: 3 / 変異: F2V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 株: P2 / 遺伝子: pcnB, pcnA-2 / プラスミド: pET33b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL 21 (DE3) / 参照: UniProt: P57766
#2: タンパク質 DNA polymerase sliding clamp C / Proliferating cell nuclear antigen homolog C / PCNA C


分子量: 27592.279 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 株: P2 / 遺伝子: pcnC, pcnA-2 / プラスミド: pET11a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL 21 (DE3) / 参照: UniProt: Q97Z84
#3: タンパク質 DNA polymerase sliding clamp A / Proliferating cell nuclear antigen homolog A / PCNA A


分子量: 27489.119 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 株: P2 / 遺伝子: pcnA, pcnA-1 / プラスミド: pET30a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL 21 (DE3) / 参照: UniProt: P57765

-
非ポリマー , 4種, 1102分子

#4: 化合物...
ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#5: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 化合物 ChemComp-7PG / 2,5,8,11,14,17,20,23-OCTAOXAPENTACOSAN-25-OL / オクタエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル


分子量: 384.462 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H36O9
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1046 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.85 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2.5 M NH4(SO4)2, 0.1 M Tris 7.5, 2% Peg400, 1.6% Glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 8-BM / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月26日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. all: 88416 / Num. obs: 88416 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 48.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Net I/σ(I): 11.739
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.625 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 93.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PCNA1, PCNA2 and PCNA3 from Sulfolobus solfataricus

解像度: 2.5→30 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2505 1796 -Random
Rwork0.2139 ---
all0.2113 88416 --
obs0.2113 88416 95.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 31.0928 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.733 Å20 Å20 Å2
2---3.966 Å20 Å2
3---4.7 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.289 Å0.641 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17361 0 81 1046 18488
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.009147
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.227
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.15475
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.003
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.08
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.61 Å /
Rfactor%反射
Rfree0.324 -
Rwork0.288 -
obs-93.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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