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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2nt1 | ||||||
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タイトル | Structure of acid-beta-glucosidase at neutral pH | ||||||
![]() | Glucosylceramidase | ||||||
![]() | HYDROLASE / acid-beta-glucosidase / cerezyme / glucosylceramide / gaucher disease | ||||||
機能・相同性 | ![]() steryl-beta-glucosidase activity / positive regulation of neuronal action potential / beta-glucoside catabolic process / cerebellar Purkinje cell layer formation / termination of signal transduction / galactosylceramidase / galactosylceramidase activity / glucosylceramidase / scavenger receptor binding / positive regulation of protein lipidation ...steryl-beta-glucosidase activity / positive regulation of neuronal action potential / beta-glucoside catabolic process / cerebellar Purkinje cell layer formation / termination of signal transduction / galactosylceramidase / galactosylceramidase activity / glucosylceramidase / scavenger receptor binding / positive regulation of protein lipidation / lymphocyte migration / glucosylceramide catabolic process / regulation of lysosomal protein catabolic process / glucosylceramidase activity / sphingosine biosynthetic process / autophagosome organization / microglial cell proliferation / glucosyltransferase activity / regulation of TOR signaling / response to thyroid hormone / lipid storage / Glycosphingolipid catabolism / microglia differentiation / ceramide biosynthetic process / positive regulation of type 2 mitophagy / : / brain morphogenesis / positive regulation of protein-containing complex disassembly / response to pH / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / pyramidal neuron differentiation / negative regulation of protein metabolic process / motor behavior / lysosome organization / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / neuromuscular process / hematopoietic stem cell proliferation / antigen processing and presentation / response to testosterone / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / response to dexamethasone / negative regulation of interleukin-6 production / homeostasis of number of cells / regulation of macroautophagy / negative regulation of MAPK cascade / establishment of skin barrier / negative regulation of protein-containing complex assembly / cell maturation / mitophagy / cholesterol metabolic process / lysosomal lumen / cellular response to starvation / respiratory electron transport chain / determination of adult lifespan / trans-Golgi network / autophagy / negative regulation of inflammatory response / response to estrogen / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / cellular response to tumor necrosis factor / T cell differentiation in thymus / neuron apoptotic process / negative regulation of neuron apoptotic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / lysosome / signaling receptor binding / lysosomal membrane / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / extracellular exosome 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lieberman, R.L. / Petsko, G.A. / Ringe, D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of acid beta-glucosidase with pharmacological chaperone provides insight into Gaucher disease. 著者: Lieberman, R.L. / Wustman, B.A. / Huertas, P. / Powe, A.C. / Pine, C.W. / Khanna, R. / Schlossmacher, M.G. / Ringe, D. / Petsko, G.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 431.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 353.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 519.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 559.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 89.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 128.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 1 - 497 / Label seq-ID: 1 - 497
NCSアンサンブル:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 55640.168 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P04062, glucosylceramidase #2: 糖 | ChemComp-NAG / #3: 化合物 | ChemComp-PO4 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.11 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.8 M Na dihydrogen phosphate 0.8 M K dihydrogen phosphate 0.1 M Hepes buffer pH 7.5 Cryoprotected in 2 M Lithium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 119558 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 29.1 Å2 / Rsym value: 0.106 / Χ2: 1.432 / Net I/σ(I): 7.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.454 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 9993 / Χ2: 1.114 / % possible all: 79.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2NT0 解像度: 2.3→19.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 6.679 / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.265 / ESU R Free: 0.225 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.096 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.94 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.303→2.362 Å / Total num. of bins used: 20
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